PDB-8v9z: X-ray crystal structure of JGFN4 N76D complexed with fentanyl in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v9z

タイトル

X-ray crystal structure of JGFN4 N76D complexed with fentanyl in monomer form

要素

JGFN4

キーワード

ANTITOXIN

機能・相同性

Chem-7V7

機能・相同性情報

生物種

Camelidae (哺乳類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Shi, K. / Moller, N. / Aihara, H.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	P01-CA214279	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R37-AI064064	米国

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Identification and biophysical characterization of a novel domain-swapped camelid antibody specific for fentanyl.
著者: Gallant, J.P. / Hicks, D. / Shi, K. / Moeller, N.H. / Hoppe, B. / Lake, E.W. / Baehr, C. / Pravetoni, M. / Aihara, H. / LeBeau, A.M.

履歴

登録	2023年12月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v9z.cif.gz	68 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v9z.ent.gz	40.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v9z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8v9z_validation.pdf.gz	697.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8v9z_full_validation.pdf.gz	698.7 KB	表示
XML形式データ	8v9z_validation.xml.gz	7.1 KB	表示
CIF形式データ	8v9z_validation.cif.gz	8.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/8v9z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/8v9z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8v9wC 8v9xC 8v9yC 8va0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: JGFN4

ヘテロ分子

13.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.098, 26.358, 37.458
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.190, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-301- HOH
2	1	A-327- HOH

#1: 抗体	JGFN4 分子量: 12936.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camelidae (哺乳類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-7V7 / N-phenyl-N-[1-(2-phenylethyl)piperidin-4-yl]propanamide / フェンタニル分子量: 336.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₈N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 25.93 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: J341, F09_10 0.1 M Buffer System 3, pH 8.5, 0.12 M Monosaccharides, 50 % v/v Precipitant Mix 1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→43.51 Å / Num. obs: 11199 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 26.07 Å² / CC_1/2: 0.965 / R_merge(I) obs: 0.142 / R_pim(I) all: 0.106 / R_rim(I) all: 0.179 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 30590
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 2.525 / Num. measured all: 1557 / Num. unique obs: 575 / CC_1/2: 0.445 / R_pim(I) all: 1.756 / R_rim(I) all: 3.091 / Net I/σ(I) obs: 0.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→43.51 Å / SU ML: 0.3799 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 46.3203
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2673	516	4.66 %
R_work	0.2341	10568	-
obs	0.2357	11084	96.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→43.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	838	0	25	36	899

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0047	884
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6697	1188
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0476	133
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	153
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.5762	319

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.76	0.4698	132	0.4204	2584	X-RAY DIFFRACTION	94.93
1.76-2.02	0.3311	124	0.3014	2601	X-RAY DIFFRACTION	96.46
2.02-2.54	0.2772	135	0.2687	2646	X-RAY DIFFRACTION	97.07
2.54-43.51	0.2336	125	0.1925	2737	X-RAY DIFFRACTION	97.08

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.71044118873	-0.965547216143	-1.55157687937	0.712477078715	0.413547346409	3.69146026482	0.163261852502	0.501166240804	0.486917921497	-0.18633648748	0.00138494670439	-0.105620215009	-0.31865274721	-0.0328272002055	0.0656320065287	0.0682414354826	-0.0279577383934	-0.176684050983	0.314488642222	0.0593883816471	0.560320335353	-21.9790153471	-10.260307999	12.4187386051
2	0.7102193487	-0.548381944651	0.669924213671	4.19185375645	3.33394905607	4.55551468041	0.13426135255	0.098832762239	0.316005323571	-0.613382214564	0.156244240524	-0.494610497288	-0.508473392748	0.950767034407	-0.46750969974	0.214906920688	0.0171609452449	-0.0950621042663	0.426215507776	0.0393493994413	0.639105421779	-10.1483901984	-9.81246057698	10.9768840856
3	3.35262253891	-1.06091680283	-1.42145734116	1.46195665046	0.310215556438	1.75715535499	-0.0499094520462	-0.113183967022	-0.178946504234	0.0623991342159	-0.00602360864802	-0.110843746453	-0.00262493104871	0.0757068178484	0.0098734729413	0.159330682177	-0.0141361596397	-0.11647599096	0.299149269019	-0.00898094918475	0.486912149883	-15.7335951985	-15.0221660307	18.6412840557
4	9.29728460646	0.919863359493	-2.53065285478	2.10820906946	0.237168060464	4.73744844208	-0.137398120706	0.202257472307	0.800954821139	-0.0692252745067	0.134467538286	-0.225448756403	-0.387313529859	0.372906322352	-0.054340530383	0.197822540933	-0.0452859629229	-0.116674086125	0.312788507848	0.00763542915817	0.62873494026	-17.5391920413	-5.20458396288	17.2379254254

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 26 )	1 - 26	1 - 26
2	2	chain 'A' and (resid 27 through 39 )	27 - 39	27 - 39
3	3	chain 'A' and (resid 40 through 90 )	40 - 90	40 - 90
4	4	chain 'A' and (resid 91 through 113 )	91 - 113	91 - 113

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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