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万見
- PDB-8vba: The secreted adhesin EtpA of Enterotoxigenic Escherichia coli in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vba
タイトルThe secreted adhesin EtpA of Enterotoxigenic Escherichia coli in complex with the mouse mAb 1C08
要素
  • EtpA
  • mAb 1C08 Heavy Chain
  • mAb 1C08 Light Chain
キーワードCELL ADHESION / Adhesin / glycoprotein / lectin / antibody-antigen complex
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Filamentous haemagglutinin FhaB/tRNA nuclease CdiA-like, TPS domain / TPS secretion domain / haemagglutination activity domain / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / EtpA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli ETEC H10407 (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Berndsen, Z.T. / Ward, A.B.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI126887 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI089894 米国
Department of Veterans Affairs (VA, United States)5I01BX001469-05). 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)T32AI007172 米国
Consortia for HIV/AIDS Vaccine DevelopmentUM1 AI144462 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI100663 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI113867 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and Antigenicity of the Secreted Glycoprotein Adhesin EtpA of Enterotoxigenic Escherichia coli
著者: Berndsen, Z.T. / Akhtar, M. / Thapa, M. / Vickers, T. / Schmitz, A. / Torres, J.L. / Baboo, S. / Kumar, P. / Khatoom, N. / Sheikh, A. / Hamrick, M. / Diedrich, J.K. / Bartolome, S.M. / ...著者: Berndsen, Z.T. / Akhtar, M. / Thapa, M. / Vickers, T. / Schmitz, A. / Torres, J.L. / Baboo, S. / Kumar, P. / Khatoom, N. / Sheikh, A. / Hamrick, M. / Diedrich, J.K. / Bartolome, S.M. / Garrett, P.T. / Yates III, J.R. / Turner, J.S. / Dell, A. / Haslam, S. / Paulson, J.C. / Ellebedy, A.H. / Fleckenstein, J.M. / Ward, A.B.
履歴
登録2023年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EtpA
H: mAb 1C08 Heavy Chain
L: mAb 1C08 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,78842
ポリマ－233,7623
非ポリマー7,02639
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 EtpA


分子量: 157456.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli ETEC H10407 (大腸菌)
遺伝子: etpA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q29XT7
#2: 抗体 mAb 1C08 Heavy Chain


分子量: 50965.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 mAb 1C08 Light Chain


分子量: 25339.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖...
ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: EtpA in complex with the mAb 1C08 Fab / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: .220 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Escherichia coli ETEC H10407 (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 6
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 47 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC2粒子像選択
2EPU2画像取得
4cryoSPARC2CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9cryoSPARC2初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
11cryoSPARC2分類
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 215360 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0049506
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.96212926
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.9091349
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0511656
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041633

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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