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- PDB-8vgd: Complex of ExbD with D-box peptide: Tetragonal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vgd
タイトルComplex of ExbD with D-box peptide: Tetragonal form
要素
  • Biopolymer transport protein ExbD
  • GLN-PRO-ILE-SER-VAL-THR-MET-VAL-THR
キーワードTRANSPORT PROTEIN / TonB / TonB-dependent transport / bacterial motor
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor-mediated bacteriophage irreversible attachment to host cell / colicin transport / energy transducer activity / siderophore transport / cell envelope / cobalamin transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / plasma membrane protein complex / transmembrane transporter activity / transmembrane transporter complex ...receptor-mediated bacteriophage irreversible attachment to host cell / colicin transport / energy transducer activity / siderophore transport / cell envelope / cobalamin transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / plasma membrane protein complex / transmembrane transporter activity / transmembrane transporter complex / cell outer membrane / transmembrane transport / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / intracellular iron ion homeostasis / protein domain specific binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / TonB polyproline region / : / Gram-negative bacterial TonB protein / TonB C-terminal domain profile. / TonB, C-terminal / Gram-negative bacterial TonB protein C-terminal / TonB/TolA, C-terminal / TonB system transport protein ExbD type-1 / Biopolymer transport protein ExbD/TolR / Biopolymer transport protein ExbD/TolR
類似検索 - ドメイン・相同性
Biopolymer transport protein ExbD / Protein TonB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Loll, P.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery and structural characterization of the D-box, a conserved TonB motif that couples an inner-membrane motor to outer-membrane transport.
著者: Loll, P.J. / Grasty, K.C. / Shultis, D.D. / Guzman, N.J. / Wiener, M.C.
履歴
登録2023年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / pdbx_related_exp_data_set / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biopolymer transport protein ExbD
B: Biopolymer transport protein ExbD
P: GLN-PRO-ILE-SER-VAL-THR-MET-VAL-THR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4523
ポリマ－19,4523
非ポリマー00
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area8070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.010, 49.010, 62.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Biopolymer transport protein ExbD


分子量: 9238.591 Da / 分子数: 2 / 断片: periplasmic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: exbD, EIMP300_23080 / プラスミド: pETHSUL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8S0FLD5
#2: タンパク質・ペプチド GLN-PRO-ILE-SER-VAL-THR-MET-VAL-THR


分子量: 975.159 Da / 分子数: 1 / 断片: D-box peptide / 由来タイプ: 合成 / 詳細: D-box peptide from TonB / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02929
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.8
詳細: 2M ammonium sulfate in 0.1 M sodium citrate, pH 5.8; microbatch under Al's oil

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92011 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→26.4 Å / Num. obs: 27989 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.42-1.465.06720290.275.2531
1.46-1.53.25820140.4783.3791
1.5-1.542.23619760.6522.3191
1.54-1.591.76518950.7351.831
1.59-1.641.25418470.8441.3011
1.64-1.70.97917670.8971.0151
1.7-1.760.72617330.9440.7531
1.76-1.830.50316420.9790.5221
1.83-1.910.29915870.9910.311
1.91-2.010.21515030.9930.2231
2.01-2.120.15114570.9950.1571
2.12-2.250.11513800.9970.121
2.25-2.40.09512790.9970.0991
2.4-2.590.08112090.9980.0841
2.59-2.840.07411100.9980.0771
2.84-3.180.0669950.9980.0691
3.18-3.670.0618880.9990.0631
3.67-4.490.0587610.9990.061
4.49-6.350.0595850.9970.0611
6.35-26.40.0733320.9970.0761

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.42→24.63 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.204 --
Rwork0.187 --
obs-26548 100 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→24.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1201 0 0 50 1251

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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