PDB-8va6: Menin in complex with Ziftomenib (KO-539)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8va6

タイトル

Menin in complex with Ziftomenib (KO-539)

要素

Menin

キーワード

PROTEIN BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Y-form DNA binding / MLL1/2 complex / osteoblast development / negative regulation of JNK cascade / T-helper 2 cell differentiation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of protein phosphorylation / R-SMAD binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Clegg, B.D. / Linhares, B.M. / Cierpicki, T. / Grembecka, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Lancet Oncol / 年: 2024
タイトル: Ziftomenib in relapsed or refractory acute myeloid leukaemia (KOMET-001): a multicentre, open-label, multi-cohort, phase 1 trial.
著者: Wang, E.S. / Issa, G.C. / Erba, H.P. / Altman, J.K. / Montesinos, P. / DeBotton, S. / Walter, R.B. / Pettit, K. / Savona, M.R. / Shah, M.V. / Kremyanskaya, M. / Baer, M.R. / Foran, J.M. / ...

履歴

登録	2023年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8va6.cif.gz	213.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8va6.ent.gz	163.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8va6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8va6_validation.pdf.gz	724 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8va6_full_validation.pdf.gz	728.1 KB	表示
XML形式データ	8va6_validation.xml.gz	26.5 KB	表示
CIF形式データ	8va6_validation.cif.gz	37.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/8va6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/8va6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8va5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Menin

ヘテロ分子

56.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.395, 80.181, 124.924
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Menin 分子量: 54600.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEN1, SCG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00255

-
非ポリマー , 7種, 381分子

#2: 化合物	ChemComp-K5O / Ziftomenib 分子量: 717.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₂F₃N₉O₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.61 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) PEG-3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→50 Å / Num. obs: 68768 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 33.4
反射シェル	解像度: 1.57→1.6 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.772 / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / Num. unique obs: 0 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
HKL-2000	722	データ削減
HKL-2000	722	データスケーリング
MOLREP	11.0 /22.07.2010/	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.57→41.467 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 1.577 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1933	3434	4.999 %
R_work	0.1581	65261	-
all	0.16	-	-
obs	-	68695	99.952 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.252 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.513 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.053 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.566 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→41.467 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3670	0	116	370	4156

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	3963
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3746
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.825	1.83	5382
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.648	1.743	8602
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.13	5	485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.052	6	30
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	4.733	20	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.183	10	641
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.077	10	176
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	595
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.004	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4682
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	928
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	805
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	3293
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1943
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	1970
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	227
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.239	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.279	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.467	2.263	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.467	2.263	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.662	4.055	2411
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.663	4.057	2412
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.729	2.625	2045
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.728	2.626	2046
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.536	4.616	2971
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.535	4.617	2972
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.978	24.716	4546
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.977	24.72	4547

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.57-1.611	0.24	240	0.24	4780	0.24	5037	0.957	0.955	99.6625	0.215
1.611-1.655	0.238	260	0.216	4592	0.217	4852	0.959	0.965	100	0.187
1.655-1.703	0.242	246	0.196	4494	0.198	4740	0.958	0.972	100	0.168
1.703-1.755	0.23	244	0.194	4377	0.195	4621	0.965	0.973	100	0.163
1.755-1.812	0.217	228	0.172	4256	0.174	4484	0.967	0.98	100	0.143
1.812-1.876	0.194	209	0.164	4141	0.165	4350	0.975	0.982	100	0.138
1.876-1.947	0.211	220	0.158	3982	0.161	4202	0.972	0.983	100	0.133
1.947-2.026	0.194	212	0.149	3841	0.151	4053	0.976	0.986	100	0.13
2.026-2.116	0.211	184	0.148	3693	0.151	3877	0.972	0.986	100	0.131
2.116-2.219	0.181	170	0.144	3536	0.146	3706	0.979	0.987	100	0.131
2.219-2.338	0.184	189	0.14	3349	0.143	3538	0.977	0.988	100	0.13
2.338-2.48	0.201	171	0.139	3191	0.142	3362	0.977	0.988	100	0.13
2.48-2.65	0.174	143	0.144	3039	0.145	3182	0.981	0.987	100	0.138
2.65-2.862	0.19	153	0.146	2820	0.148	2973	0.977	0.987	100	0.144
2.862-3.133	0.211	129	0.165	2595	0.167	2724	0.973	0.984	100	0.168
3.133-3.5	0.179	130	0.161	2359	0.162	2489	0.98	0.985	100	0.17
3.5-4.037	0.151	104	0.138	2123	0.138	2227	0.989	0.989	100	0.151
4.037-4.933	0.176	97	0.14	1799	0.141	1896	0.984	0.989	100	0.161
4.933-6.927	0.207	58	0.193	1444	0.194	1502	0.979	0.983	100	0.219
6.927-41.467	0.216	47	0.182	850	0.184	909	0.977	0.981	98.6799	0.226

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関連情報:EMDBヘッダ

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