PDB-8va5: Menin mutant - T349M in complex with Ziftomenib (KO-539)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8va5

タイトル

Menin mutant - T349M in complex with Ziftomenib (KO-539)

要素

Menin

キーワード

PROTEIN BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

Y-form DNA binding / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / MLL1/2 complex / negative regulation of JNK cascade / osteoblast development / T-helper 2 cell differentiation / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / R-SMAD binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Clegg, B.D. / Cierpicki, T. / Grembecka, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Lancet Oncol / 年: 2024
タイトル: Ziftomenib in relapsed or refractory acute myeloid leukaemia (KOMET-001): a multicentre, open-label, multi-cohort, phase 1 trial.
著者: Wang, E.S. / Issa, G.C. / Erba, H.P. / Altman, J.K. / Montesinos, P. / DeBotton, S. / Walter, R.B. / Pettit, K. / Savona, M.R. / Shah, M.V. / Kremyanskaya, M. / Baer, M.R. / Foran, J.M. / ...

履歴

登録	2023年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8va5.cif.gz	225.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8va5.ent.gz	172.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8va5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/8va5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/8va5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8va6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Menin

ヘテロ分子

56 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.057, 80.034, 124.823
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Menin 分子量: 54630.340 Da / 分子数: 1 / 変異: T349M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEN1, SCG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00255

-
非ポリマー , 6種, 641分子

#2: 化合物	ChemComp-K5O / Ziftomenib 分子量: 717.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₂F₃N₉O₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 634 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.16 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) PEG-3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2023年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 120002 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 24.51
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.981 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique obs: 0 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
HKL-2000	722	データ削減
HKL-2000	722	データスケーリング
MOLREP	11.0 /22.07.2010/	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→26.344 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 0.823 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.05 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1858	6193	5.165 %
R_work	0.1607	113718	-
all	0.162	-	-
obs	-	119911	98.737 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.487 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.728 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.372 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→26.344 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3667	0	88	634	4389

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	4136
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3912
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.005	1.837	5639
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.682	1.75	9004
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.858	5	525
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.412	5.909	33
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	3.923	20	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.748	10	691
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.414	10	184
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	612
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.002	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	5024
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	990
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.2	863
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	3437
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	2014
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1943
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	371
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.077	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.202	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.517	1.278	2018
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.517	1.278	2018
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.272	2.296	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.272	2.297	2571
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.595	1.515	2118
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.594	1.516	2119
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.93	2.651	3069
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.929	2.652	3070
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.49	17.627	4975
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.489	17.628	4976

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.3-1.334	0.276	434	0.259	7960	0.26	8863	0.95	0.954	94.7083	0.247
1.334-1.37	0.255	445	0.238	7930	0.239	8630	0.953	0.961	97.0452	0.22
1.37-1.41	0.249	388	0.219	7809	0.221	8413	0.961	0.967	97.4325	0.2
1.41-1.453	0.23	404	0.203	7582	0.205	8155	0.967	0.972	97.9277	0.182
1.453-1.5	0.21	437	0.186	7347	0.188	7928	0.969	0.976	98.1837	0.164
1.5-1.553	0.199	374	0.172	7189	0.173	7669	0.973	0.98	98.6178	0.151
1.553-1.611	0.192	373	0.163	6998	0.165	7432	0.977	0.982	99.1792	0.143
1.611-1.677	0.166	375	0.155	6755	0.156	7170	0.982	0.984	99.4421	0.136
1.677-1.751	0.185	417	0.154	6411	0.156	6853	0.978	0.985	99.6352	0.136
1.751-1.836	0.173	326	0.147	6241	0.149	6578	0.98	0.986	99.8328	0.133
1.836-1.935	0.189	316	0.151	5908	0.153	6228	0.978	0.986	99.9358	0.138
1.935-2.051	0.176	287	0.149	5699	0.15	5991	0.982	0.987	99.9165	0.141
2.051-2.192	0.167	299	0.146	5247	0.147	5548	0.983	0.987	99.964	0.142
2.192-2.366	0.166	246	0.131	4998	0.133	5244	0.984	0.989	100	0.13
2.366-2.59	0.162	268	0.137	4580	0.138	4848	0.983	0.988	100	0.138
2.59-2.892	0.181	197	0.15	4185	0.151	4382	0.98	0.986	100	0.155
2.892-3.333	0.205	211	0.153	3687	0.156	3898	0.976	0.986	100	0.163
3.333-4.066	0.149	164	0.14	3179	0.141	3343	0.987	0.988	100	0.156
4.066-5.683	0.168	133	0.159	2506	0.159	2639	0.99	0.988	100	0.182
5.683-26.344	0.226	99	0.22	1508	0.221	1614	0.973	0.979	99.5663	0.258

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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