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- PDB-8vmf: Crystal structure of a transition-state mimic of the GSK-3/Axin c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vmf
タイトルCrystal structure of a transition-state mimic of the GSK-3/Axin complex bound to a beta-catenin S45D peptide
要素
  • Axin-1
  • Catenin beta-1
  • Glycogen synthase kinase-3 beta
キーワードTRANSFERASE/SIGNALING PROTEIN / GSK-3 / kinase / TRANSFERASE-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of HSF1-mediated heat shock response / negative regulation of protein localization to centrosome / beta-catenin destruction complex assembly / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / negative regulation of neuron maturation / Beta-catenin phosphorylation cascade / CRMPs in Sema3A signaling / re-entry into mitotic cell cycle / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / TCF dependent signaling in response to WNT ...Regulation of HSF1-mediated heat shock response / negative regulation of protein localization to centrosome / beta-catenin destruction complex assembly / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / negative regulation of neuron maturation / Beta-catenin phosphorylation cascade / CRMPs in Sema3A signaling / re-entry into mitotic cell cycle / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation / beta-catenin-ICAT complex / CDH11 homotypic and heterotypic interactions / genitalia morphogenesis / embryonic skeletal limb joint morphogenesis / canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / neural plate development / metanephros morphogenesis / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / glial cell fate determination / Regulation of CDH19 Expression and Function / regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / oviduct development / beta-catenin-TCF7L2 complex / regulation of nephron tubule epithelial cell differentiation / regulation of timing of anagen / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / negative regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / central nervous system vasculogenesis / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / myotube differentiation / regulation of centriole-centriole cohesion / head development / RUNX3 regulates WNT signaling / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / Regulation of CDH11 function / embryonic axis specification / Specification of the neural plate border / regulation of fibroblast proliferation / Scrib-APC-beta-catenin complex / lens morphogenesis in camera-type eye / beta-catenin-TCF complex / protein localization to microtubule / endodermal cell fate commitment / acinar cell differentiation / dorsal root ganglion development / synaptic vesicle clustering / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / proximal/distal pattern formation / neuron fate determination / Formation of the nephric duct / endothelial tube morphogenesis / axial mesoderm formation / layer formation in cerebral cortex / dorsal/ventral axis specification / sympathetic ganglion development / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / establishment of blood-retinal barrier / positive regulation of myoblast proliferation / fungiform papilla formation / positive regulation of endothelial cell differentiation / presynaptic active zone cytoplasmic component / mesenchymal to epithelial transition / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / hindbrain development / lung epithelial cell differentiation / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / positive regulation of determination of dorsal identity / positive regulation of skeletal muscle tissue development / ectoderm development / fascia adherens / regulation of protein localization to cell surface / embryonic foregut morphogenesis / positive regulation of stem cell differentiation / hair cell differentiation / negative regulation of TORC2 signaling / detection of muscle stretch / cellular response to indole-3-methanol / smooth muscle cell differentiation / positive regulation of odontoblast differentiation / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / histone methyltransferase binding / alpha-catenin binding / regulation of calcium ion import / Germ layer formation at gastrulation / regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion
類似検索 - 分子機能
Axin beta-catenin binding / Axin-1/2, tankyrase-binding domain / Axin-like / Axin beta-catenin binding motif / Axin-1 tankyrase binding domain / DIX domain / RGS, subdomain 1/3 / DIX domain superfamily / DIX domain / DIX domain profile. ...Axin beta-catenin binding / Axin-1/2, tankyrase-binding domain / Axin-like / Axin beta-catenin binding motif / Axin-1 tankyrase binding domain / DIX domain / RGS, subdomain 1/3 / DIX domain superfamily / DIX domain / DIX domain profile. / Domain present in Dishevelled and axin / Beta-catenin / Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ALUMINUM FLUORIDE / Axin-1 / Catenin beta-1 / Glycogen synthase kinase-3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Enos, M.D. / Gavagan, M. / Jameson, N. / Zalatan, J.G. / Weis, W.I.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131747 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM119156 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM007276 米国
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2024
タイトル: Structural and functional effects of phosphopriming and scaffolding in the kinase GSK-3 beta.
著者: Enos, M.D. / Gavagan, M. / Jameson, N. / Zalatan, J.G. / Weis, W.I.
履歴
登録2024年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年9月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycogen synthase kinase-3 beta
B: Axin-1
C: Catenin beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,03811
ポリマ－47,1673
非ポリマー8728
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area17610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.251, 82.251, 280.354
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-611-

