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- PDB-8vdt: DNA Ligase 1 with nick DNA 3'rA:T -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vdt
タイトルDNA Ligase 1 with nick DNA 3'rA:T
要素
  • DNA (5'-D(*GP*TP*CP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3')
  • DNA ligase 1
  • DNA/RNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*T)-R(P*A)-D(P*GP*TP*CP*GP*GP*AP*C)-3')
キーワードLigase/DNA / Ligase / DNA Ligase 1 / Ligase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Okazaki fragment processing involved in mitotic DNA replication / DNA ligase activity / DNA ligase (ATP) / DNA ligase (ATP) activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / Processive synthesis on the lagging strand / lagging strand elongation / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) ...Okazaki fragment processing involved in mitotic DNA replication / DNA ligase activity / DNA ligase (ATP) / DNA ligase (ATP) activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / Processive synthesis on the lagging strand / lagging strand elongation / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / DNA biosynthetic process / Early Phase of HIV Life Cycle / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / anatomical structure morphogenesis / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / mismatch repair / base-excision repair, gap-filling / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / base-excision repair / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / DNA recombination / cell division / DNA repair / intracellular membrane-bounded organelle / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / DNA ligase, ATP-dependent / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal domain superfamily / DNA ligase N terminus / ATP-dependent DNA ligase AMP-binding site. / ATP-dependent DNA ligase signature 2. / DNA ligase, ATP-dependent, C-terminal / ATP dependent DNA ligase C terminal region / DNA ligase, ATP-dependent, conserved site ...: / DNA ligase, ATP-dependent / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal domain superfamily / DNA ligase N terminus / ATP-dependent DNA ligase AMP-binding site. / ATP-dependent DNA ligase signature 2. / DNA ligase, ATP-dependent, C-terminal / ATP dependent DNA ligase C terminal region / DNA ligase, ATP-dependent, conserved site / ATP-dependent DNA ligase family profile. / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / DNA ligase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者KanalElamparithi, B. / Gulkis, M. / Caglayan, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM147111 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structures of LIG1 provide a mechanistic basis for understanding a lack of sugar discrimination against a ribonucleotide at the 3'-end of nick DNA.
著者: Balu, K.E. / Gulkis, M. / Almohdar, D. / Caglayan, M.
履歴
登録2023年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA ligase 1
B: DNA/RNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*T)-R(P*A)-D(P*GP*TP*CP*GP*GP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,1714
ポリマ－84,0763
非ポリマー951
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6610 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area29510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.170, 115.342, 125.002
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 DNA ligase 1 / DNA ligase I / Polydeoxyribonucleotide synthase [ATP] 1


分子量: 73042.258 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 261-918 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIG1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P18858, DNA ligase (ATP)
#2: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*T)-R(P*A)-D(P*GP*TP*CP*GP*GP*AP*C)-3')


分子量: 5572.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*CP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量: 5461.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化温度: 298.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 100mM MES, pH 6.4, 100mM Lithium Acetate, 12 w/vPEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→24.83 Å / Num. obs: 23397 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 77.85 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.78→2.85 Å / Num. unique obs: 1162 / CC1/2: 0.803 / CC star: 0.944 / Rpim(I) all: 0.378 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.78→24.83 Å / SU ML: 0.455 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.72
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 1996 8.6 %
Rwork0.203 --
obs0.207 23201 97.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 91.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→24.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4527 733 5 25 5290
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035450
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5827576
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1261031
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037868
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006868
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.78-2.850.41361330.39121379X-RAY DIFFRACTION92
2.85-2.930.44181420.34851537X-RAY DIFFRACTION99
2.93-3.020.30731480.28991484X-RAY DIFFRACTION99
3.02-3.110.31721340.26321543X-RAY DIFFRACTION99
3.11-3.230.31581420.24731497X-RAY DIFFRACTION98
3.23-3.350.37341260.24911490X-RAY DIFFRACTION96
3.35-3.510.28711600.23081487X-RAY DIFFRACTION98
3.51-3.690.28261420.21581533X-RAY DIFFRACTION99
3.69-3.920.28521370.2211513X-RAY DIFFRACTION97
3.92-4.220.2341420.19131501X-RAY DIFFRACTION96
4.22-4.650.22591480.17011538X-RAY DIFFRACTION98
4.65-5.310.20651420.16871530X-RAY DIFFRACTION97
5.31-6.670.26521530.20521552X-RAY DIFFRACTION98
6.67-24.830.17551470.15921621X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.5359 Å / Origin y: 13.262 Å / Origin z: 30.7958 Å
111213212223313233
T0.7625 Å2-0.1397 Å20.026 Å2-0.3301 Å2-0.0411 Å2--0.6123 Å2
L1.8878 °2-0.0329 °20.2531 °2-2.049 °2-0.2243 °2--2.879 °2
S-0.2494 Å °0.1748 Å °0.0678 Å °0.0021 Å °0.2915 Å °-0.1164 Å °-0.1689 Å °0.227 Å °-0.0602 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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