PDB-8v9x: X-ray crystal structure of JGFN4 complex with fentanyl

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v9x

タイトル

X-ray crystal structure of JGFN4 complex with fentanyl

要素

JGFN4

キーワード

ANTITOXIN

機能・相同性

Chem-7V7

機能・相同性情報

生物種

Camelidae (哺乳類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Moller, N. / Shi, K. / Aihara, H.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	P01-CA214279	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R37-AI064064	米国

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Identification and biophysical characterization of a novel domain-swapped camelid antibody specific for fentanyl.
著者: Gallant, J.P. / Hicks, D. / Shi, K. / Moeller, N.H. / Hoppe, B. / Lake, E.W. / Baehr, C. / Pravetoni, M. / Aihara, H. / LeBeau, A.M.

履歴

登録	2023年12月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v9x.cif.gz	74.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v9x.ent.gz	45 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v9x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8v9x_validation.pdf.gz	702 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8v9x_full_validation.pdf.gz	702.4 KB	表示
XML形式データ	8v9x_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	8v9x_validation.cif.gz	11 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/8v9x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/8v9x	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8v9wC 8v9yC 8v9zC 8va0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: JGFN4

ヘテロ分子

13.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: JGFN4

ヘテロ分子

A: JGFN4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
26.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.791, 109.067, 50.199
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-404- HOH
2	1	A-409- HOH
3	1	A-418- HOH
4	1	A-425- HOH

#1: 抗体	JGFN4 分子量: 12935.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camelidae (哺乳類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-7V7 / N-phenyl-N-[1-(2-phenylethyl)piperidin-4-yl]propanamide / フェンタニル分子量: 336.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₈N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.1 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M LiCl, 20% (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→41.43 Å / Num. obs: 17841 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 21.38 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 75941
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 2.011 / Num. measured all: 2519 / Num. unique obs: 792 / CC_1/2: 0.301 / R_pim(I) all: 1.199 / R_rim(I) all: 2.365 / Net I/σ(I) obs: 0.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→41.43 Å / SU ML: 0.2311 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.0151
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2181	861	4.84 %
R_work	0.1867	16937	-
obs	0.1882	17798	97.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→41.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	846	0	29	125	1000

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0082	911
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9594	1224
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	134
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0071	157
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.5707	328

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.65	0.3556	134	0.3468	2667	X-RAY DIFFRACTION	93.77
1.65-1.77	0.3604	157	0.2972	2786	X-RAY DIFFRACTION	98.4
1.77-1.95	0.2702	133	0.215	2845	X-RAY DIFFRACTION	98.58
1.95-2.24	0.202	148	0.1845	2838	X-RAY DIFFRACTION	98.74
2.24-2.82	0.2176	153	0.1776	2861	X-RAY DIFFRACTION	98.5
2.82-41.43	0.1806	136	0.1578	2940	X-RAY DIFFRACTION	96.55

