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- PDB-8vj2: Crystal Structure of Macrophage migration inhibitory factor-1 (MI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vj2
タイトルCrystal Structure of Macrophage migration inhibitory factor-1 (MIF1) from Onchocerca volvulus
要素Macrophage migration inhibitory factor-1
キーワードCYTOKINE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Macrophage migration inhibitory factor-1
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / cytokine activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor, conserved site / Macrophage migration inhibitory factor family signature. / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Tautomerase/MIF superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
L-dopachrome isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Onchocerca volvulus (回旋糸状虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of N-terminally hexahistidine-tagged Onchocerca volvulus macrophage migration inhibitory factor-1.
著者: Kimble, A.D. / Dawson, O.C.O. / Liu, L. / Subramanian, S. / Cooper, A. / Battaile, K. / Craig, J. / Harmon, E. / Myler, P. / Lovell, S. / Asojo, O.A.
履歴
登録2024年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage migration inhibitory factor-1
B: Macrophage migration inhibitory factor-1
C: Macrophage migration inhibitory factor-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3984
ポリマ－43,3753
非ポリマー231
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area16350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.441, 91.127, 132.487
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-226-

HOH

21A-230-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Macrophage migration inhibitory factor-1


分子量: 14458.456 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Onchocerca volvulus (回旋糸状虫)
遺伝子: mif1 / プラスミド: OnvoA.00834.a.UX1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q963F7
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Berkeley B3: 100 mM Bis-Tris / Hydrochloric acid pH 6.5 400 mM Sodium chloride 30% (w/v) PEG 3350, OnvoA.00834.a.UX1.PW39231 at 20.1 mg/mL. plate 13715 well B3 drop 2. Puck: PSL-1003, Cryo: ...詳細: Berkeley B3: 100 mM Bis-Tris / Hydrochloric acid pH 6.5 400 mM Sodium chloride 30% (w/v) PEG 3350, OnvoA.00834.a.UX1.PW39231 at 20.1 mg/mL. plate 13715 well B3 drop 2. Puck: PSL-1003, Cryo: crystallization solution

