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- PDB-8vfn: Crystal Structure of WT D-Dopachrome Tautomerase (D-DT) at 310K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vfn
タイトルCrystal Structure of WT D-Dopachrome Tautomerase (D-DT) at 310K
要素D-dopachrome decarboxylase
キーワードISOMERASE / Truncation / Enzyme / Cytokine
機能・相同性
機能・相同性情報


D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome decarboxylase activity / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / melanin biosynthetic process / cytokine receptor binding / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade ...D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome decarboxylase activity / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / melanin biosynthetic process / cytokine receptor binding / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / extracellular space / extracellular exosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor, conserved site / Macrophage migration inhibitory factor family signature. / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Tautomerase/MIF superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
D-dopachrome decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.29 Å
データ登録者Parkins, A. / Pilien, A. / Wolff, A. / Thompson, M.C. / Pantouris, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: The C-terminal Region of D-DT Regulates Molecular Recognition for Protein-Ligand Complexes.
著者: Parkins, A. / Pilien, A.V.R. / Wolff, A.M. / Argueta, C. / Vargas, J. / Sadeghi, S. / Franz, A.H. / Thompson, M.C. / Pantouris, G.
履歴
登録2023年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月15日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.32024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-dopachrome decarboxylase
B: D-dopachrome decarboxylase
C: D-dopachrome decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7813
ポリマ－37,7813
非ポリマー00
水4,216234
1
A: D-dopachrome decarboxylase

A: D-dopachrome decarboxylase

A: D-dopachrome decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7813
ポリマ－37,7813
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area6800 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area13380 Å2
手法PISA
2
B: D-dopachrome decarboxylase

B: D-dopachrome decarboxylase

B: D-dopachrome decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7813
ポリマ－37,7813
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area6760 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area13580 Å2
手法PISA
3
C: D-dopachrome decarboxylase

C: D-dopachrome decarboxylase

C: D-dopachrome decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7813
ポリマ－37,7813
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area6800 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area13560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.292, 84.292, 41.058
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

-
要素

#1: タンパク質 D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome tautomerase / Phenylpyruvate tautomerase II


分子量: 12593.526 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30046, D-dopachrome decarboxylase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 24-30% PEG 4000, 0.1M Sodium Citrate (pH 5.6-6.0), 0.2M Ammonium Acetate
PH範囲: 5.6 - 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 310 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.29→73 Å / Num. obs: 80478 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 9.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 733239
反射 シェル解像度: 1.29→1.31 Å / % possible obs: 78.8 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 1.423 / Num. measured all: 14401 / Num. unique obs: 3235 / CC1/2: 0.329 / Rpim(I) all: 0.747 / Rrim(I) all: 1.618 / Net I/σ(I) obs: 0.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.29→73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16735 4085 5.1 %RANDOM
Rwork0.15934 ---
obs0.15976 76386 97.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.598 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.29→73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2655 0 0 234 2889
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0132712
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0152658
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6821.6393679
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4291.5686114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3825350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.26921.024127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.19915451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4711521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2367
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023065
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.02613
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it01.4041403
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.4021402
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it02.111749
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other02.1111750
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it01.8171309
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other01.8161309
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other02.5551929
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined017.9162770
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other017.5482743
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.78535370
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.29→1.324 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 239 -
Rwork0.352 4676 -
obs--80.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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