PDB-8vk3: Structure of mouse RyR1 in complex with S100A1 (EGTA-only dataset)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vk3

タイトル

Structure of mouse RyR1 in complex with S100A1 (EGTA-only dataset)

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
Protein S100A1
Ryanodine receptor 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Calcium / Ion Channel

機能・相同性

機能・相同性情報

junctional membrane complex / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / Calcineurin activates NFAT / mTORC1-mediated signalling / regulation of response to osmotic stress / cytoplasmic side of membrane / regulation of muscle contraction / sarcoplasmic reticulum calcium ion transport / transforming growth factor beta receptor binding / RAGE receptor binding ...junctional membrane complex / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / Calcineurin activates NFAT / mTORC1-mediated signalling / regulation of response to osmotic stress / cytoplasmic side of membrane / regulation of muscle contraction / sarcoplasmic reticulum calcium ion transport / transforming growth factor beta receptor binding / RAGE receptor binding / Stimuli-sensing channels / type I transforming growth factor beta receptor binding / Ion homeostasis / heart trabecula formation / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / S100 protein binding / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / response to caffeine / ossification involved in bone maturation / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / skin development / cellular response to ATP / regulation of heart contraction / FK506 binding / positive regulation of sprouting angiogenesis / cellular response to caffeine / outflow tract morphogenesis / organelle membrane / smooth endoplasmic reticulum / voltage-gated calcium channel activity / skeletal muscle fiber development / T cell proliferation / striated muscle contraction / heart morphogenesis / axon terminus / release of sequestered calcium ion into cytosol / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / T-tubule / Hsp70 protein binding / sarcoplasmic reticulum membrane / calcium channel complex / regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to calcium ion / sarcomere / peptidylprolyl isomerase / sarcoplasmic reticulum / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / muscle contraction / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / calcium channel activity / cytoplasmic side of plasma membrane / sarcolemma / cytokine-mediated signaling pathway / Z disc / calcium ion transport / calcium-dependent protein binding / ATPase binding / protein homotetramerization / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protease binding / vesicle / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / synapse / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / nucleoplasm / ATP binding / membrane / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

Protein S100-A1 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine receptor, SPRY domain 2 ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å

データ登録者

Weninger, G. / Marks, A.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into the regulation of RyR1 by S100A1
著者: Weninger, G.

履歴

登録	2024年1月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vk3.cif.gz	3.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vk3.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vk3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vk3_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vk3_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8vk3_validation.xml.gz	427 KB	表示
CIF形式データ	8vk3_validation.cif.gz	664.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/8vk3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/8vk3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	43299MC 43295 43296 EMDB 未公開エントリ 43297 43298 M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (1) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (7) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#184 - 2015年4月
グルカゴン (Glucagon)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (7)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ryanodine receptor 1

E: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

J: Protein S100A1

I: Protein S100A1

H: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

F: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

G: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

K: Protein S100A1

M: Protein S100A1

O: Protein S100A1

L: Protein S100A1

N: Protein S100A1

P: Protein S100A1

D: Ryanodine receptor 1

B: Ryanodine receptor 1

C: Ryanodine receptor 1

ヘテロ分子

2.4 MDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Ryanodine receptor 1 / RYR-1 / RyR1 / Skeletal muscle calcium release channel / Skeletal muscle ryanodine receptor / ...RYR-1 / RyR1 / Skeletal muscle calcium release channel / Skeletal muscle ryanodine receptor / Skeletal muscle-type ryanodine receptor / Type 1 ryanodine receptor 分子量: 565692.562 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: E9PZQ0
#2: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A / PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / 12 kDa FKBP / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding ...PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / 12 kDa FKBP / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding protein 1A / FKBP-1A / Immunophilin FKBP12 / Rotamase 分子量: 11939.629 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P26883, peptidylprolyl isomerase
#3: タンパク質	Protein S100A1 / S100 calcium-binding protein 分子量: 10516.784 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: S100a1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91V77
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-PCW / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / (Z,Z)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-7-[(1-OXO-9-OCTADECENYL)OXY]-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-18-EN-1-AMINIUM-4-OXIDE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン分子量: 787.121 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₄H₈₅NO₈P / コメント: DOPC, リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Complex of RyR1 with Calstabin-1 and S100A1 (EGTA condition)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL

由来(天然)

生物種:

Mus musculus (ハツカネズミ)

緩衝液

pH: 7.4

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	10 mmol/L	HEPES		1
2	150 mmol/L	sodium chloride	NaCl	1
3	0.25 %	CHAPS		1
4	0.01 %	DOPC		1
5	0.5 mmol/L	TCEP		1
6	5 mmol/L	EGTA		1

試料

濃度: 8.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 0.15 mmol/L S100A1-dimer

試料支持

グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1200 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 58 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12147

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
1	cryoSPARC	粒子像選択
4	cryoSPARC	CTF補正
7	Coot	モデルフィッティング
9	PHENIX	モデル精密化
10	cryoSPARC	初期オイラー角割当
11	cryoSPARC	最終オイラー角割当
12	cryoSPARC	分類
13	cryoSPARC	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₄ (4回回転対称)

3次元再構成

解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 36506 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	152156
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.602	205948
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	6.271	20640
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.037	22624
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.005	26772

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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