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Yorodumi- PDB-8va0: X-ray crystal structure of JGFN4 N76D complexed with fentanyl in ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8va0 | |||||||||
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Title | X-ray crystal structure of JGFN4 N76D complexed with fentanyl in dimer form | |||||||||
Components | JGFN4 | |||||||||
Keywords | ANTITOXIN | |||||||||
Function / homology | Chem-7V7 / TRIETHYLENE GLYCOL Function and homology information | |||||||||
Biological species | Camelidae (mammal) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | |||||||||
Authors | Shi, K. / Moller, N. / Aihara, H. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2024 Title: Identification and biophysical characterization of a novel domain-swapped camelid antibody specific for fentanyl. Authors: Gallant, J.P. / Hicks, D. / Shi, K. / Moeller, N.H. / Hoppe, B. / Lake, E.W. / Baehr, C. / Pravetoni, M. / Aihara, H. / LeBeau, A.M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8va0.cif.gz | 126.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8va0.ent.gz | 81.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8va0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8va0_validation.pdf.gz | 1001.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8va0_full_validation.pdf.gz | 1003.5 KB | Display | |
Data in XML | 8va0_validation.xml.gz | 12.5 KB | Display | |
Data in CIF | 8va0_validation.cif.gz | 16.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/8va0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/8va0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8v9wC 8v9xC 8v9yC 8v9zC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: ens_1
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-Components
#1: Antibody | Mass: 12936.370 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Camelidae (mammal) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PGE / | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: J348, C03_00 8.0 0.2 M, Sodium acetate trihy 20 % w/v, Polyethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 8, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→96.61 Å / Num. obs: 20160 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 31.59 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 19 / Num. measured all: 148724 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.89 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.903 / Num. measured all: 9355 / Num. unique obs: 1240 / CC1/2: 0.875 / Rpim(I) all: 0.347 / Rrim(I) all: 0.969 / Net I/σ(I) obs: 2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85→48.3 Å / SU ML: 0.2605 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.5264 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.13 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→48.3 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Type: Torsion NCS / Rms dev position: 0.704409991423 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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