[日本語] English
万見
- PDB-8vjn: Myxococcus xanthus encapsulin cargo protein EncD in complex with ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vjn
タイトルMyxococcus xanthus encapsulin cargo protein EncD in complex with flavin mononucleotide
要素Encapsulin nanocompartment cargo protein EncD
キーワードFLAVOPROTEIN / Encapsulin / cargo protein / EncD / flavin / flavin mononucleotide / EncA
機能・相同性encapsulin nanocompartment / intracellular iron ion homeostasis / metal ion binding / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Encapsulin nanocompartment cargo protein EncD
機能・相同性情報
生物種Myxococcus xanthus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Eren, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)Intramural Research 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: encapsulin cargo protein EncD is a flavin-binding protein with ferric reductase activity.
著者: Elif Eren / Norman R Watts / James F Conway / Paul T Wingfield /
要旨: Encapsulins are protein nanocompartments that regulate cellular metabolism in several bacteria and archaea. encapsulins protect the bacterial cells against oxidative stress by sequestering cytosolic ...Encapsulins are protein nanocompartments that regulate cellular metabolism in several bacteria and archaea. encapsulins protect the bacterial cells against oxidative stress by sequestering cytosolic iron. These encapsulins are formed by the shell protein EncA and three cargo proteins: EncB, EncC, and EncD. EncB and EncC form rotationally symmetric decamers with ferroxidase centers (FOCs) that oxidize Fe to Fe for iron storage in mineral form. However, the structure and function of the third cargo protein, EncD, have yet to be determined. Here, we report the x-ray crystal structure of EncD in complex with flavin mononucleotide. EncD forms an α-helical hairpin arranged as an antiparallel dimer, but unlike other flavin-binding proteins, it has no β-sheet, showing that EncD and its homologs represent a unique class of bacterial flavin-binding proteins. The cryo-EM structure of EncA-EncD encapsulins confirms that EncD binds to the interior of the EncA shell via its C-terminal targeting peptide. With only 100 amino acids, the EncD α-helical dimer forms the smallest flavin-binding domain observed to date. Unlike EncB and EncC, EncD lacks a FOC, and our biochemical results show that EncD instead is a NAD(P)H-dependent ferric reductase, indicating that the encapsulins act as an integrated system for iron homeostasis. Overall, this work contributes to our understanding of bacterial metabolism and could lead to the development of technologies for iron biomineralization and the production of iron-containing materials for the treatment of various diseases associated with oxidative stress.
履歴
登録2024年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年6月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Encapsulin nanocompartment cargo protein EncD
B: Encapsulin nanocompartment cargo protein EncD
C: Encapsulin nanocompartment cargo protein EncD
D: Encapsulin nanocompartment cargo protein EncD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4796
ポリマ－30,5674
非ポリマー9132
水1,53185
1
A: Encapsulin nanocompartment cargo protein EncD
C: Encapsulin nanocompartment cargo protein EncD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7403
ポリマ－15,2832
非ポリマー4561
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area6020 Å2
手法PISA
2
B: Encapsulin nanocompartment cargo protein EncD
D: Encapsulin nanocompartment cargo protein EncD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7403
ポリマ－15,2832
非ポリマー4561
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area6180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.566, 27.999, 86.469
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.83, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Encapsulin nanocompartment cargo protein EncD


分子量: 7641.625 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-59 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (バクテリア) / 遺伝子: encD, MXAN_2410 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1D9P3
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.56 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 25% PEG 1500, 0.1 M PCTP (sodium propionate, sodium cacodylate and Bis-Tris propane, 2:1:2)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→42.93 Å / Num. obs: 9203 / % possible obs: 96.94 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 8.93
反射 シェル解像度: 2.31→2.4 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Num. unique obs: 726 / CC1/2: 0.37 / % possible all: 80

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2-3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.31→32.54 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2306 919 10 %Random selection
Rwork0.1828 ---
obs0.1879 9189 96.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→32.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1659 0 62 85 1806
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.052
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.803246
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052250
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012302
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.31-2.430.31021080.2561988X-RAY DIFFRACTION84
2.43-2.580.34641290.24181154X-RAY DIFFRACTION96
2.58-2.780.32191330.23561199X-RAY DIFFRACTION100
2.78-3.060.27411350.20611220X-RAY DIFFRACTION100
3.06-3.510.22421350.18891214X-RAY DIFFRACTION100
3.51-4.420.19061360.14341218X-RAY DIFFRACTION100
4.42-32.540.19571430.16921277X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.0562 Å / Origin y: -5.1802 Å / Origin z: 21.4996 Å
111213212223313233
T0.2599 Å2-0.0056 Å2-0.0052 Å2-0.3045 Å20.0271 Å2--0.2785 Å2
L-0.4094 °20.0877 °2-0.3456 °2-0.4191 °2-0.1964 °2--0.4534 °2
S0.0234 Å °-0.0145 Å °0.0037 Å °-0.0096 Å °0.0019 Å °-0.0045 Å °-0.0047 Å °0.0086 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る