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- PDB-8vdl: HB3VAR03 CIDRa1.4 domain with C7 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vdl
タイトルHB3VAR03 CIDRa1.4 domain with C7 Fab
要素
  • C7 Heavy Chain
  • C7 Light Chain
  • HB3VAR03 CIDRa1.4 domain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Malaria / Plasmodium falciparum / PfEMP1
生物種Plasmodium falciparum HB3 (マラリア病原虫)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Hurlburt, N.K. / Pancera, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Broadly inhibitory antibodies to severe malaria virulence proteins.
著者: Raphael A Reyes / Sai Sundar Rajan Raghavan / Nicholas K Hurlburt / Viola Introini / Sebastiaan Bol / Ikhlaq Hussain Kana / Rasmus W Jensen / Elizabeth Martinez-Scholze / María Gestal-Mato / ...著者: Raphael A Reyes / Sai Sundar Rajan Raghavan / Nicholas K Hurlburt / Viola Introini / Sebastiaan Bol / Ikhlaq Hussain Kana / Rasmus W Jensen / Elizabeth Martinez-Scholze / María Gestal-Mato / Borja López-Gutiérrez / Silvia Sanz / Cristina Bancells / Monica Lisa Fernández-Quintero / Johannes R Loeffler / James Alexander Ferguson / Wen-Hsin Lee / Greg Michael Martin / Thor G Theander / John P A Lusingu / Daniel T R Minja / Isaac Ssewanyana / Margaret E Feeney / Bryan Greenhouse / Andrew B Ward / Maria Bernabeu / Marie Pancera / Louise Turner / Evelien M Bunnik / Thomas Lavstsen /
要旨: Malaria pathology is driven by the accumulation of Plasmodium falciparum-infected erythrocytes in microvessels. This process is mediated by the polymorphic erythrocyte membrane protein 1 (PfEMP1) ...Malaria pathology is driven by the accumulation of Plasmodium falciparum-infected erythrocytes in microvessels. This process is mediated by the polymorphic erythrocyte membrane protein 1 (PfEMP1) adhesion proteins of the parasite. A subset of PfEMP1 variants that bind to human endothelial protein C receptor (EPCR) through their CIDRα1 domains is responsible for severe malaria pathogenesis. A longstanding question is whether individual antibodies can recognize the large repertoire of circulating PfEMP1 variants. Here we describe two broadly reactive and inhibitory human monoclonal antibodies to CIDRα1. The antibodies isolated from two different individuals exhibited similar and consistent EPCR-binding inhibition of diverse CIDRα1 domains, representing five of the six subclasses of CIDRα1. Both antibodies inhibited EPCR binding of both recombinant full-length and native PfEMP1 proteins, as well as parasite sequestration in bioengineered 3D human brain microvessels under physiologically relevant flow conditions. Structural analyses of the two antibodies in complex with three different CIDRα1 antigen variants reveal similar binding mechanisms that depend on interactions with three highly conserved amino acid residues of the EPCR-binding site in CIDRα1. These broadly reactive antibodies are likely to represent a common mechanism of acquired immunity to severe malaria and offer novel insights for the design of a vaccine or treatment targeting severe malaria.
履歴
登録2023年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: HB3VAR03 CIDRa1.4 domain
H: C7 Heavy Chain
L: C7 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4739
ポリマ－68,0803
非ポリマー3926
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5360 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area24150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.653, 65.353, 250.341
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 HB3VAR03 CIDRa1.4 domain


分子量: 19549.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum HB3 (マラリア病原虫)
細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 C7 Heavy Chain


分子量: 25591.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 C7 Light Chain


分子量: 22939.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M MES, pH 6.0, 0.2M Zn Acetate, 10% PEG 8K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97387 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97387 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→50.07 Å / Num. obs: 26449 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.151 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 250859
反射 シェル解像度: 2.68→2.81 Å / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 1.531 / Num. measured all: 31447 / Num. unique obs: 3368 / CC1/2: 0.656 / Rpim(I) all: 0.523 / Rrim(I) all: 1.621 / Χ2: 0.8 / Net I/σ(I) obs: 1.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.68→46.3 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2659 1350 5.12 %RANDOM
Rwork0.2167 ---
obs0.2192 26372 99.57 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→46.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3921 0 6 140 4067
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.061
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d181433
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057604
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.018692
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.68-2.780.38231320.29412374X-RAY DIFFRACTION97
2.78-2.890.32921270.2652454X-RAY DIFFRACTION100
2.89-3.020.32671380.24182459X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.180.25211460.22512478X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.380.27831330.21242472X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.640.27341270.21122501X-RAY DIFFRACTION100
3.64-4.010.24591400.20632499X-RAY DIFFRACTION100
4.01-4.590.23741340.17422520X-RAY DIFFRACTION100
4.59-5.780.20131280.18012567X-RAY DIFFRACTION100
5.78-46.30.25981450.23592698X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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