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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vlq | |||||||||
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タイトル | Structure of PmHMGR bound to mevalonate, CoA and NAD 5 minutes after reaction initiation at pH 9 | |||||||||
要素 | 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Non-Rossmann fold / Homodimer / Reductase / HMG-CoA / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADH) activity / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / ergosterol biosynthetic process / coenzyme A metabolic process / isoprenoid biosynthetic process / peroxisomal membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas sp. 'mevalonii' (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å | |||||||||
データ登録者 | Purohit, V. / Steussy, C.N. / Stauffacher, C.V. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2024 タイトル: pH-dependent reaction triggering in PmHMGR crystals for time-resolved crystallography. 著者: Purohit, V. / Steussy, C.N. / Rosales, A.R. / Critchelow, C.J. / Schmidt, T. / Helquist, P. / Wiest, O. / Mesecar, A. / Cohen, A.E. / Stauffacher, C.V. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vlq.cif.gz | 342.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vlq.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8vlq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/8vlq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/8vlq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8gdnC 8sz6C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 45641.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. 'mevalonii' (バクテリア) 遺伝子: mvaA / プラスミド: pKK-RED 詳細 (発現宿主): Contained the mva operon in the expression vector pKK177-3 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P13702, hydroxymethylglutaryl-CoA reductase |
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-非ポリマー , 8種, 436分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZKE / 分子量: 913.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46N7O20P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION |
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#3: 化合物 | ChemComp-COA / |
#4: 化合物 | ChemComp-A1AFY / ( 分子量: 146.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION |
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#6: 化合物 | ChemComp-NAD / |
#7: 化合物 | ChemComp-NAI / |
#8: 化合物 | ChemComp-MEV / ( |
#9: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 % 解説: Dimensions - 225.988 225.988 225.988 90.00 90.00 90.00 Symmetry - I 41 3 2 |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 1.2 M ammonium sulfate, 100 mM N-(2-Acetamido)iminodiacetic acid and 10 % glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月3日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.06→50 Å / Num. obs: 60173 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 23.45 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1054 / Rpim(I) all: 0.03596 / Rsym value: 0.1114 / Net I/av σ(I): 20.44 / Net I/σ(I): 10.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.07→48.18 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.59 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.07→48.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 88.424 Å / Origin y: 129.1591 Å / Origin z: 118.4248 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |