PDB-8vq6: hCA-II-4-(2-Aminoethyl)benzenesulfonamide-complex. Two molecules ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vq6

タイトル

hCA-II-4-(2-Aminoethyl)benzenesulfonamide-complex. Two molecules of inhibitor bound to active site and secondary binding pocket

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE/INHIBITOR / Carbonic Anhydrase II / human Carbonic anhydrase II / carbon anhydrase / Two pockets bound / binding pocket / binding pockets / active site / small molecule / bivalent / complex / protein ligand complex / protein inhibition / inhibitor / binder / nano molar binder / nano molar inhibitor / PROTEIN BINDING / 4-(2-Aminoethyl)benzenesulfonamide / secondary binding site / ZYX / LYASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Ismail, M.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: SBDD of Carbonic Anhydrase II Inhibitors
著者: Ismail, M.M.

履歴

登録	2024年1月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vq6.cif.gz	166.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vq6.ent.gz	97.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vq6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vq6_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vq6_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8vq6_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	8vq6_validation.cif.gz	23.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/8vq6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/8vq6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8vq5C 8vq7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

30 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.547, 41.376, 72.679
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.566, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-ZYX / 4-(2-AMINOETHYL)BENZENESULFONAMIDE / P-AMINOETHYL BENZENESULFONAMIDE 分子量: 200.258 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₂N₂O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.82 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.5 M NaCit, 0.1 M Tris, pH 8.5 / Temp details: Room Temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→70.343 Å / Num. obs: 43063 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.666 / R_merge(I) obs: 0.399 / R_pim(I) all: 0.234 / R_rim(I) all: 0.467 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 1.45→1.47 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 2100 / CC_1/2: 0.105 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→70.343 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 2.866 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1894	2040	4.745 %
R_work	0.1605	40950	-
all	0.162	-	-
obs	-	42990	98.4 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.685 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.897 Å²	-0 Å²	-1.077 Å²
2-	-	1.437 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.563 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→70.343 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	40	247	2336

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2243
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2071
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.734	1.642	3064
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.106	1.612	4815
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.995	5	280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.485	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.396	10	373
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.306	10	105
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	312
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2665
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	505
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	408
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	1898
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	170
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.084	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.039	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.189	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.235	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.25	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.021	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.481	0.681	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.48	0.68	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.723	1.224	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.723	1.226	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.559	0.826	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.559	0.827	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.793	1.438	1710
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.793	1.438	1711
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.407	9.424	2557
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.256	9.428	2549
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.334	3	4314

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.45-1.487	0.238	146	0.213	2912	0.215	3222	0.972	0.974	94.91	0.166
1.487-1.528	0.243	148	0.193	2908	0.195	3128	0.963	0.979	97.6982	0.152
1.528-1.572	0.202	138	0.175	2813	0.177	3030	0.977	0.983	97.3927	0.143
1.572-1.621	0.172	149	0.171	2740	0.171	2940	0.981	0.984	98.2653	0.145
1.621-1.674	0.206	137	0.167	2657	0.169	2851	0.973	0.983	98.0007	0.145
1.674-1.733	0.191	134	0.163	2614	0.164	2799	0.978	0.985	98.1779	0.145
1.733-1.798	0.23	118	0.162	2528	0.165	2685	0.964	0.984	98.5475	0.15
1.798-1.871	0.192	107	0.153	2406	0.154	2554	0.972	0.986	98.3947	0.142
1.871-1.955	0.173	84	0.149	2365	0.15	2494	0.982	0.987	98.1957	0.145
1.955-2.05	0.178	99	0.151	2227	0.152	2355	0.98	0.987	98.7686	0.156
2.05-2.161	0.17	110	0.14	2141	0.142	2264	0.982	0.989	99.4258	0.148
2.161-2.292	0.168	109	0.136	2021	0.138	2140	0.983	0.989	99.5327	0.147
2.292-2.45	0.183	97	0.144	1909	0.146	2011	0.981	0.987	99.7514	0.161
2.45-2.646	0.182	105	0.151	1756	0.152	1867	0.982	0.986	99.6786	0.171
2.646-2.898	0.189	80	0.163	1640	0.164	1727	0.977	0.983	99.5947	0.19
2.898-3.239	0.21	76	0.163	1485	0.165	1573	0.97	0.983	99.2371	0.19
3.239-3.739	0.195	60	0.163	1325	0.164	1395	0.976	0.983	99.2831	0.196
3.739-4.576	0.136	66	0.141	1119	0.14	1186	0.992	0.987	99.9157	0.172
4.576-6.458	0.222	49	0.182	872	0.184	922	0.975	0.983	99.8915	0.227
6.458-70.343	0.197	28	0.218	511	0.217	539	0.981	0.965	100	0.272

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