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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vjy | |||||||||
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タイトル | Structure of Human Neurolysin in complex with Neurotensin peptide | |||||||||
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![]() | HYDROLASE / metallopeptidase / bioactive peptides | |||||||||
機能・相同性 | ![]() neurolysin / regulation of skeletal muscle fiber differentiation / peptide metabolic process / regulation of gluconeogenesis / Peptide ligand-binding receptors / peptide binding / mitochondrial intermembrane space / metalloendopeptidase activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / proteolysis ...neurolysin / regulation of skeletal muscle fiber differentiation / peptide metabolic process / regulation of gluconeogenesis / Peptide ligand-binding receptors / peptide binding / mitochondrial intermembrane space / metalloendopeptidase activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Shi, K. / Aihara, H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of divergent substrate recognition and inhibition of human neurolysin. 著者: Shi, K. / Bagchi, S. / Bickel, J. / Esfahani, S.H. / Yin, L. / Cheng, T. / Karamyan, V.T. / Aihara, H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 583.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 477.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8vjuC ![]() 8vjvC ![]() 8vjxC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 76688.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1790.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.55 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→48.51 Å / Num. obs: 123468 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.181 / Χ2: 1.83 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 783426 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / % possible obs: 80.8 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 2.914 / Num. measured all: 21292 / Num. unique obs: 4926 / CC1/2: 0.157 / Rpim(I) all: 1.471 / Rrim(I) all: 3.286 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I) obs: 0.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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