[日本語] English
万見
- EMDB-43118: The secreted adhesin EtpA of Enterotoxigenic Escherichia coli in ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43118
タイトルThe secreted adhesin EtpA of Enterotoxigenic Escherichia coli in complex with the mouse mAb 1C08
マップデータ
試料
  • 複合体: EtpA in complex with the mAb 1C08 Fab
    • タンパク質・ペプチド: EtpA
    • タンパク質・ペプチド: mAb 1C08 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: mAb 1C08 Light Chain
  • リガンド: beta-D-glucopyranose
キーワードAdhesin / glycoprotein / lectin / antibody-antigen complex / CELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Filamentous haemagglutinin FhaB/tRNA nuclease CdiA-like, TPS domain / TPS secretion domain / haemagglutination activity domain / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli ETEC H10407 (大腸菌) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Berndsen ZT / Ward AB
資金援助 米国, 7件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI126887 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI089894 米国
Department of Veterans Affairs (VA, United States)5I01BX001469-05). 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)T32AI007172 米国
Consortia for HIV/AIDS Vaccine DevelopmentUM1 AI144462 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI100663 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI113867 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and Antigenicity of the Secreted Glycoprotein Adhesin EtpA of Enterotoxigenic Escherichia coli
著者: Berndsen ZT / Akhtar M / Thapa M / Vickers T / Schmitz A / Torres JL / Baboo S / Kumar P / Khatoom N / Sheikh A / Hamrick M / Diedrich JK / Bartolome SM / Garrett PT / Yates III JR / Turner ...著者: Berndsen ZT / Akhtar M / Thapa M / Vickers T / Schmitz A / Torres JL / Baboo S / Kumar P / Khatoom N / Sheikh A / Hamrick M / Diedrich JK / Bartolome SM / Garrett PT / Yates III JR / Turner JS / Dell A / Haslam S / Paulson JC / Ellebedy AH / Fleckenstein JM / Ward AB
履歴
登録2023年12月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_43118.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43118.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 400 pix.
= 290. Å		0.73 Å/pix.
x 400 pix.
= 290. Å		0.73 Å/pix.
x 400 pix.
= 290. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.725 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0688
最小 - 最大-0.61490315 - 0.84248
平均 (標準偏差)0.00003713283 (±0.014598826)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 290.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_43118_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_43118_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_43118_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : EtpA in complex with the mAb 1C08 Fab

全体名称: EtpA in complex with the mAb 1C08 Fab
要素
  • 複合体: EtpA in complex with the mAb 1C08 Fab
    • タンパク質・ペプチド: EtpA
    • タンパク質・ペプチド: mAb 1C08 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: mAb 1C08 Light Chain
  • リガンド: beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: EtpA in complex with the mAb 1C08 Fab

超分子名称: EtpA in complex with the mAb 1C08 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Escherichia coli ETEC H10407 (大腸菌)
分子量理論値: 220 KDa

