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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vfa | ||||||
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タイトル | Ternary DNA Polymerase Beta bound to DNA containing primer terminal dC base-paired with FapydG | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / FapydG / Polymerase Beta / primer terminus / Pol Beta / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / homeostasis of number of cells / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair ...Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / homeostasis of number of cells / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / pyrimidine dimer repair / response to hyperoxia / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / lymph node development / salivary gland morphogenesis / spleen development / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair, gap-filling / response to gamma radiation / spindle microtubule / base-excision repair / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair via nonhomologous end joining / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / microtubule binding / neuron apoptotic process / response to ethanol / in utero embryonic development / microtubule / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / lyase activity / Ub-specific processing proteases / inflammatory response / DNA repair / DNA damage response / enzyme binding / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Oden, P.N. / Ryan, B.J. / Freudenthal, B.D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024 タイトル: Biochemical and structural characterization of Fapy•dG replication by Human DNA polymerase beta. 著者: Gao, S. / Oden, P.N. / Ryan, B.J. / Yang, H. / Freudenthal, B.D. / Greenberg, M.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vfa.cif.gz | 111.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vfa.ent.gz | 73.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8vfa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8vfa_validation.pdf.gz | 784.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8vfa_full_validation.pdf.gz | 794.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8vfa_validation.xml.gz | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8vfa_validation.cif.gz | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/8vfa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/8vfa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8vf8C 8vf9C 8vfbC 8vfcC 8vfdC 8vfeC 8vffC 8vfgC 8vfhC 8vfiC 8vfjC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA鎖 , 3種, 3分子 TPD
#1: DNA鎖 | 分子量: 4847.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3061.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: DNA鎖 | 分子量: 1536.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#4: タンパク質 | 分子量: 38241.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P06746, DNA-directed DNA polymerase, 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ |
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-非ポリマー , 4種, 96分子
#5: 化合物 | ChemComp-G2P / | ||||
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#6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.02 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 14-22% PEG 3350 0.05 M Imidazole pH 8.0 0.35 M Sodium Acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→25 Å / Num. obs: 38424 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 24.92 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 24.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.09 Å / Num. unique obs: 1274 / CC1/2: 0.828 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→24.94 Å / SU ML: 0.2732 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.0828 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.63 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→24.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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