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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vme | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the GSK-3/Axin complex bound to a phosphorylated beta-catenin T41A peptide | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/SIGNALING PROTEIN / GSK-3 / kinase / TRANSFERASE-SIGNALING PROTEIN complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hepatic stellate cell activation / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / negative regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / negative regulation of protein localization to centrosome / re-entry into mitotic cell cycle / negative regulation of neuron maturation / Beta-catenin phosphorylation cascade / CRMPs in Sema3A signaling / membrane-bounded organelle ...hepatic stellate cell activation / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / negative regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / negative regulation of protein localization to centrosome / re-entry into mitotic cell cycle / negative regulation of neuron maturation / Beta-catenin phosphorylation cascade / CRMPs in Sema3A signaling / membrane-bounded organelle / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / positive regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / positive regulation of osteoclast proliferation / TCF dependent signaling in response to WNT / armadillo repeat domain binding / Degradation of AXIN / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / myotube differentiation / CDH11 homotypic and heterotypic interactions / Regulation of CDH19 Expression and Function / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / oviduct development / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation / mesenchymal stem cell differentiation / beta-catenin-ICAT complex / metanephros morphogenesis / genitalia morphogenesis / embryonic skeletal limb joint morphogenesis / cell growth involved in cardiac muscle cell development / neural plate development / glial cell fate determination / regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / central nervous system vasculogenesis / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / negative regulation of neuron migration / canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / beta-catenin-TCF7L2 complex / regulation of nephron tubule epithelial cell differentiation / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / negative regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / regulation of timing of anagen / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / negative regulation of dendrite morphogenesis / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / head development / RUNX3 regulates WNT signaling / regulation of centriole-centriole cohesion / Regulation of CDH11 function / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / embryonic axis specification / Specification of the neural plate border / cell development / endodermal cell fate commitment / regulation of fibroblast proliferation / Scrib-APC-beta-catenin complex / lens morphogenesis in camera-type eye / beta-catenin-TCF complex / protein localization to microtubule / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / dorsal root ganglion development / synaptic vesicle clustering / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / neuron projection organization / acinar cell differentiation / dorsal/ventral axis specification / positive regulation of stem cell differentiation / proximal/distal pattern formation / neuron fate determination / Formation of the nephric duct / layer formation in cerebral cortex / positive regulation of endothelial cell differentiation / establishment of blood-retinal barrier / positive regulation of myoblast proliferation / axial mesoderm formation / hair follicle placode formation / fungiform papilla formation / sympathetic ganglion development / negative regulation of dendrite development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / embryonic foregut morphogenesis / lung epithelial cell differentiation / hindbrain development / positive regulation of determination of dorsal identity / ectoderm development / positive regulation of skeletal muscle tissue development / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / cellular response to indole-3-methanol / regulation of calcium ion import / regulation of protein localization to cell surface / hair cell differentiation / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Enos, M.D. / Gavagan, M. / Jameson, N. / Zalatan, J.G. / Weis, W.I. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2024 タイトル: Structural and functional effects of phosphopriming and scaffolding in the kinase GSK-3 beta. 著者: Enos, M.D. / Gavagan, M. / Jameson, N. / Zalatan, J.G. / Weis, W.I. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vme.cif.gz | 216.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vme.ent.gz | 142.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8vme.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8vme_validation.pdf.gz | 778.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8vme_full_validation.pdf.gz | 783 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8vme_validation.xml.gz | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8vme_validation.cif.gz | 26.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/8vme ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/8vme | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8vmfC 8vmgC 4nm7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 41666.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gsk3b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9WV60, tau-protein kinase, non-specific serine/threonine protein kinase |
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-タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 BC
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2738.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Axin1, Axin, Fu / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O35625 |
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#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2911.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTNNB1, CTNNB, OK/SW-cl.35, PRO2286 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P35222 |
-非ポリマー , 5種, 184分子
#4: 化合物 | ChemComp-ADP / | ||||||
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#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 化合物 | ChemComp-NA / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.01 % / 解説: Flat plates |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: microdialysis / pH: 7.5 詳細: 10% PEG35000, 20 mM Tris, pH 7.5, 300 mM sodium chloride, 5% glycerol, 10 mM magnesium chloride, 200 uM ATP, 5 mM DTT |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→39.47 Å / Num. obs: 26090 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 35.5 % / Biso Wilson estimate: 59.57 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 17.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 21.8 % / Rmerge(I) obs: 5.635 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 2435 / CC1/2: 0.399 / Rpim(I) all: 1.201 / Rrim(I) all: 5.768 / % possible all: 98.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 4NM7 解像度: 2.3→39.47 Å / SU ML: 0.3359 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.0862 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 72.36 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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