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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vlx | ||||||
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タイトル | HTT in complex with HAP40 and a small molecule. | ||||||
要素 |
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キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Huntington's Disease / neurodegenerative disease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vesicle cytoskeletal trafficking / regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / : / positive regulation of inositol 1,4,5-trisphosphate-sensitive calcium-release channel activity / microtubule-based transport / vocal learning / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / profilin binding / positive regulation of mitophagy ...vesicle cytoskeletal trafficking / regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / : / positive regulation of inositol 1,4,5-trisphosphate-sensitive calcium-release channel activity / microtubule-based transport / vocal learning / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / profilin binding / positive regulation of mitophagy / vesicle transport along microtubule / positive regulation of cilium assembly / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / presynaptic cytosol / positive regulation of aggrephagy / positive regulation of lipophagy / dynein intermediate chain binding / postsynaptic cytosol / beta-tubulin binding / Golgi organization / establishment of mitotic spindle orientation / dynactin binding / Regulation of MECP2 expression and activity / inclusion body / heat shock protein binding / centriole / autophagosome / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / protein destabilization / cytoplasmic vesicle membrane / kinase binding / p53 binding / late endosome / transmembrane transporter binding / early endosome / nuclear body / positive regulation of apoptotic process / axon / dendrite / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Poweleit, N. / Boudet, J. / Doherty, E. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Discovery of a Small Molecule Ligand to the Huntingtin/HAP40 complex 著者: Poweleit, N. / Boudet, J. / Doherty, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vlx.cif.gz | 547.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vlx.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8vlx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8vlx_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8vlx_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8vlx_validation.xml.gz | 81.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8vlx_validation.cif.gz | 123.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/8vlx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/8vlx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 43347MC 8w15C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 353493.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HTT, HD, IT15 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42858 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 41342.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F8A1, F8A2, F8A3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23610 |
#3: 化合物 | ChemComp-A1ACS / 分子量: 406.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H34N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: HTT and HAP40 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293 |
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 25 mM Hepes, 300 mM NaCl, 0.025%CHAPS, 1mM DTT, 1mM Ligand, 1% DMSO |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GRAPHENE OXIDE / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 4 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.4 sec. / 電子線照射量: 50.48 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6788 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 6600000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 466629 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model |