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万見
- PDB-8vbo: Structure of bovine anti-HIV Fab ElsE9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vbo
タイトルStructure of bovine anti-HIV Fab ElsE9
要素
  • Bovine Fab ElsE9 heavy chain
  • Bovine Fab ElsE9 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / Fab fragment / bovine
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Stanfield, R.L. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-034657 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2024
タイトル: Immunization of cows with HIV envelope trimers generates broadly neutralizing antibodies to the V2-apex from the ultralong CDRH3 repertoire.
著者: Pilar X Altman / Gabriel Ozorowski / Robyn L Stanfield / Jeremy Haakenson / Michael Appel / Mara Parren / Wen-Hsin Lee / Huldah Sang / Jordan Woehl / Karen Saye-Francisco / Leigh M Sewall / ...著者: Pilar X Altman / Gabriel Ozorowski / Robyn L Stanfield / Jeremy Haakenson / Michael Appel / Mara Parren / Wen-Hsin Lee / Huldah Sang / Jordan Woehl / Karen Saye-Francisco / Leigh M Sewall / Collin Joyce / Ge Song / Katelyn Porter / Elise Landais / Raiees Andrabi / Ian A Wilson / Andrew B Ward / Waithaka Mwangi / Vaughn V Smider / Dennis R Burton / Devin Sok /
要旨: The generation of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to conserved epitopes on HIV Envelope (Env) is one of the cornerstones of HIV vaccine research. The animal models commonly used for HIV do ...The generation of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to conserved epitopes on HIV Envelope (Env) is one of the cornerstones of HIV vaccine research. The animal models commonly used for HIV do not reliably produce a potent broadly neutralizing serum antibody response, with the exception of cows. Cows have previously produced a CD4 binding site response by homologous prime and boosting with a native-like Env trimer. In small animal models, other engineered immunogens were shown to focus antibody responses to the bnAb V2-apex region of Env. Here, we immunized two groups of cows (n = 4) with two regimens of V2-apex focusing Env immunogens to investigate whether antibody responses could be generated to the V2-apex on Env. Group 1 was immunized with chimpanzee simian immunodeficiency virus (SIV)-Env trimer that shares its V2-apex with HIV, followed by immunization with C108, a V2-apex focusing immunogen, and finally boosted with a cross-clade native-like trimer cocktail. Group 2 was immunized with HIV C108 Env trimer followed by the same HIV trimer cocktail as Group 1. Longitudinal serum analysis showed that one cow in each group developed serum neutralizing antibody responses to the V2-apex. Eight and 11 bnAbs were isolated from Group 1 and Group 2 cows, respectively, and showed moderate breadth and potency. Potent and broad responses in this study developed much later than previous cow immunizations that elicited CD4bs bnAbs responses and required several different immunogens. All isolated bnAbs were derived from the ultralong CDRH3 repertoire. The finding that cow antibodies can target more than one broadly neutralizing epitope on the HIV surface reveals the generality of elongated structures for the recognition of highly glycosylated proteins. The exclusive isolation of ultralong CDRH3 bnAbs, despite only comprising a small percent of the cow repertoire, suggests these antibodies outcompete the long and short CDRH3 antibodies during the bnAb response.
履歴
登録2023年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Bovine Fab ElsE9 light chain
H: Bovine Fab ElsE9 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2037
ポリマ－50,7312
非ポリマー4725
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5090 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area21740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.107, 150.891, 51.318
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: 抗体 Bovine Fab ElsE9 light chain


分子量: 22527.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞株 (発現宿主): expi293F / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Bovine Fab ElsE9 heavy chain


分子量: 28203.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, 40% MPD, 5% Peg8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→36.3 Å / Num. obs: 24380 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 44.43 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.778 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2325 / CC1/2: 0.611 / Rpim(I) all: 0.462 / Rrim(I) all: 0.909 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→36.3 Å / SU ML: 0.3831 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.2327
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2808 1175 4.82 %
Rwork0.2475 23205 -
obs0.2493 24380 97.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→36.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3465 0 27 43 3535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00223562
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53054860
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0426566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033616
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.08531246
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.410.40231420.34332795X-RAY DIFFRACTION96.14
2.41-2.530.30311310.31732906X-RAY DIFFRACTION99.35
2.53-2.690.3331340.29962922X-RAY DIFFRACTION99.48
2.69-2.90.28781480.28222855X-RAY DIFFRACTION97.28
2.9-3.190.36761450.27852937X-RAY DIFFRACTION99.55
3.19-3.650.27111580.24022913X-RAY DIFFRACTION98.9
3.65-4.60.21741550.20652899X-RAY DIFFRACTION96.95
4.6-36.30.27981620.22892978X-RAY DIFFRACTION95.09
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.5619957358-1.24804873571-1.553522149475.266291814681.420462115413.41333888892-0.168066435648-0.163071511443-0.6854837227720.327451274787-0.02645308195770.2665681480830.559416589721-0.1917214944720.2091344565040.620296702060.009617890255290.03378261059920.3388937457890.008067105852590.372099384861-15.262569652214.2671610528-28.9292756359
22.466182160580.7700659613221.554439635583.073954891271.203324323343.55220612171-0.2198061666590.1098057174480.2266260741530.130834866859-0.00095612752341-0.0681591552899-0.265770989377-0.08507504721320.2432209091560.2834607618180.0210429224637-0.01424226891290.3276270275980.0394356130350.294191918963-17.003887194942.3553416608-5.3271508352
32.998895038492.317231883762.26518455312.731398482993.009255553564.46094227718-0.07562201695540.390092504793-0.7307454961520.6197707925890.88180607542-0.750748246970.8573540002051.71133195967-0.6202593941450.5881500339020.192270880082-0.08248851159780.952009826465-0.122025205880.5571853502796.4624504591117.8936012758-26.681563333
42.37438530854-3.30974359374-0.3023166782327.60540185227-2.183926499877.26058602820.9195954371261.39901155921-0.0946700448302-1.71370039904-0.7219954216780.0719809436131-0.628316720384-0.518361670821-0.2011171112840.8743886854530.1827812935430.007668546194370.599315855337-0.03641362005030.476704546083-5.54144935509-11.408490738-51.5078616911
50.627352354271-0.2170463138740.1809433487951.672277859371.135309691644.59978669889-0.01090754910040.0802057559870.08368316456640.1093477677480.104849922885-0.1178117350380.05407692878610.133885249742-0.08677857815110.148777249697-0.000976650848469-0.0006466728469560.2413550627170.0388561432390.297146782074-4.872527495529.7334612684-6.18154902705
69.49931570722-2.56782833639-7.981727779864.935423124020.9274877542058.67506328875-0.540905798331-1.34923973769-0.449103678730.6136131432040.3026634731740.162795733675-0.2141584133690.9758879242930.238395768420.4086405463250.0962015091587-0.1082925350790.6862550524260.01204890944910.350606632021-2.3892465803134.45433813066.99570539669
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'L' and (resid 1 through 101 )LA1 - 1011 - 102
22chain 'L' and (resid 102 through 212 )LA102 - 212103 - 214
33chain 'H' and (resid 4 through 102 )HB4 - 1021 - 95
44chain 'H' and (resid 103 through 138 )HB103 - 13896 - 131
55chain 'H' and (resid 139 through 249 )HB139 - 249132 - 242
66chain 'H' and (resid 250 through 262 )HB250 - 262243 - 255

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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