PDB-8v95: GII.8 Amsterdam norovirus protruding domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v95

タイトル

GII.8 Amsterdam norovirus protruding domain

要素

Capsid protein (Fragment)

キーワード

VIRAL PROTEIN / norovirus

機能・相同性

Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Capsid protein

機能・相同性情報

生物種

Human calicivirus strain Hu/NLV/Amsterdam/98-18/1998/NET (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Kher, G. / Prewitt, A. / Pancera, M. / Hansman, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2024
タイトル: Development of a broad-spectrum therapeutic Fc-nanobody for human noroviruses.
著者: Hansman, G.S. / Kher, G. / Svirina, A.D. / Tame, J.R.H. / Hartley-Tassell, L. / Irie, H. / Haselhorst, T. / von Itzstein, M. / Rudd, P.A. / Pancera, M.

履歴

登録	2023年12月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年7月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v95.cif.gz	153.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v95.ent.gz	114.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v95.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8v95_validation.pdf.gz	445.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8v95_full_validation.pdf.gz	448.3 KB	表示
XML形式データ	8v95_validation.xml.gz	30.1 KB	表示
CIF形式データ	8v95_validation.cif.gz	46.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/8v95 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/8v95	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8v96C 8v97C 8v98C 8v99C 8v9aC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid protein (Fragment)

B: Capsid protein (Fragment)

ヘテロ分子

118 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.230, 78.428, 115.387
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Capsid protein (Fragment) 分子量: 58941.336 Da / 分子数: 2 / 断片: GII.8 Amsterdam P domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human calicivirus strain Hu/NLV/Amsterdam/98-18/1998/NET (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9PY74
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 723 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Sodium chloride 0.1 M Sodium/potassium phosphate (pH 6.2) 50% v/v PEG 200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2023年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→46.68 Å / Num. obs: 64062 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.098 / Χ²: 0.49 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 375331
反射シェル	解像度: 1.73→1.76 Å / % possible obs: 86.2 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.647 / Num. measured all: 16109 / Num. unique obs: 3023 / CC_1/2: 0.81 / R_pim(I) all: 0.294 / R_rim(I) all: 0.713 / Χ²: 0.3 / Net I/σ(I) obs: 1.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.73→46.68 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2037	3199	5 %
R_work	0.1742	-	-
obs	0.1757	63964	99.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→46.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4718	0	4	723	5445

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4855
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.881	6632
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.226	1761
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	724
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	892

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.73-1.75	0.4015	113	0.2999	2144	X-RAY DIFFRACTION	82
1.75-1.78	0.27	139	0.2485	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.81	0.2762	138	0.2325	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.84	0.264	137	0.2178	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.88	0.2697	140	0.2197	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.91	0.2555	138	0.2195	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.95	0.2589	138	0.2093	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-1.99	0.2227	139	0.1956	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.04	0.2532	140	0.1782	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.09	0.2307	139	0.1804	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.15	0.2093	138	0.1766	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.21	0.2117	139	0.1707	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.28	0.1919	139	0.1805	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.36	0.2274	140	0.1704	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.46	0.2191	141	0.1707	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.57	0.1987	140	0.1767	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.71	0.2168	140	0.1803	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.87	0.2179	140	0.1919	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.1	0.234	141	0.1847	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.41	0.217	142	0.1747	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.9	0.1812	142	0.162	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9-4.91	0.1338	144	0.1329	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
4.91-46.68	0.1589	152	0.1478	2867	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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