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.12122622274	-2.34883019079	2.61007888413	8.75138998475	-4.90512822213	3.44440363617	0.503265855905	0.444230908995	-0.254037370257	-0.570432079904	-0.755225325559	-0.312410023665	0.602870520596	0.573021985117	0.107465444227	0.280865469926	0.0245671312068	-0.0102759861904	0.329717075506	-0.00658142236261	0.263015176642	-7.98389364192	-30.597208778	0.761533320591
2	5.95190374055	-1.1528247463	-1.87175772703	4.37627997217	6.39614582853	9.36064142215	0.113722741522	0.0353923368404	0.155760368947	-0.294730564193	-0.337171468863	-0.059027195652	-0.678264682334	-0.60487971858	0.183979060527	0.325186481471	0.0421592026746	-0.0677876271586	0.282280011715	0.0657047896551	0.260650500821	-11.4427734497	-7.39233883608	-7.24587304826
3	0.0109905453375	0.272750520938	0.266663041877	2.01679929862	1.38321581098	9.07572294918	0.24385038823	0.0633945241917	0.0776162022211	-0.202516916464	-0.252360483271	0.321607115625	-0.115584264511	0.209333132951	0.0104190152275	0.137674433809	-0.00747303415403	-0.0141268837552	0.245816286444	0.0207991694404	0.273258277038	-12.557617253	-21.4549415744	0.591046023704
4	6.41201681392	6.56763037312	6.16001488305	6.6915257677	6.27655164297	5.91807407758	0.269662348184	-0.0416999042647	-0.472984882074	0.153847683801	-0.210537138444	-0.0386729094894	0.503472609558	-0.0046836052737	-0.144376053496	0.265492356717	-0.00428552200558	-0.021172747913	0.184009766779	0.0121864190819	0.295200449358	-8.61675865555	-33.6515030923	11.7319538874
5	4.24072175628	6.02552318546	-5.08356856819	8.49490639048	-7.01537672832	5.90347261968	0.152926005994	0.0310394474223	0.280575808063	-0.0525623569467	0.0230179416125	0.292318817015	-0.0947687564079	-0.00256128826171	-0.265251531221	0.177165017199	0.00150140052519	0.0091341475861	0.178578590104	0.0135432335455	0.177147371048	-2.89732350537	-19.3280962281	3.19953544707
6	9.13254911225	1.28016768702	-6.10297826768	2.97947035694	-0.930412669727	4.11530767629	0.354076412485	0.163804469649	0.448056479045	-0.103467207851	-0.0672502455636	-0.0666207776141	-0.558498266331	0.399573915594	-0.331730400039	0.237758383347	-0.0508170131801	-0.0181435469914	0.319071823522	0.0137000654728	0.199556493513	1.9812108426	-16.2792439082	2.70469852428
7	1.11696147558	1.2545866892	-1.02989191099	5.10382247325	-5.47647275814	7.34342467646	0.18651920383	-0.216582227684	0.077092070335	0.380909871798	-0.221138797284	-0.0768085426119	-0.506265052325	0.227607990122	-0.00709427900632	0.194365885369	-0.00930928605667	0.018728221359	0.209424999481	-0.0166149814203	0.206947303351	-7.25557411902	-18.0064245194	14.9613442668
8	2.39097264399	-1.73233477615	-0.240208957556	8.0848805758	-4.02504372828	2.61058475548	-0.544851320152	-0.905802999354	0.885093947941	1.24859700239	0.134726771063	-0.401106851248	-1.07776873063	0.127074436121	0.229398485146	0.511247999451	-0.053339156072	-0.0489609377124	0.310679995806	-0.0336953391963	0.23228708272	-2.62888734494	-6.47841810978	6.96519874179
9	3.80136671282	3.88183347772	-0.992767874147	7.28223659967	-1.24178514506	2.45741636326	0.220030989845	-0.245815479855	0.0863679088162	0.074155542773	-0.208444158521	0.0222237187231	-0.190671729825	-0.0626412188132	-0.026855252132	0.174185363281	0.0102644902066	-0.00661472356555	0.215305720699	0.00984363981264	0.204127948898	-13.6683427055	-19.1199550629	6.63980377724
10	1.59653664571	-1.29125743519	0.965393081723	5.28566500165	-3.07674097118	5.35033474482	0.0451986519166	-0.0916473109019	0.221753938489	0.0683051697469	-0.138396487646	0.0703339899184	-0.527521823412	0.188574306447	0.0842291887453	0.176595798953	-0.0114092381188	-0.000778457687165	0.139717386246	-0.011129579058	0.15853174721	-3.66350196383	-13.586929793	-1.27872199307
11	1.84237216636	2.64730565626	2.01166033542	3.90199045199	2.35558434859	6.30504709398	0.172053394765	-0.276247107193	0.0801153580903	0.14583353897	-0.247325326185	0.0673620858731	-0.141785467402	-0.187112741129	0.0821061043725	0.124866238034	0.0398454558323	0.0115248052913	0.212311937929	-0.00698457032462	0.190678935426	2.76585120514	-19.6092723404	28.7765948507

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 0 through 8 )	0 - 8	1 - 9
2	2	chain 'A' and (resid 9 through 17 )	9 - 17	10 - 18
3	3	chain 'A' and (resid 18 through 25 )	18 - 25	19 - 26
4	4	chain 'A' and (resid 26 through 32 )	26 - 32	27 - 33
5	5	chain 'A' and (resid 33 through 39 )	33 - 39	34 - 40
6	6	chain 'A' and (resid 40 through 52 )	40 - 52	41 - 53
7	7	chain 'A' and (resid 53 through 59 )	53 - 59	54 - 60
8	8	chain 'A' and (resid 60 through 66 )	60 - 66	61 - 67
9	9	chain 'A' and (resid 67 through 82 )	67 - 82	68 - 83
10	10	chain 'A' and (resid 83 through 98 )	83 - 98	84 - 99
11	11	chain 'A' and (resid 99 through 113 )	99 - 113	100 - 114

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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