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月9日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.45 Å / Num. obs: 25433 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 15 / Num. measured all: 340455
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 1.095 / Num. measured all: 25834 / Num. unique obs: 1843 / CC1/2: 0.956 / Rpim(I) all: 0.299 / Rrim(I) all: 1.136 / Χ2: 1.06 / Net I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21rc1_5177: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→45.45 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 1249 4.95 %
Rwork0.2166 --
obs0.2176 25255 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2398 0 1 83 2482
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042438
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.25880
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057383
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005423
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.980.41811780.33172549X-RAY DIFFRACTION98
1.98-2.070.32211180.26452617X-RAY DIFFRACTION98
2.07-2.170.32551370.26692617X-RAY DIFFRACTION99
2.17-2.310.24211140.25122659X-RAY DIFFRACTION99
2.31-2.490.30141240.25582679X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.740.32781310.25362678X-RAY DIFFRACTION100
2.74-3.140.25521290.23942689X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.950.21761530.20532713X-RAY DIFFRACTION100
3.95-45.450.1881650.17772805X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.8034-3.2022-5.67694.51864.71627.07180.6201-0.5076-0.56791.3645-0.8106-1.6948-0.31264.1602-0.02810.8315-0.0404-0.1691.16360.16760.7449.7562-6.636616.7788
24.63294.2569-1.62446.1323-0.15414.81790.07940.29960.302-0.95040.03570.59020.1553-0.8592-0.00090.39670.1299-0.00860.40270.020.2861-11.9919-4.17639.2299
39.41710.14595.18238.1613-0.00432.8695-0.52420.66751.3259-0.7422-0.26210.1402-1.5197-0.02920.66740.4674-0.00110.04280.26630.0440.3403-4.48475.27399.8397
42.84153.98660.60429.40430.20673.8396-0.1149-0.02910.50310.5048-0.0793-0.0534-0.07640.21820.05690.404-0.0016-0.00870.37460.02360.34540.5215-0.063113.4967
53.456-0.5983-4.08449.73321.64444.94680.1166-0.51780.1872-0.59280.03990.4415-0.1215-1.6636-0.12470.28680.0274-0.02450.8146-0.00260.3304-22.1487-8.459414.2102
63.75042.4464-1.2142.6705-0.51150.4889-0.2104-1.2091-0.32440.0877-0.0923-0.0658-0.7154-0.0950.35770.69250.04850.01770.5761-0.00140.3086-5.3676-2.584722.2381
75.77492.3743-2.76915.3721-6.16247.09330.302-1.18782.05240.26290.2813-0.2876-2.2417-0.7976-0.34591.09110.257-0.0030.5659-0.11680.7303-11.9076.799317.3735
85.70392.7952.4942.62541.8236.23250.2594-0.20470.7364-0.0121-0.21730.48-0.6897-0.9161-0.0280.54960.24060.04590.6561-0.04750.3779-14.0327-1.180219.8293
98.2383.98412.47556.1133.55952.079-0.38860.57730.6889-0.7817-0.51990.0767-1.10071.08180.51050.6365-0.1373-0.06250.60080.20150.313311.3006-1.937.2659
102.3694-3.2732-0.82484.8296-0.01143.9690.3774-0.6314-0.4441-0.60660.41050.27940.2683-1.1143-0.57780.4385-0.1837-0.0680.83250.10170.2996-21.2609-18.240117.1279
112.877-2.1089-0.31215.86063.41867.77720.1953-0.4635-0.1239-0.33310.09830.12960.7892-1.30290.09670.6401-0.1149-0.03850.6181-0.03170.2674-14.9119-19.829515.5115
128.0472-4.8079-2.97865.08615.627.8153-0.0843-0.61440.2297-0.24850.8175-0.38080.1039-0.8839-0.28310.5975-0.1048-0.02330.48770.01360.2386-13.0197-18.252825.2642
132.1646-3.1889-0.46114.66010.68710.10170.404-1.3448-0.44561.4198-0.44150.66160.6357-0.4068-0.04091.2139-0.7442-0.2261.37840.23640.5932-21.005-27.66922.5285
145.56672.89253.36815.21524.05223.5088-0.0632-0.3364-0.3809-0.52320.23460.20330.4708-0.628-0.14011.0461-0.2978-0.06150.48030.04210.3794-12.9301-26.328320.3083
153.19372.438-2.9656.6827-1.61063.1786-0.0448-0.15180.2468-0.769-0.00210.75960.4247-1.04430.17830.5325-0.0618-0.08540.5567-0.01260.403-9.5655-12.003245.9404
163.12731.03310.18015.5134-0.6263.24330.02860.0684-0.43150.1172-0.1243-0.32530.71340.33590.10830.55460.07710.01280.2903-0.00360.26490.5437-19.79719.8302
177.04211.521-3.96335.0064-3.59634.7244-0.1825-0.28090.0146-0.3229-0.7286-1.64151.02451.4030.30310.77290.2977-0.00430.8679-0.07940.4789.8924-19.78726.8014
184.59791.70261.99166.58850.17273.7012-0.05040.4915-0.268-0.30560.0266-0.25030.85640.56840.09480.38240.12210.02590.39530.02340.2936.4871-12.994111.72
195.3888-5.29966.89275.5043-6.93728.98551.05770.9442-0.3833-0.0539-0.7519-0.11521.31171.4424-0.39641.0490.171-0.08170.5413-0.04250.3797.7584-25.415737.4798
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -3 through 1 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 2 through 16 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 17 through 30 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 31 through 43 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 44 through 57 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 58 through 74 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 75 through 87 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 88 through 102 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 103 through 113 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 0 through 31 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 32 through 57 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 58 through 72 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 73 through 88 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 89 through 102 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 103 through 112 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 0 through 75 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 76 through 88 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 89 through 102 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 103 through 111 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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