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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vd9 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Bacillus subtilis FabHA, beta-ketoacyl carrier protein synthase III | |||||||||
要素 | Beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III 1 | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / fatty acid biosynthesis / FASII / condensing enzyme | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 branched-chain beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase / beta-ketodecanoyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Radka, C.D. / Rock, C.O. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2024 タイトル: Crystal structures of the fatty acid biosynthesis initiation enzymes in Bacillus subtilis. 著者: Radka, C.D. / Rock, C.O. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vd9.cif.gz | 76.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vd9.ent.gz | 55.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8vd9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8vd9_validation.pdf.gz | 437.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8vd9_full_validation.pdf.gz | 440.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8vd9_validation.xml.gz | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8vd9_validation.cif.gz | 19.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/8vd9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/8vd9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8vdaC 8vdbC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34296.141 Da / 分子数: 1 / 変異: LEU-GLU inserted after MET-1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The first three residues (GSH) are from the cleaved affinity tag used to purify the enzyme 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: fabHA, fabH, fabH1, yjaX, BSU11330 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O34746, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III, branched-chain beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase |
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#2: 化合物 | ChemComp-NHE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.07 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50% PEG400, 0.2 mM NaCl, 0.1 M CHES, pH 9.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→61.03 Å / Num. obs: 25612 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 16.77 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 22.99 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 12.34 % / Rmerge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 3.87 / Num. unique obs: 1550 / CC1/2: 0.884 / Rrim(I) all: 0.609 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→33.24 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 24.82 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→33.24 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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