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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8v9y | |||||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of nanobody JGFN4 | |||||||||
要素 | JGFN4 | |||||||||
キーワード | ANTITOXIN | |||||||||
生物種 | Camelidae (哺乳類) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å | |||||||||
データ登録者 | Shi, K. / Moller, N. / Aihara, H. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024 タイトル: Identification and biophysical characterization of a novel domain-swapped camelid antibody specific for fentanyl. 著者: Gallant, J.P. / Hicks, D. / Shi, K. / Moeller, N.H. / Hoppe, B. / Lake, E.W. / Baehr, C. / Pravetoni, M. / Aihara, H. / LeBeau, A.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8v9y.cif.gz | 42.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8v9y.ent.gz | 23.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8v9y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8v9y_validation.pdf.gz | 418 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8v9y_full_validation.pdf.gz | 419 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8v9y_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8v9y_validation.cif.gz | 8.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/8v9y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/8v9y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 12935.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camelidae (哺乳類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.53 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: RD22EH53, G4.1 20 w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2000, 0.1 M Tris pH8.5, 0.2 M Trimethylamine N-oxide |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→43.63 Å / Num. obs: 7992 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 14.27 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.81 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Num. unique obs: 400 / CC1/2: 0.901 / Rpim(I) all: 0.359 / Rrim(I) all: 0.226 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.76→43.63 Å / SU ML: 0.2295 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 25.1477 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.92 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.76→43.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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