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- PDB-8vcp: Crystal structure of dimeric rMcL-1 in complex with raffinose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vcp
タイトルCrystal structure of dimeric rMcL-1 in complex with raffinose
要素Galactose-binding lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Galactose binding lectin / rMcL-1
機能・相同性galactose binding / raffinose / ACETATE ION / Galactose-binding lectin
機能・相同性情報
生物種Mytilus californianus (無脊椎動物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Hernandez-Santoyo, A. / Loera-Rubalcava, J.
資金援助 メキシコ, 1件
組織認可番号国
Not funded メキシコ
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: A mytilectin from Mytilus californianus: Study of its unique galactoside interactions, oligomerization patterns, and antifungal activity.
著者: Loera-Rubalcava, J. / Garcia-Maldonado, E. / Rodriguez-Romero, A. / Quintero-Martinez, A. / Macias-Rubalcava, M.L. / Cano-Sanchez, P. / Ramirez-Rodriguez, M.A. / Espinosa-Perez, G. / Hernandez-Santoyo, A.
履歴
登録2023年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年5月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galactose-binding lectin
B: Galactose-binding lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,66911
ポリマ－34,4512
非ポリマー3,2189
水4,756264
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.879, 40.948, 65.839
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.500, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 AB

#1: タンパク質 Galactose-binding lectin


分子量: 17225.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mytilus californianus (無脊椎動物)
プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A0P0E482
#2: 多糖
alpha-D-galactopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-fructofuranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: raffinose
記述子タイププログラム
DGalpa1-6DGlcpa1-2DFrufbGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3/a2-b1_b6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 267分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.78 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES, 50 mM sodium acetate, 23% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 101 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→36.46 Å / Num. obs: 39833 / % possible obs: 99.33 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 15.32 Å2 / CC1/2: 0.9 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 53.7
反射 シェル解像度: 1.58→1.62 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 2462 / CC1/2: 0.868 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_5156精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.58→36.46 Å / SU ML: 0.1725 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.3965
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1849 1988 5 %
Rwork0.154 37791 -
obs0.1555 39779 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→36.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2411 0 182 264 2857
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122757
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.42243760
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0783439
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0125454
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.18011110
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.58-1.620.30431320.21932462X-RAY DIFFRACTION91.43
1.62-1.660.21371450.192668X-RAY DIFFRACTION99.89
1.66-1.710.22691390.17072721X-RAY DIFFRACTION99.93
1.71-1.770.2391250.16472698X-RAY DIFFRACTION99.93
1.77-1.830.25021140.17552733X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.910.21141590.16162673X-RAY DIFFRACTION99.93
1.91-1.990.19131370.15482716X-RAY DIFFRACTION99.89
1.99-2.10.19421490.15022699X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.230.19631550.15432684X-RAY DIFFRACTION99.96
2.23-2.40.17861330.14512735X-RAY DIFFRACTION99.97
2.4-2.640.19641650.15542697X-RAY DIFFRACTION99.9
2.64-3.020.17451470.14912717X-RAY DIFFRACTION99.83
3.03-3.810.15581410.14382761X-RAY DIFFRACTION99.9
3.81-36.460.15391470.14682827X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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