PDB-8vgx: Phosphate-bound Vanadium-dependent Bromoperoxidase from Corallina...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vgx

タイトル

Phosphate-bound Vanadium-dependent Bromoperoxidase from Corallina pilulifera

要素

Vanadium-dependent bromoperoxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / VHPO / VBPO / Vanadium-dependent bromoperoxidase / vanadate-dependent bromoperoxidase / haloperoxidase / 12-mer / electrophilic brominating enzyme / enzyme

機能・相同性

bromide peroxidase / bromide peroxidase activity / Bromoperoxidase/chloroperoxidase C-terminal / : / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily / metal ion binding / PHOSPHATE ION / Vanadium-dependent bromoperoxidase

機能・相同性情報

生物種

Corallina pilulifera (ピリヒバ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.19 Å

データ登録者

Hessefort, L.Z. / Williams, D.R. / Biegasiewicz, K.F.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: High-Resolution CryoEM unveils insights into the Catalytic Mechanism of a Vanadium-dependent Bromoperoxidase
著者: Hessefort, L.Z. / Williams, D.R. / Biegasiewicz, K.F.

履歴

登録	2023年12月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月12日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月12日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月12日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月12日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月12日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月12日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vgx.cif.gz	232.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vgx.ent.gz	185.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vgx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/8vgx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/8vgx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	43229MC 43230C 43270C 43291C 8vh0C 8vixC 8vjqC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Vanadium-dependent bromoperoxidase

B: Vanadium-dependent bromoperoxidase

ヘテロ分子

139 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Vanadium-dependent bromoperoxidase / V-BPO / Vanadium haloperoxidase 分子量: 69199.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Corallina pilulifera (ピリヒバ) / プラスミド: pET-28a+ / 詳細 (発現宿主): Produced by TwistBioscience / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O81959, bromide peroxidase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Phosphate-bound Vanadium-dependent Bromoperoxidase from Corallina pilulifera タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 0.82960356 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Corallina pilulifera (ピリヒバ)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / プラスミド: pET-28a+
緩衝液	pH: 6.5 詳細: 25 mM pH 6.5 PIPES/NaOH buffer, 2.5 mM CaCl2, 95 mM NaCl
緩衝液成分	濃度: 95 mM / 名称: NaCl / 式: NaCl
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	詳細: Approx. 2 μm holes / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 凍結前の試料温度: 22 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: -800 nm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC	4.3.1	粒子像選択
2	SerialEM	4.0.25	画像取得
3	cryoSPARC	4.3.1	masking
4	CTFFIND	4	CTF補正
7	UCSF ChimeraX	1.6	モデルフィッティング
8	PHENIX	1.20.1	モデル精密化
9	Coot	0.9.8.7	モデル精密化
11	cryoSPARC	4.3.1	初期オイラー角割当
12	cryoSPARC	4.3.1	最終オイラー角割当
13	cryoSPARC	4.3.1	分類
14	cryoSPARC	4.3.1	３次元再構成

CTF補正

タイプ: NONE

粒子像の選択

選択した粒子像数: 195069

対称性

点対称性: T (正4面体型対称)

3次元再構成

解像度: 2.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 195069 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
詳細: Rounds of automatic real space refine in PHENIX with manual real space refine in coot

原子モデル構築

詳細: Collabfold / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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