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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vda | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Bacillus subtilis FabHA-coenzyme A complex | |||||||||
![]() | Beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III 1 | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / fatty acid biosynthesis / FASII / condensing enzyme | |||||||||
機能・相同性 | ![]() branched-chain beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase / beta-ketodecanoyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Radka, C.D. / Rock, C.O. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of the fatty acid biosynthesis initiation enzymes in Bacillus subtilis. 著者: Radka, C.D. / Rock, C.O. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 98.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 725.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 727.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8vd9C ![]() 8vdbC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34296.141 Da / 分子数: 1 / 変異: Leu-Glu is inserted after the initial methionine / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Residues GSH are from a cleaved artificial affinity tag 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O34746, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III, branched-chain beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase |
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#2: 化合物 | ChemComp-COA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.11 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50% PEG400, 0.2 mM NaCl, 0.1 M CHES, pH 9.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→76.7 Å / Num. obs: 19511 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.63 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Rrim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 34.85 |
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.07 Å / 冗長度: 4.71 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 3.22 / Num. unique obs: 1349 / CC1/2: 0.836 / Rrim(I) all: 0.503 / % possible all: 97.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.02→41.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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