PDB-8vgc: Complex of ExbD with D-box peptide: Orthorhombic form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vgc

タイトル

Complex of ExbD with D-box peptide: Orthorhombic form

要素

Biopolymer transport protein ExbD
GLN-PRO-ILE-SER-VAL-THR-MET-VAL-THR-PRO

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TonB / TonB-dependent transport / bacterial motor

機能・相同性

機能・相同性情報

receptor-mediated bacteriophage irreversible attachment to host cell / colicin transport / energy transducer activity / cobalamin transport / siderophore transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / transmembrane transporter complex / plasma membrane protein complex / cell envelope / transmembrane transporter activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Loll, P.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery and structural characterization of the D-box, a conserved TonB motif that couples an inner-membrane motor to outer-membrane transport.
著者: Loll, P.J. / Grasty, K.C. / Shultis, D.D. / Guzman, N.J. / Wiener, M.C.

履歴

登録	2023年12月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / pdbx_related_exp_data_set / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vgc.cif.gz	79.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vgc.ent.gz	59 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vgc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vgc_validation.pdf.gz	438.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vgc_full_validation.pdf.gz	438.8 KB	表示
XML形式データ	8vgc_validation.xml.gz	8.7 KB	表示
CIF形式データ	8vgc_validation.cif.gz	11.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/8vgc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/8vgc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8vgdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.5281/zenodo.10574019 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Biopolymer transport protein ExbD

B: Biopolymer transport protein ExbD

P: GLN-PRO-ILE-SER-VAL-THR-MET-VAL-THR-PRO

19.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.260, 60.640, 73.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Biopolymer transport protein ExbD 分子量: 9238.591 Da / 分子数: 2 / 断片: Periplasmic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: exbD, EIMP300_23080 / プラスミド: pETHSUL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8S0FLD5
#2: タンパク質・ペプチド	GLN-PRO-ILE-SER-VAL-THR-MET-VAL-THR-PRO 分子量: 1072.274 Da / 分子数: 1 / 断片: D-box peptide / 由来タイプ: 合成 / 詳細: D-box peptide from TonB / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02929
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.43 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6 詳細: 2M ammonium sulfate in 0.1 M sodium acetate pH 4.6. Microbatch under Al's oil

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92011 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.92011 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.42→24.63 Å / Num. obs: 42453 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 17.39

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.42-1.46	3.246	3087	0.392	3.367	1
1.46-1.5	1.924	3024	0.583	1.996	1
1.5-1.54	1.321	2952	0.719	1.371	1
1.54-1.59	0.92	2851	0.85	0.954	1
1.59-1.64	0.663	2772	0.923	0.688	1
1.64-1.7	0.503	2683	0.953	0.522	1
1.7-1.76	0.358	2604	0.977	0.372	1
1.76-1.83	0.233	2496	0.99	0.242	1
1.83-1.91	0.175	2373	0.994	0.182	1
1.91-2.01	0.121	2295	0.996	0.127	1
2.01-2.12	0.087	2210	0.997	0.091	1
2.12-2.25	0.078	2076	0.997	0.082	1
2.25-2.4	0.07	1944	0.998	0.073	1
2.4-2.59	0.06	1835	0.998	0.063	1
2.59-2.84	0.059	1694	0.998	0.062	1
2.84-3.18	0.055	1538	0.999	0.057	1
3.18-3.67	0.055	1368	0.998	0.057	1
3.67-4.49	0.059	1181	0.998	0.062	1
4.49-6.35	0.064	930	0.998	0.066	1
6.35-24.63	0.074	540	0.995	0.078	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
AutoSol		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.42→24.63 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2206	1999	4.71 %
R_work	0.2039	-	-
obs	0.2047	42449	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→24.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1221	0	0	86	1307

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	1284
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.35	1748
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.697	179
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.118	216
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	217

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.42-1.46	0.4928	141	0.3719	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
1.46-1.49	0.3035	139	0.3305	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
1.49-1.54	0.3128	141	0.2751	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.59	0.2419	141	0.2409	2856	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.65	0.2674	142	0.2413	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.71	0.2626	141	0.2373	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.79	0.2735	141	0.2314	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.88	0.2725	143	0.2166	2880	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-2	0.2497	141	0.2245	2866	X-RAY DIFFRACTION	99
2-2.16	0.2489	144	0.2106	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.37	0.2247	142	0.2055	2889	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.71	0.2215	144	0.206	2914	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-3.42	0.1979	147	0.2123	2963	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-24.63	0.2021	152	0.1787	3081	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0897	-0.9391	1.4161	2.9197	-0.5317	3.7132	0.0634	-0.1113	-0.0338	-0.034	-0.0033	0.0881	-0.0858	-0.1324	-0.0665	0.2007	-0.0043	-0.0176	0.2121	-0.0098	0.1932	13.347	15.351	42.56
2	4.7001	-2.1896	2.2786	3.4496	-1.2742	4.3422	-0.1853	-0.0606	0.2898	-0.0452	0.0971	-0.24	-0.0284	0.1875	0.058	0.2743	-0.0235	-0.0337	0.2374	0.0494	0.2896	29.351	3.64	54.06
3	7.3957	-4.6405	-4.3696	2.9588	2.6112	2.9551	-0.2195	-0.11	0.025	0.5906	0.1416	-0.1802	0.5405	0.3067	0.2825	0.4064	-0.016	-0.0026	0.3406	0.0204	0.3759	24.354	13.35	48.006

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 61:77 )	A	61 - 77
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 62:76 )	B	62 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN P AND RESID 55:64 )	P	55 - 64

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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