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- PDB-8vk6: 14alpha-demethylase (CYP51) with amide-linked long arm extension ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vk6
タイトル14alpha-demethylase (CYP51) with amide-linked long arm extension antifungal azole inhibitor
要素Lanosterol 14-alpha demethylase
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / amide-linked azole inhibitor / CYP51 / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol 14alpha-demethylase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / methyltransferase activity / monooxygenase activity / methylation / iron ion binding / heme binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / sterol 14alpha-demethylase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae YJM789 (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Tyndall, J.D.A. / Monk, B.C. / Simons, C.
資金援助European Union, ニュージーランド, 2件
組織認可番号国
European Regional Development FundEuropean Union
Health Research Council (HRC)19/397 ニュージーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Exploring long arm amide linked extensions in the design of 14alpha-demethylase (CYP51) antifungal azole inhibitors
著者: Alsulaimany, M. / Keniya, M.V. / Alanzi, R. / Ruma, Y.N. / Tyndall, J.D.A. / Parker, J. / Monk, B.C. / Simons, C.
履歴
登録2024年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lanosterol 14-alpha demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7695
ポリマ－61,8851
非ポリマー1,8844
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area23850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.686, 65.537, 80.962
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.500, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Lanosterol 14-alpha demethylase


分子量: 61885.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae YJM789 (パン酵母)
株: YJM789 / 遺伝子: ERG11, SCY_2394 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): AD2DELTA / 参照: UniProt: A6ZSR0
#5: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 4種, 140分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-A1AB6 / N-[(2S)-2-(2,4-difluorophenyl)-2-hydroxy-3-(1H-1,2,4-triazol-1-yl)propyl]-4'-(trifluoromethoxy)[1,1'-biphenyl]-4-carboxamide


分子量: 518.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H19F5N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.17 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 44% PEG400, 0.1 M glycine, pH 9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→44.11 Å / Num. obs: 61571 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 38.62 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 1.89→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 1.233 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 3811 / CC1/2: 0.496 / Rpim(I) all: 0.924 / % possible all: 92.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4LXJ

4lxj


解像度: 1.89→44.11 Å / SU ML: 0.2766 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.9793
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2255 2004 3.26 %
Rwork0.1957 59497 -
obs0.1966 61501 96.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→44.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4256 0 131 137 4524
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00754523
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86116139
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0509650
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066794
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.36261690
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.89-1.940.35731320.36514067X-RAY DIFFRACTION92.65
1.94-1.990.31771480.31274157X-RAY DIFFRACTION95.54
1.99-2.050.3471480.28714128X-RAY DIFFRACTION94.92
2.05-2.120.30861290.25464195X-RAY DIFFRACTION95.52
2.12-2.190.26931450.23954194X-RAY DIFFRACTION94.76
2.19-2.280.21961350.22524194X-RAY DIFFRACTION97
2.28-2.380.24071470.19814247X-RAY DIFFRACTION96.85
2.38-2.510.21121460.17784244X-RAY DIFFRACTION97.02
2.51-2.670.21661510.17314309X-RAY DIFFRACTION98.02
2.67-2.870.21441410.18154310X-RAY DIFFRACTION97.65
2.87-3.160.21191450.18484299X-RAY DIFFRACTION98.08
3.16-3.620.20191390.18654361X-RAY DIFFRACTION98.51
3.62-4.560.21351490.17364332X-RAY DIFFRACTION97.56
4.56-44.110.22291490.19494460X-RAY DIFFRACTION98.59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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