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- PDB-8vd7: MicroED structure of SARS-CoV-2 main protease (MPro/3CLPro) with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vd7
タイトルMicroED structure of SARS-CoV-2 main protease (MPro/3CLPro) with missing cone eliminated by suspended drop
要素3C-like proteinase nsp5
キーワードVIRAL PROTEIN / Cysteine Protease / Viral Protease / Viral Assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / ISG15-specific peptidase activity / TRAF3-dependent IRF activation pathway ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / ISG15-specific peptidase activity / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / snRNP Assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / double membrane vesicle viral factory outer membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / SARS coronavirus main proteinase / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / DNA helicase / methyltransferase cap1 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / regulation of autophagy / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / copper ion binding / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : ...RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / Lipocalin signature. / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法電子線結晶学 / 分子置換 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Bu, G. / Gillman, C. / Danelius, E. / Hattne, J. / Nannenga, B.L. / Gonen, T.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM136508 米国
Department of Defense (DOD, United States)HDTRA1-21-1-0004 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2024
タイトル: Eliminating the missing cone challenge through innovative approaches.
著者: Cody Gillman / Guanhong Bu / Emma Danelius / Johan Hattne / Brent L Nannenga / Tamir Gonen /
要旨: Microcrystal electron diffraction (MicroED) has emerged as a powerful technique for unraveling molecular structures from microcrystals too small for X-ray diffraction. However, a significant hurdle ...Microcrystal electron diffraction (MicroED) has emerged as a powerful technique for unraveling molecular structures from microcrystals too small for X-ray diffraction. However, a significant hurdle arises with plate-like crystals that consistently orient themselves flat on the electron microscopy grid. If the normal of the plate correlates with the axes of the crystal lattice, the crystal orientations accessible for measurement are restricted because the crystal cannot be arbitrarily rotated. This limits the information that can be acquired, resulting in a missing cone of information. We recently introduced a novel crystallization strategy called suspended drop crystallization and proposed that crystals in a suspended drop could effectively address the challenge of preferred crystal orientation. Here we demonstrate the success of the suspended drop approach in eliminating the missing cone in two samples that crystallize as thin plates: bovine liver catalase and the SARS‑CoV‑2 main protease (Mpro). This innovative solution proves indispensable for crystals exhibiting systematic preferred orientations, unlocking new possibilities for structure determination by MicroED.
履歴
登録2023年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C-like proteinase nsp5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8612
ポリマ－33,8261
非ポリマー351
水1086
1
A: 3C-like proteinase nsp5
ヘテロ分子

A: 3C-like proteinase nsp5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7224
ポリマ－67,6512
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
Buried area3420 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area26440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.540, 55.530, 45.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.074, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

CL

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要素

#1: タンパク質 3C-like proteinase nsp5 / 3CL-PRO / 3CLp / Main protease / Mpro / Non-structural protein 5 / nsp5 / SARS coronavirus main proteinase


分子量: 33825.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTD1, SARS coronavirus main proteinase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: SARS-CoV-2 main protease (Mpro) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 20% PEG 3350, 5% DMSO.
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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データ収集

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 0 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 85 K / 最低温度: 75 K
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 0.0025 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
Num. of diffraction images: 420
EM回折カメラ長: 2480 mm / Tilt angle list: -40,70
EM回折 シェル
解像度 (Å)IDEM diffraction stats-IDフーリエ空間範囲 (%)多重度構造因子数位相残差 (°)
2.15-2.321190.14.48265245.03
2.32-2.552191.98.88268038.22
2.55-2.923196.410.25283238.44
2.92-3.674199.810.26292226.5
3.67-44.535199.29.67298416.01
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 95.5 % / 再高解像度: 2.15 Å / 測定した強度の数: 123734 / 構造因子数: 14825 / 位相誤差の除外基準: none / Rmerge: 25.6
反射Biso Wilson estimate: 32.44 Å2

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0425 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
6Cootモデルフィッティング
13REFMACモデル精密化
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 101.074 ° / ∠γ: 90 ° / A: 115.54 Å / B: 55.53 Å / C: 45.37 Å / 空間群名: C2 / 空間群番号: 5
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.15 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築プロトコル: OTHER / Target criteria: Rwork/Rfree gap of less than 5%
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→44.525 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 12.217 / SU ML: 0.271 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.338 / ESU R Free: 0.226
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2484 742 5.008 %
Rwork0.2116 14075 -
all0.213 --
obs-14817 95.52 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 44.804 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.983 Å2-0 Å20.184 Å2
2---0.578 Å20 Å2
3----4.158 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_refined_d0.0070.0122414
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_other_d00.0162244
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_refined_deg1.7441.8023279
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_other_deg0.5981.7355148
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_1_deg7.2655305
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_2_deg10.714511
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_3_deg16.81510385
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_6_deg15.07210108
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_chiral_restr0.0840.2371
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_refined0.0070.022875
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_other0.0010.02578
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbd_refined0.2390.2399
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_nbd_other0.2010.21905
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbtor_refined0.1850.21179
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_nbtor_other0.0810.21232
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_xyhbond_nbd_refined0.1880.252
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0540.22
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_nbd_refined0.1520.219
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbd_other0.1830.2106
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1520.25
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcbond_it3.8144.2411223
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcbond_other3.8144.2411223
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcangle_it5.6027.6381527
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcangle_other5.67.641528
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scbond_it4.6654.7281191
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scbond_other4.6634.7311192
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scangle_it7.2578.4811752
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scangle_other7.2558.4831753
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_lrange_it9.53144.1892519
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_lrange_other9.52944.22520
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.15-2.2060.425520.4249780.42411500.5170.50189.56520.421
2.206-2.2660.375500.3939550.39211110.8460.81990.4590.389
2.266-2.3310.35490.369150.35910610.8360.87590.85770.351
2.331-2.4030.307480.3269150.32510610.930.90690.76340.305
2.403-2.4820.312460.3038810.30310040.9370.92492.33070.282
2.482-2.5680.262460.2838700.2829920.9510.93592.33870.255
2.568-2.6650.356450.258640.2569750.9070.94893.23080.225
2.665-2.7730.275430.2568070.2578730.9460.94797.36540.234
2.773-2.8960.368430.2478270.2528740.8950.95199.54230.218
2.896-3.0370.316430.2318110.2358550.9280.95999.8830.207
3.037-3.20.252400.2027540.2047960.9480.97199.74870.186
3.2-3.3930.295380.1917180.1977580.9460.97499.73610.18
3.393-3.6260.206350.1896690.197060.9710.97399.71670.177
3.626-3.9150.22330.1786300.186650.9660.9899.69920.176
3.915-4.2850.213310.1595890.1626230.9610.98599.51850.164
4.285-4.7850.181280.1375290.1395580.9770.98899.82080.147
4.785-5.5150.17250.1494720.154980.980.98799.79920.156
5.515-6.7290.275200.1593920.1644140.9680.98499.51690.163
6.729-9.4090.193170.1643180.1653370.980.98299.40650.164
9.409-44.5250.099100.1921810.1871990.9920.96595.97990.209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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