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- PDB-8vdy: Crystal Structure of Delta 114-117 D-Dopachrome Tautomerase (D-DT) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vdy
タイトルCrystal Structure of Delta 114-117 D-Dopachrome Tautomerase (D-DT)
要素D-dopachrome decarboxylaseD-ドーパクロムデカルボキシラーゼ
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / Truncation / Enzyme (酵素) / Cytokine (サイトカイン)
機能・相同性
機能・相同性情報


D-ドーパクロムデカルボキシラーゼ / D-dopachrome decarboxylase activity / melanin biosynthetic process / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / cytokine receptor binding / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade ...D-ドーパクロムデカルボキシラーゼ / D-dopachrome decarboxylase activity / melanin biosynthetic process / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / cytokine receptor binding / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / extracellular space / extracellular exosome / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor, conserved site / Macrophage migration inhibitory factor family signature. / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Tautomerase/MIF superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
D-ドーパクロムデカルボキシラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Parkins, A. / Pilien, A. / Wolff, A. / Thompson, M.C. / Pantouris, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: The C-terminal Region of D-DT Regulates Molecular Recognition for Protein-Ligand Complexes.
著者: Parkins, A. / Pilien, A.V.R. / Wolff, A.M. / Argueta, C. / Vargas, J. / Sadeghi, S. / Franz, A.H. / Thompson, M.C. / Pantouris, G.
履歴
登録2023年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月15日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.32024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-dopachrome decarboxylase
B: D-dopachrome decarboxylase
C: D-dopachrome decarboxylase
D: D-dopachrome decarboxylase
E: D-dopachrome decarboxylase
F: D-dopachrome decarboxylase
G: D-dopachrome decarboxylase
H: D-dopachrome decarboxylase
I: D-dopachrome decarboxylase
J: D-dopachrome decarboxylase
K: D-dopachrome decarboxylase
L: D-dopachrome decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,21112
ポリマ－145,21112
非ポリマー00
水1267
1
A: D-dopachrome decarboxylase
B: D-dopachrome decarboxylase
C: D-dopachrome decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3033
ポリマ－36,3033
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6130 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area12280 Å2
手法PISA
2
D: D-dopachrome decarboxylase
E: D-dopachrome decarboxylase

F: D-dopachrome decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3033
ポリマ－36,3033
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,y-1/2,-z1
Buried area6220 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12380 Å2
手法PISA
3
G: D-dopachrome decarboxylase

K: D-dopachrome decarboxylase

L: D-dopachrome decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3033
ポリマ－36,3033
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y+1/2,-z1
crystal symmetry operation2_556-x,y+1/2,-z+11
Buried area6040 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area12360 Å2
手法PISA
4
H: D-dopachrome decarboxylase
I: D-dopachrome decarboxylase
J: D-dopachrome decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3033
ポリマ－36,3033
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5670 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area12250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.533, 59.529, 129.976
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
D-dopachrome decarboxylase / D-ドーパクロムデカルボキシラーゼ / D-dopachrome tautomerase / Phenylpyruvate tautomerase II


分子量: 12100.895 Da / 分子数: 12 / 変異: Delta 114-117 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P30046, D-ドーパクロムデカルボキシラーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 26-32% PEG 3350, 0.25-0.275M Ammonium Acetate.

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→89.84 Å / Num. obs: 51582 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.953 / Rmerge(I) obs: 0.267 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 2.44→2.48 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.363 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 51582 / CC1/2: 0.25 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.44→89.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.836 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.506 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30177 2702 5 %RANDOM
Rwork0.24878 ---
obs0.25138 51582 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å2-0.01 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.44→89.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9380 0 0 7 9387
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0139573
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.0159065
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5671.63313000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.5411.56620786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.02551271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.26820.979439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.944151429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0151572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210964
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.022188
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0412.915117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0412.915117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2374.3576368
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2374.3576369
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8363.0444456
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8363.0444457
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.9654.56632
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.86134.6369599
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.8634.6379599
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.44→2.503 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 223 -
Rwork0.341 3750 -
obs--98.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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