-
分子 #1: EtpA

分子名称: EtpA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli ETEC H10407 (大腸菌)
分子量理論値: 157.456922 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MNRIYKLKFD KRRNELVVVS EITTGVGNAK ATGSVEGEKS PRRGVRAMAL SLLSGMMIMA HPAMSANLPT GGQIVAGSGS IQTPSGNQM NIHQNSQNMV ANWNSFDIGK GNTVQFDQPS SSAVALNRVV GGGESQIMGN LKANGQVFLV NPNGVLFGEG A SVSTSGFV ...文字列:
MNRIYKLKFD KRRNELVVVS EITTGVGNAK ATGSVEGEKS PRRGVRAMAL SLLSGMMIMA HPAMSANLPT GGQIVAGSGS IQTPSGNQM NIHQNSQNMV ANWNSFDIGK GNTVQFDQPS SSAVALNRVV GGGESQIMGN LKANGQVFLV NPNGVLFGEG A SVSTSGFV ASTRDIKNDD FMNRRYTFSG GQKAGAAIVN QGELTTNAGG YIVLAADRVS NSGTIRTPGG KTVLAASERI TL QLDNGGL MSVQVTGDVV NALVENRGLV SARDGQVYLT ALGRGMLMNT VLNVSGVVEA SGMHRQDGNI VLDGGDSGVV HLS GTLQAD NASGQGGKVV VQGKNILLDK GSNITATGGQ GGGEVYVGGG WQGKDSNIRN ADKVVMQGGA RIDVSATQQG NGGT AVLWS DSYTNFHGQI GAKGGETGGN GGRVETSSHG NLQAFGTVSA SAKKGKAGNW LLDSADITIV NGSNVSKTET TQSPP HTQF APTAAGSAVS NTSINNRLNN GTSVTILTHR TRTGTAQGGN ITVNAAINKG NGSDVNLTLQ AGGNITVNNS ITSTEG KLN VNLSGARTSN GSITISNNAN ITTNGGDITV GTTNTSNRVN ISINNTTLNA SNGNIQLTGT GTDSGILFAG NNRLTAS NI ALTGNSTSGN AINLTGTATL NATNNITLTG SSTSGNAINL KGNNTLTASN ITLTGESTSG NAINHTDTTG TTTLNATN N ITMQGTRVQI KHSNITAGNF ALNATVAGSE ISNTTLTATN NINLAAKTNS ASSGVYLKDA RITSTNGSIT ANGTATANG KATHLDGNVT LNASNGRIKL TGNGHGSASG ILFAGNNRLT ASNIALTGNS TSGNAINLTG TATLNATNDI TLTGSSTSGN AINLTGTAT LNATNNITLT GSSTSGNAIN LKGNNTLTAS NITLTGESTS GNAINLTDTT GTTTLNATNN ITMQGTRVQI K HSNITAGN FALNATVAGS EISNTTLTAT NNINLAAKTN SASSGVYLKD ARITSTNGSI TANGTATANG KATHLDGNVT LN ASNGRIK LTGNGHGSAS GILFAGNNRL TASNIALTGN STSGNAINLT GTATLNATND ITLTGSNTSG NAINLTGTAT LNA TNNITL TGSSTSGNAI NLKGNNTLTA SNITLTGEST SGNAINLTDT TGTTTLNATN NITMQGTRVQ IKHSNITAGN FALN ATVAG SEISNTTLTA TNNINLAAKT NSASSGVYLK DARITSTNGS ITANGTATAN GKATHLDGNV TLNASNGRIK LTGNG HGSA SGILFAGNNR LTASNIALTG NSTSGNAINL TGTATLNATN DITLTGSSTS GNAINLTGTA TLNATNNITL TGSSTS GNA INLKGNNTLT ASNITLTGES TSGNAINLTD TTGTTTLNAT NNITMQGTRV QIKHSNITAG NFALNATVAG SEISNTT LT ATNNINLAAK TNSASSGVYL KDARITSTNG SITANGTAPA NDNATYLDGN VTLNASNGSI KLTGNGNGST SGILFAGN N TLTASNITLT GNSEVYWQKL GPEQKLISEE DLNSAVDHHH HHH

UniProtKB: EtpA

-
分子 #2: mAb 1C08 Heavy Chain

分子名称: mAb 1C08 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 50.965383 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSE VQLQQSGGEL MKPGASVKLS CKATGYTFTG YWIEWVEQRP GHGLEWIGEI LPGSGSTDYN EKFKGKATC SADTSSNTAY MKLSSLTTED SAIYYCARKS PYAMEYWGQG TSVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA A LGCLVKDY ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSE VQLQQSGGEL MKPGASVKLS CKATGYTFTG YWIEWVEQRP GHGLEWIGEI LPGSGSTDYN EKFKGKATC SADTSSNTAY MKLSSLTTED SAIYYCARKS PYAMEYWGQG TSVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA A LGCLVKDY FPEPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKRVEPKS CD KTHTCPP CPAPELLGGP SVFLFPPKPK DTLMISRTPE VTCVVVDVSH EDPEVKFNWY VDGVEVHNAK TKPREEQYNS TYR VVSVLT VLHQDWLNGK EYKCKVSNKA LPAPIEKTIS KAKGQPREPQ VYTLPPSREE MTKNQVSLTC LVKGFYPSDI AVEW ESNGQ PENNYKTTPP VLDSDGSFFL YSKLTVDKSR WQQGNVFSCS VMHEALHNHY TQKSLSLSPG K

-
分子 #3: mAb 1C08 Light Chain

分子名称: mAb 1C08 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.339232 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSD IQMTQSPASL SVSVGETVTI TCRASENIYS NLAWLHQKQG KSPQLLVYGA TNLADGVPSR FSGSGSGTQ YSLKINSLQS EDFGTYYCQQ FWGSPYTFGG GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY P REAKVQWK ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSD IQMTQSPASL SVSVGETVTI TCRASENIYS NLAWLHQKQG KSPQLLVYGA TNLADGVPSR FSGSGSGTQ YSLKINSLQS EDFGTYYCQQ FWGSPYTFGG GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY P REAKVQWK VDNALQSGNS QESVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

-
分子 #4: beta-D-glucopyranose

分子名称: beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 39 / 式: BGC
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-BGC:
beta-D-glucopyranose / β-D-グルコピラノ-ス

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 47.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 215360
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8vba:
The secreted adhesin EtpA of Enterotoxigenic Escherichia coli in complex with the mouse mAb 1C08

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る