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万見
- PDB-8vix: Hydrogen Peroxide-bound Vanadium-dependent Bromoperoxidase from C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vix
タイトルHydrogen Peroxide-bound Vanadium-dependent Bromoperoxidase from Corallina pilulifera
要素Vanadium-dependent bromoperoxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / VHPO / VBPO / Vanadium-dependent bromoperoxidase / vanadate-dependent bromoperoxidase / haloperoxidase / 12-mer / electrophilic brominating enzyme / enzyme / hydrogen peroxide
機能・相同性bromide peroxidase / bromide peroxidase activity / Bromoperoxidase/chloroperoxidase C-terminal / : / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily / metal ion binding / PEROXIDE ION / VANADATE ION / Vanadium-dependent bromoperoxidase
機能・相同性情報
生物種Corallina pilulifera (ピリヒバ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Hessefort, L.Z. / Williams, D.R. / Biegasiewicz, K.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other government 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: High-Resolution CryoEM unveils insights into the Catalytic Mechanism of a Vanadium-dependent Bromoperoxidase
著者: Hessefort, L.Z. / Williams, D.R. / Biegasiewicz, K.F.
履歴
登録2024年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vanadium-dependent bromoperoxidase
B: Vanadium-dependent bromoperoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,83710
ポリマ－138,3992
非ポリマー4388
水1448
1
A: Vanadium-dependent bromoperoxidase
B: Vanadium-dependent bromoperoxidase
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,666,038120
ポリマ－1,660,78224
非ポリマー5,25696
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation11

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要素

#1: タンパク質 Vanadium-dependent bromoperoxidase / V-BPO / Vanadium haloperoxidase


分子量: 69199.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Corallina pilulifera (ピリヒバ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O81959, bromide peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION


分子量: 114.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-PER / PEROXIDE ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hydrogen Peroxide-bound Vanadium-dependent Bromoperoxidase from Corallina pilulifera
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.829603 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Corallina pilulifera (ピリヒバ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 6.5
詳細: 25 mM pH 6.5 PIPES/NaOH buffer, 2.5 mM CaCl2, 95 mM NaCl
緩衝液成分濃度: 95 mM / 名称: NaCl / 式: NaCl
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Approx. 2 micrometer holes / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 凍結前の試料温度: 22 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -800 nm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.3.1粒子像選択
2SerialEM4.0.25画像取得
3cryoSPARC4.3.1masking
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF ChimeraX1.6モデルフィッティング
8PHENIX1.20.1モデル精密化
9Coot0.9.8.7モデル精密化
11cryoSPARC4.3.1初期オイラー角割当
12cryoSPARC4.3.1最終オイラー角割当
13cryoSPARC4.3.1分類
14cryoSPARC4.3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: T (正4面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 349552 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
詳細: Rounds of automatic real space refine in PHENIX with manual real space refine in coot
原子モデル構築詳細: Collabfold / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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