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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vg5 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of V113N Variant of D-Dopachrome Tautomerase (D-DT) Bound with 4CPPC | ||||||
要素 | D-dopachrome decarboxylaseD-ドーパクロムデカルボキシラーゼ | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / Truncation / Enzyme (酵素) / Cytokine (サイトカイン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 D-ドーパクロムデカルボキシラーゼ / D-dopachrome decarboxylase activity / melanin biosynthetic process / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / cytokine receptor binding / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade ...D-ドーパクロムデカルボキシラーゼ / D-dopachrome decarboxylase activity / melanin biosynthetic process / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / cytokine receptor binding / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / extracellular space / extracellular exosome / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Parkins, A. / Pilien, A. / Thompson, M.C. / Pantouris, G. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024 タイトル: The C-terminal Region of D-DT Regulates Molecular Recognition for Protein-Ligand Complexes. 著者: Parkins, A. / Pilien, A.V.R. / Wolff, A.M. / Argueta, C. / Vargas, J. / Sadeghi, S. / Franz, A.H. / Thompson, M.C. / Pantouris, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vg5.cif.gz | 108.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vg5.ent.gz | 82 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8vg5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/8vg5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/8vg5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12608.498 Da / 分子数: 4 / 変異: V113N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P30046, D-ドーパクロムデカルボキシラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-7L9 / | #3: 化合物 | ChemComp-CIT / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.29 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 26-32% PEG 4000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M Ammonium Acetate PH範囲: 5.2-6.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11583 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→55.6 Å / Num. obs: 73626 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 17 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.233 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.239 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 1.974 / Num. measured all: 31856 / Num. unique obs: 3502 / CC1/2: 0.481 / Rpim(I) all: 0.679 / Rrim(I) all: 2.093 / Net I/σ(I) obs: 0.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→55.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.384 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.5→55.6 Å
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拘束条件 |
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