HOH

21A-722-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Glycogen synthase kinase-3 beta / GSK-3 beta / Serine/threonine-protein kinase GSK3B


分子量: 41538.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gsk3b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WV60, tau-protein kinase, non-specific serine/threonine protein kinase

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 BC

#2: タンパク質・ペプチド Axin-1 / Axis inhibition protein 1 / Protein Fused


分子量: 2738.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Axin1, Axin, Fu / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O35625
#3: タンパク質・ペプチド Catenin beta-1 / Beta-catenin


分子量: 2890.009 Da / 分子数: 1 / Mutation: S45D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTNNB1, CTNNB, OK/SW-cl.35, PRO2286 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P35222

-
非ポリマー , 6種, 139分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-AF3 / ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム


分子量: 83.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF3
#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.89 % / 解説: Flat plates
結晶化温度: 277 K / 手法: microdialysis / pH: 7.5
詳細: 10% PEG35000, 20 mM Tris, pH 7.5, 300 mM sodium chloride, 5% glycerol, 10 mM magnesium chloride, 5 mM DTT, 200 uM ADP, 200 uM aluminum nitrate, 1.2 mM sodium fluoride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98401 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98401 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→39.07 Å / Num. obs: 19517 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 54.32 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.233 / Rpim(I) all: 0.118 / Rrim(I) all: 0.263 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 2.733 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 2182 / CC1/2: 0.188 / Rpim(I) all: 1.388 / Rrim(I) all: 2.935 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
pointless1.9.33データスケーリング
Aimless0.5.12データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
Coot0.9.8.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4NM7

4nm7


解像度: 2.5→39.07 Å / SU ML: 0.3783 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.9252
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2506 939 4.83 %
Rwork0.2091 18495 -
obs0.2101 19434 95.34 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2973 0 52 131 3156
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00293167
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53944319
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0417488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045554
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.30481165
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.630.36911340.34582565X-RAY DIFFRACTION96.05
2.63-2.80.38391420.32072630X-RAY DIFFRACTION97.81
2.8-3.010.33121390.29492650X-RAY DIFFRACTION97.83
3.01-3.320.25481130.24322653X-RAY DIFFRACTION96.54
3.32-3.80.29211340.20422652X-RAY DIFFRACTION96.17
3.8-4.780.18931470.15392637X-RAY DIFFRACTION94.18
4.78-39.070.21641300.17462708X-RAY DIFFRACTION89.58
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.81547181164-0.4523924799591.009623466586.1751677122-2.714170172163.50074811645-0.1484203244790.0432154674173-0.8557114106150.01294142648540.100246633965-0.5381093400740.1862226523810.0981713707634-0.006211214633250.555505192412-0.161098249557-0.06763513799870.731986260556-0.1309729255890.55597921220517.166-44.533-1.52
22.417480150840.192121154198-0.2899143388592.545389519190.2647565544924.586860956260.0251890664076-0.1387938615240.372108493284-0.008942801175780.05515236074920.0018561214223-0.4857959945890.201714345898-0.07317441309880.453421611731-0.03455319646890.06642502676810.4120838665690.03097217223310.4543835648124.5-29.78-21.403
32.00372792339-2.72868565828-0.6126848158558.919555732781.738890418466.711413792820.08780350720370.661957168243-0.176619702422-0.9901261556630.03321492688460.06482980296150.72445370144-0.148404962041-0.07257723347830.857675927556-0.1405951937690.04300788038160.4681309442660.08580923605380.4762682127894.8-43.993-44.203
40.575244555725-0.2078440949890.9162313393570.34389018874-0.5302250548131.8246744782-0.215613881831-1.4617724654-1.92005726630.8361272898650.8917400636481.142894228490.701140305442-0.175872488855-0.4189489660130.844249015220.08838521402680.2793352093321.180656162340.3946187482211.1090993060522.878-44.755-22.585
55.388084954090.288643662257-1.294713007973.527592417130.4857295476083.45290141326-0.2019377587380.68505582908-0.799369613511-0.4678336260290.0517145824466-0.3522852966050.296813213111-0.02189083270180.1583963590161.261458366150.266377967722-0.088255483751.52477661842-0.1344710469430.7229223235368.589-43.56-8.552
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 27:136 )A27 - 136
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 137:384 )A137 - 384
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 383:401 )B383 - 401
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN C AND RESID 43:47 )C43 - 47
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 504:504 )A504

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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