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万見
- PDB-8v8k: Crystal Structure of Nanobody NbE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v8k
タイトルCrystal Structure of Nanobody NbE
要素Nanobody NbE
キーワードIMMUNE SYSTEM / Single Domain Antibody / Nanobody / VHH
生物種Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Koehl, A. / Manglik, A. / Yu, J. / Kumar, A. / Zhang, X. / Martin, C. / Raia, P. / Steyaert, J. / Ballet, S. / Boland, A. / Stoeber, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)R61DA051531 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis of μ-opioid receptor targeting by a nanobody antagonist.
著者: Jun Yu / Amit Kumar / Xuefeng Zhang / Charlotte Martin / Kevin Van Holsbeeck / Pierre Raia / Antoine Koehl / Toon Laeremans / Jan Steyaert / Aashish Manglik / Steven Ballet / Andreas Boland / Miriam Stoeber /
要旨: The μ-opioid receptor (μOR), a prototypical G protein-coupled receptor (GPCR), is the target of opioid analgesics such as morphine and fentanyl. Due to the severe side effects of current opioid ...The μ-opioid receptor (μOR), a prototypical G protein-coupled receptor (GPCR), is the target of opioid analgesics such as morphine and fentanyl. Due to the severe side effects of current opioid drugs, there is considerable interest in developing novel modulators of μOR function. Most GPCR ligands today are small molecules, however biologics, including antibodies and nanobodies, represent alternative therapeutics with clear advantages such as affinity and target selectivity. Here, we describe the nanobody NbE, which selectively binds to the μOR and acts as an antagonist. We functionally characterize NbE as an extracellular and genetically encoded μOR ligand and uncover the molecular basis for μOR antagonism by determining the cryo-EM structure of the NbE-μOR complex. NbE displays a unique ligand binding mode and achieves μOR selectivity by interactions with the orthosteric pocket and extracellular receptor loops. Based on a β-hairpin loop formed by NbE that deeply protrudes into the μOR, we design linear and cyclic peptide analogs that recapitulate NbE's antagonism. The work illustrates the potential of nanobodies to uniquely engage with GPCRs and describes lower molecular weight μOR ligands that can serve as a basis for therapeutic developments.
履歴
登録2023年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月2日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
改定 1.22024年10月23日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nanobody NbE
B: Nanobody NbE
C: Nanobody NbE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0373
ポリマ－40,0373
非ポリマー00
水00
1
A: Nanobody NbE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3461
ポリマ－13,3461
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nanobody NbE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3461
ポリマ－13,3461
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Nanobody NbE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3461
ポリマ－13,3461
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.559, 76.559, 298.596
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: 抗体 Nanobody NbE


分子量: 13345.769 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: Pet26b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.01 % / 解説: Hexagonal rods
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Hepes pH 7.0 1.0M Succinic Acid pH 7.0 1% PEG 2000 MME
PH範囲: 6.5-7.5 / Temp details: Incubator

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→49.58 Å / Num. obs: 12993 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1258 / CC1/2: 0.538

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→44.37 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 35.32 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Iterative manual rebuilding in coot with automated refinement in Phenix
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3313 1288 10.04 %Random
Rwork0.286 ---
obs0.2906 12826 98.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→44.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2701 0 0 0 2701
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022758
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5753730
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.338963
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041397
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003473
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.960.50361340.43061185X-RAY DIFFRACTION95
2.96-3.10.42251350.36231205X-RAY DIFFRACTION97
3.1-3.260.35611380.33521229X-RAY DIFFRACTION98
3.26-3.470.36711420.29211265X-RAY DIFFRACTION99
3.47-3.730.36291400.28671266X-RAY DIFFRACTION100
3.73-4.110.32421410.28491283X-RAY DIFFRACTION100
4.11-4.70.30541470.24641307X-RAY DIFFRACTION100
4.7-5.920.28711480.25541339X-RAY DIFFRACTION100
5.92-100.32471630.29621459X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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