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- PDB-8v7s: IpaD (122-321) Apo Structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v7s
タイトルIpaD (122-321) Apo Structure
要素Invasin IpaD
キーワードCELL INVASION / Type Three Secretion System / T3SS / T3SA / Shigella / Pi helix / Deoxycholate bound
機能・相同性effector-mediated activation of programmed cell death in host / Type III secretion systems tip complex components / BipD-like superfamily / Type III secretion systems tip complex components / extracellular region / Invasin IpaD
機能・相同性情報
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.708 Å
データ登録者Barker, S.A. / Dickenson, N.E. / Johnson, S.J. / Morales, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural and functional characterization of the IpaD pi-helix reveals critical roles in DOC interaction, T3SS apparatus maturation, and Shigella virulence.
著者: Barker, S.A. / Bernard, A.R. / Morales, Y. / Johnson, S.J. / Dickenson, N.E.
履歴
登録2023年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Invasin IpaD
B: Invasin IpaD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4842
ポリマ－44,4842
非ポリマー00
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area20710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.631, 44.015, 92.509
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Invasin IpaD / Invasion Plasmid Antigen D


分子量: 22241.812 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 122-321 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: ipaD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18013
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.018 - 0.02 M Magnesium Chloride Hexahydrate, 20% w/v Poly (acrylic acid sodium salt) 5100, 0.3 mM Deoxycholate acid sodium salt

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 13359 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 0.989 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 66496
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.83.70.47711920.8240.9510.2550.5460.98989
2.8-2.914.10.42113140.8780.9670.220.4790.98794.1
2.91-3.044.50.37113000.9290.9810.1880.4191.00796
3.04-3.24.60.31213220.9370.9840.1550.350.98797.1
3.2-3.45.40.24713560.9660.9910.1150.2740.98498.6
3.4-3.665.50.19813820.9680.9920.0920.2190.98399.4
3.66-4.035.40.14913320.9850.9960.070.1661.00197.4
4.03-4.625.60.09313480.9920.9980.0420.1020.98398.3
4.62-5.815.50.08113900.9950.9990.0370.090.9898.2
5.81-505.30.05714230.99810.0270.0630.99297.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.708→45.89 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 669 5.02 %
Rwork0.2251 --
obs0.2281 13325 95.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.708→45.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3008 0 0 23 3031
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023057
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5014135
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.3821843
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037461
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003534
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7085-2.91760.39311240.32312276X-RAY DIFFRACTION87
2.9176-3.21110.30911310.29012506X-RAY DIFFRACTION96
3.2111-3.67560.34151390.26282618X-RAY DIFFRACTION99
3.6756-4.63010.23351340.19622576X-RAY DIFFRACTION98
4.6301-45.890.26791410.18822680X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.19840.01823.46532.57320.98833.2560.06620.35060.1354-0.6535-0.2266-0.0117-0.24090.02380.12190.61760.00790.11260.3812-0.05130.353-21.23431.5736-49.8434
20.6956-0.02970.08331.27580.02716.73770.7947-0.0458-0.64180.5893-0.0746-0.51241.82031.2546-0.31870.77190.0589-0.17930.53110.05550.45190.198-3.601-9.9161
35.51772.1755-0.21794.78911.44557.4929-0.41230.07950.6614-0.96660.44760.02430.10510.60130.08940.483-0.0606-0.03820.40790.04320.2996-2.26795.7474-28.6477
42.05731.9232.65381.75711.98737.50250.1641-0.75460.13150.438-0.2612-0.14230.2358-0.03620.11330.51160.0041-0.00530.396-0.01460.3153-6.36143.6654-14.0566
51.3918-1.0445-0.6241.19172.14999.2216-0.07740.10880.1095-0.4527-0.26080.3392-0.9350.1340.17640.4431-0.09220.02580.19920.02540.386-32.891114.1031-33.8656
62.73250.5527-1.89145.30292.20254.04860.1584-1.0692-0.05011.1032-0.1496-0.2418-0.5663-0.03510.26980.633-0.01970.0570.8244-0.15670.5996-38.157621.10135.543
78.1355-0.60382.23994.1319-0.90250.9528-0.3363-0.06670.2194-0.0496-0.0730.2065-0.1007-0.44860.31920.5481-0.027-0.00540.41120.01450.3215-45.223211.6161-22.8791
82.6972-0.4556-2.76982.1522-0.05238.0374-0.0935-0.3549-0.0950.2876-0.0730.0280.5240.31060.1110.38970.0242-0.02540.2945-0.05010.3643-32.43210.8959-11.1562
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 124 through 149 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 150 through 205 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 206 through 239 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 240 through 318 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 124 through 173 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 174 through 205 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 206 through 250 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 251 through 319 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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