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- PDB-8vbu: Structure of the monofunctional Staphylococcus aureus PBP1 in its... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vbu
タイトルStructure of the monofunctional Staphylococcus aureus PBP1 in its beta-lactam (Oxacillin) inhibited form
要素Penicillin-binding protein 1
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / ANTIBIOTIC (抗生物質) / Penicillin Binding Protein 1 / Peptidoglycan Transpeptidase domain / Pedestal domain / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / HYDROLASE-INHIBITOR / ANTIBIOTIC complex (抗生物質)
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / cell wall organization / 生体膜
類似検索 - 分子機能
PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / パスタ / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1S6 / Penicillin-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcaceae bacterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bon, C.G. / Lee, J. / Caveney, N.A. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2024
タイトル: Structural and kinetic analysis of the monofunctional Staphylococcus aureus PBP1.
著者: Bon, C.G. / Grigg, J.C. / Lee, J. / Robb, C.S. / Caveney, N.A. / Eltis, L.D. / Strynadka, N.C.J.
履歴
登録2023年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein 1
B: Penicillin-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,0954
ポリマ－133,2892
非ポリマー8072
水12,394688
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)179.949, 72.230, 87.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1193-

HOH

21B-1214-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein 1


分子量: 66644.258 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 39-608 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcaceae bacterium (バクテリア)
遺伝子: SAOUHSC_01145 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q2FZ94
#2: 化合物 ChemComp-1S6 / (2R,4S)-5,5-dimethyl-2-[(1R)-1-{[(5-methyl-3-phenyl-1,2-oxazol-4-yl)carbonyl]amino}-2-oxoethyl]-1,3-thiazolidine-4-carb oxylic acid / Oxacillin, bound form / オキサシリン


分子量: 403.452 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21N3O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 688 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.49 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.18M ammonium citrate 22% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03321 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→87.55 Å / Num. obs: 73247 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.726 / Rmerge(I) obs: 0.276 / Rpim(I) all: 0.257 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル解像度: 2→2.04 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 1.452 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4466 / CC1/2: 0.339 / Rpim(I) all: 1.337 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→54.97 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2247 3600 4.97 %
Rwork0.189 --
obs0.1908 72409 98.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→54.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7754 0 56 688 8498
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90210828
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.8291129
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551149
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071424
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.030.2811460.23032604X-RAY DIFFRACTION97
2.03-2.050.30781450.26062528X-RAY DIFFRACTION95
2.05-2.080.31581330.28682515X-RAY DIFFRACTION95
2.08-2.110.29881480.2252587X-RAY DIFFRACTION96
2.11-2.150.23381250.20132639X-RAY DIFFRACTION98
2.15-2.180.24981430.20332641X-RAY DIFFRACTION98
2.18-2.220.2641300.22522522X-RAY DIFFRACTION95
2.22-2.260.33761300.30912488X-RAY DIFFRACTION92
2.26-2.30.28951310.22772628X-RAY DIFFRACTION97
2.3-2.350.2531480.19952626X-RAY DIFFRACTION98
2.35-2.40.26521230.19242689X-RAY DIFFRACTION99
2.4-2.460.23451350.17462623X-RAY DIFFRACTION99
2.46-2.520.23461460.18452698X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.590.24561410.18222650X-RAY DIFFRACTION99
2.59-2.660.24581170.19092711X-RAY DIFFRACTION99
2.66-2.750.22181390.18792678X-RAY DIFFRACTION99
2.75-2.850.23261360.18952658X-RAY DIFFRACTION99
2.85-2.960.2331420.18422687X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.10.22951680.18242652X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.260.18181290.17182692X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.460.19251410.16482702X-RAY DIFFRACTION99
3.47-3.730.1851370.16482687X-RAY DIFFRACTION99
3.73-4.110.21651370.16312703X-RAY DIFFRACTION99
4.11-4.70.16271420.14872689X-RAY DIFFRACTION99
4.7-5.920.17261410.16442710X-RAY DIFFRACTION99
5.92-54.970.21111470.19532802X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6462-0.4373-0.29190.32490.27320.25530.04270.12640.0507-0.03610.0907-0.1893-0.03270.1659-0.08390.1289-0.02010.0360.1865-0.04380.222335.1012-28.8724-8.0883
20.6668-0.0554-0.00480.56810.07090.9020.0032-0.14030.05790.21-0.0397-0.055-0.0218-0.03580.03640.1753-0.0286-0.01430.113-0.0090.131711.8833-16.716924.668
30.33820.24320.39160.29890.36350.7517-0.0502-0.15430.01460.22490.0849-0.16230.06870.1453-0.01870.19670.0242-0.08750.2131-0.01720.185228.3719-43.714121.9156
40.67410.0172-0.06510.41070.18230.9397-0.00270.119-0.0199-0.08450.0183-0.0516-0.01920.0363-0.00640.0985-0.00730.0070.09240.00770.101820.8332-55.3769-17.7766
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 61 through 245 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 246 through 590 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 61 through 245 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 246 through 590 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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