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- PDB-8v9m: Human Ornithine Aminotransferase cocrystallized with its inhibito... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8v9m | ||||||
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Title | Human Ornithine Aminotransferase cocrystallized with its inhibitor, (R)-3-amino-5,5-difluorocyclohex-1-ene-1-carboxylic acid. | ||||||
![]() | Ornithine aminotransferase, mitochondrial | ||||||
![]() | TRANSFERASE / PLP / Ornithine Aminotransferase / Mechanism-based Inactivator / heptocellular carcinoma | ||||||
Function / homology | ![]() arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / arginine catabolic process to glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion ...arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / arginine catabolic process to glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vargas, A.L. / Devitt, A. / Kaley, N. / Silverman, R. / Liu, D. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Design, Synthesis, and Mechanistic Studies of ( R )-3-Amino-5,5-difluorocyclohex-1-ene-1-carboxylic Acid as an Inactivator of Human Ornithine Aminotransferase. Authors: Devitt, A.N. / Vargas, A.L. / Zhu, W. / Des Soye, B.J. / Butun, F.A. / Alt, T. / Kaley, N. / Ferreira, G.M. / Moran, G.R. / Kelleher, N.L. / Liu, D. / Silverman, R.B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 607.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 414.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 44860.320 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | Mass: 386.269 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Formula: C15H16FN2O7P / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.8 Details: 10% PEG 6000, 100 mM NaCl, 20% glycerol, 100 mM tricine, pH 7.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Dec 14, 2022 |
Radiation | Monochromator: M / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1272 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.61→99.882 Å / Num. obs: 186618 / % possible obs: 99.96 % / Redundancy: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 23.46 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.61→1.63 Å / Redundancy: 13.3 % / Num. unique obs: 9233 / CC1/2: 0.354 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.61→44.01 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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