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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vfw | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of V113N D-Dopachrome Tautomerase (D-DT) | ||||||
要素 | D-dopachrome decarboxylase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / Truncation / Enzyme / Cytokine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome decarboxylase activity / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / melanin biosynthetic process / cytokine receptor binding / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade ...D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome decarboxylase activity / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / melanin biosynthetic process / cytokine receptor binding / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / extracellular space / extracellular exosome / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.31 Å | ||||||
データ登録者 | Parkins, A. / Wolff, A. / Thompson, M.C. / Pantouris, G. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024 タイトル: The C-terminal Region of D-DT Regulates Molecular Recognition for Protein-Ligand Complexes. 著者: Parkins, A. / Pilien, A.V.R. / Wolff, A.M. / Argueta, C. / Vargas, J. / Sadeghi, S. / Franz, A.H. / Thompson, M.C. / Pantouris, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vfw.cif.gz | 106.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vfw.ent.gz | 79.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8vfw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8vfw_validation.pdf.gz | 452.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8vfw_full_validation.pdf.gz | 454.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8vfw_validation.xml.gz | 23.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8vfw_validation.cif.gz | 35.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/8vfw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/8vfw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12608.498 Da / 分子数: 4 / 変異: V113N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30046, D-dopachrome decarboxylase #2: 化合物 | ChemComp-CIT / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.35 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 26-32% PEG 4000, 0.1M Sodium Citrate (pH 5.2-6.8), 0.2M Ammonium Acetate PH範囲: 5.2-5.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11583 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.31→96.34 Å / Num. obs: 111333 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 1906424 |
反射 シェル | 解像度: 1.31→1.33 Å / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.881 / Num. measured all: 42192 / Num. unique obs: 5498 / CC1/2: 0.767 / Rpim(I) all: 0.338 / Rrim(I) all: 0.945 / Net I/σ(I) obs: 0.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.31→96.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.37 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.31→96.34 Å
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拘束条件 |
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