PDB-8vqg: X-ray crystal structure of Can f 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vqg

タイトル

X-ray crystal structure of Can f 1

要素

Major allergen Can f 1

キーワード

ALLERGEN / allergen-antibody complex / dog allergen Can f 1 / anti Can f 1 antibody / human IgE bound to Can f 1

機能・相同性

von Ebner's gland protein/ Bos/Can allergen / Lipocalin / small molecule binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / extracellular space / MALONATE ION / Major allergen Can f 1

機能・相同性情報

生物種

Canis lupus familiaris (イヌ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Khatri, K. / Geoffrey, M.A. / Pedersen, L.C. / Champan, M.D. / Pomes, A. / Chruszcz, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray crystal structure of natural Can f 1 in complex with human IgE 1J11 Fab
著者: Khatri, K. / Ball, A. / Smith, S.A. / Champan, M.D. / Pomes, A. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2024年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vqg.cif.gz	238.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vqg.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vqg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vqg_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vqg_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8vqg_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	8vqg_validation.cif.gz	27.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/8vqg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/8vqg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8vqfC 8epuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Major allergen Can f 1

B: Major allergen Can f 1

C: Major allergen Can f 1

ヘテロ分子

49.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.494, 109.160, 127.764
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLN	GLN	29 - 174	3 - 148
2	1	1	GLN	GLN	29 - 174	3 - 148
3	2	2	SER	SER	29 - 170	3 - 144
4	2	2	SER	SER	29 - 170	3 - 144
5	3	3	SER	SER	29 - 170	3 - 144
6	3	3	SER	SER	29 - 170	3 - 144

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質	Major allergen Can f 1 / Allergen Dog 1 分子量: 16512.646 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O18873
#2: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1.5 M sodium malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 20197 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.097 / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 24.3
反射シェル	解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.623 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1005 / CC_1/2: 0.811 / CC star: 0.946 / R_pim(I) all: 0.258 / R_rim(I) all: 0.676 / R_sym value: 0.623 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 8EPU

8epu

解像度: 2.55→36.015 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 23.149 / SU ML: 0.244 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.493 / ESU R Free: 0.291 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2596	1009	5.092 %
R_work	0.2218	18805	-
all	0.224	-	-
obs	-	19814	99.834 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.723 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.977 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	3.23 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.254 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→36.015 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3376	0	21	99	3496

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	3467
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3271
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.137	1.85	4688
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.421	1.765	7559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.229	5	434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	2.129	5	21
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.629	10	614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.981	10	160
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	513
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4116
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	750
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	525
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	2855
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	1595
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1757
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.187	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	110
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.084	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.206	4.135	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.206	4.135	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.191	7.443	2174
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.191	7.444	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.056	4.25	1725
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.053	4.246	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.76	7.795	2514
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.759	7.796	2515
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.747	39.502	3507
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.708	39.34	3494
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.132	0.05	4044
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.131	0.05	4022
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.147	0.05	3985

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13181	0.05007
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13181	0.05007
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13059	0.05007
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13059	0.05007
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14655	0.05007
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14655	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.55-2.616	0.338	64	0.374	1342	0.372	1415	0.927	0.923	99.364	0.346
2.616-2.687	0.293	67	0.323	1351	0.322	1419	0.954	0.937	99.9295	0.297
2.687-2.765	0.323	84	0.299	1279	0.3	1363	0.943	0.946	100	0.268
2.765-2.849	0.316	60	0.275	1272	0.277	1333	0.927	0.952	99.925	0.243
2.849-2.942	0.305	64	0.274	1210	0.275	1275	0.944	0.949	99.9216	0.242
2.942-3.045	0.363	63	0.26	1202	0.264	1265	0.921	0.956	100	0.236
3.045-3.159	0.315	66	0.246	1145	0.25	1212	0.942	0.961	99.9175	0.228
3.159-3.287	0.35	55	0.251	1099	0.255	1156	0.91	0.961	99.827	0.229
3.287-3.431	0.335	49	0.233	1066	0.238	1116	0.938	0.967	99.9104	0.216
3.431-3.597	0.242	42	0.222	1018	0.223	1060	0.967	0.97	100	0.208
3.597-3.79	0.245	54	0.215	966	0.216	1020	0.964	0.972	100	0.205
3.79-4.017	0.249	57	0.209	924	0.211	984	0.965	0.973	99.6951	0.198
4.017-4.29	0.228	48	0.19	868	0.192	917	0.962	0.977	99.8909	0.188
4.29-4.629	0.195	53	0.17	797	0.172	852	0.978	0.982	99.7653	0.173
4.629-5.062	0.167	42	0.155	744	0.156	786	0.983	0.985	100	0.16
5.062-5.646	0.293	47	0.212	677	0.216	724	0.948	0.974	100	0.214
5.646-6.492	0.216	38	0.228	611	0.228	649	0.969	0.971	100	0.232
6.492-7.888	0.31	23	0.213	533	0.217	557	0.95	0.972	99.8205	0.219
7.888-10.897	0.212	18	0.181	426	0.182	445	0.974	0.98	99.7753	0.197
10.897-36.015	0.233	15	0.233	272	0.233	287	0.948	0.965	100	0.258

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1497	0.7756	0.4345	4.8337	-0.3798	2.538	-0.1378	0.2896	0.0721	-0.4552	0.4743	0.3496	0.2633	-0.2903	-0.3365	0.0781	-0.0836	-0.0745	0.2622	0.0513	0.0806	-37.158	-8.662	-15.387
2	6.1434	-3.5527	1.098	2.5599	-1.5214	3.6563	0.5072	0.5334	0.2035	-0.6556	-0.4983	-0.1217	0.6492	0.4771	-0.009	0.3534	0.2016	0.0667	0.1571	0.0225	0.0601	-11.521	-22.215	-6.956
3	3.4576	0.2237	-1.1429	1.7529	-0.0823	3.9038	0.1381	-0.5008	-0.0695	0.3834	-0.2558	-0.0486	0.2575	0.058	0.1177	0.1353	-0.1101	0.0078	0.1515	-0.0049	0.0153	-30.018	-19.586	22.88

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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