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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8viw | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of heparosan synthase 2 from Pasteurella multocida with polysaccharide in the GlcNAc-T active site | ||||||
要素 | Heparosan synthase B | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / polysaccharide synthase / complex | ||||||
機能・相同性 | Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / : / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Heparosan synthase B 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pasteurella multocida (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Krahn, J.M. / Pedersen, L.C. / Liu, J. / Stancanelli, E. / Borgnia, M. / Vivarette, E. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024 タイトル: Structural and Functional Analysis of Heparosan Synthase 2 from Pasteurella multocida to Improve the Synthesis of Heparin 著者: Stancanelli, E. / Krahn, J.A. / Viverette, E. / Dutcher, R. / Pagadala, V. / Borgnia, M.J. / Liu, J. / Pedersen, L.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8viw.cif.gz | 405.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8viw.ent.gz | 326.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8viw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/8viw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/8viw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 43269MC 8vh7C 8vh8 C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64548.277 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pasteurella multocida (バクテリア) 遺伝子: hssB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SGE1 #2: 多糖 | beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1028.824 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 #3: 化合物 | ChemComp-MN / #4: 化合物 | ChemComp-UDP / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 2D ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: pmHS2 with 7-mer polysaccharide / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Pasteurella multocida (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 25 mM Tris pH 7.5, 87.5 mM NaCl, 1 mM MnCl2, 1 mM UDP and 1 mM NS-7mer (GlcA-GlcNS-GlcA-GlcNS-GlcA-GlcNS-GlcA-pNP) |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 4544 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 104255 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 169 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE |