[日本語] English
万見
- PDB-8v5t: Crystal structure of Alzheimers disease phospholipase D3 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v5t
タイトルCrystal structure of Alzheimers disease phospholipase D3
要素5'-3' exonuclease PLD3
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Exonuclease / Alzheimer's Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


spleen exonuclease / Synthesis of PG / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / myotube differentiation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / phospholipase D activity / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / immune system process / Role of phospholipids in phagocytosis / lysosomal lumen ...spleen exonuclease / Synthesis of PG / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / myotube differentiation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / phospholipase D activity / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / immune system process / Role of phospholipids in phagocytosis / lysosomal lumen / lipid metabolic process / late endosome membrane / early endosome membrane / inflammatory response / Golgi membrane / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
PLD-like domain / PLD-like domain / : / Phospholipase D. Active site motifs. / Phospholipase D/Transphosphatidylase / Phospholipase D phosphodiesterase active site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-3' exonuclease PLD3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ishii, K. / Hermans, S.J. / Nero, T.L. / Gorman, M.A. / Parker, M.W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of Alzheimer's disease phospholipase D3 provides a molecular basis for understanding its normal and pathological functions.
著者: Ishii, K. / Hermans, S.J. / Georgopoulou, M.E. / Nero, T.L. / Hancock, N.C. / Crespi, G.A.N. / Gorman, M.A. / Gooi, J.H. / Parker, M.W.
履歴
登録2023年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 5'-3' exonuclease PLD3
B: 5'-3' exonuclease PLD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,45319
ポリマ－109,5182
非ポリマー2,93517
水6,972387
1
A: 5'-3' exonuclease PLD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,46112
ポリマ－54,7591
非ポリマー1,70111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 5'-3' exonuclease PLD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9927
ポリマ－54,7591
非ポリマー1,2336
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)205.137, 60.566, 111.501
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.720, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 5'-3' exonuclease PLD3


分子量: 54759.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLD3 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IV08
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.17 M ammonium sulfate 15% (v/v) glycerol 25% (w/v) PEG 4000
Temp details: Room Temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.96 Å / Num. obs: 112535 / % possible obs: 99.03 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 50.55 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 712 / CC1/2: 0.683 / Rpim(I) all: 0.458 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→48.96 Å / SU ML: 0.3207 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.3371
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2094 5526 4.91 %
Rwork0.1853 107009 -
obs0.1865 112535 95.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6530 0 180 387 7097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00956871
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14679379
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05491048
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081202
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.5871964
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.330.36711870.35223666X-RAY DIFFRACTION95.51
2.33-2.350.31461830.33253475X-RAY DIFFRACTION94.77
2.35-2.380.3462030.32093515X-RAY DIFFRACTION93.89
2.38-2.410.3431910.32033563X-RAY DIFFRACTION95.67
2.41-2.440.31711760.2993638X-RAY DIFFRACTION97.05
2.44-2.480.34511620.29473635X-RAY DIFFRACTION96.84
2.48-2.510.32161860.28753627X-RAY DIFFRACTION96.97
2.51-2.550.29571910.28063628X-RAY DIFFRACTION97.13
2.55-2.590.29591920.27313626X-RAY DIFFRACTION97.3
2.59-2.630.3091890.25813688X-RAY DIFFRACTION97.73
2.63-2.680.26212110.24423518X-RAY DIFFRACTION97.13
2.68-2.730.27641550.24623696X-RAY DIFFRACTION97.03
2.73-2.780.31421580.243671X-RAY DIFFRACTION97.33
2.78-2.840.25571680.24093668X-RAY DIFFRACTION97.46
2.84-2.90.27581910.23923645X-RAY DIFFRACTION97.14
2.9-2.970.27371970.22943613X-RAY DIFFRACTION97.17
2.97-3.040.22022010.22213636X-RAY DIFFRACTION96.89
3.04-3.120.25382100.20763482X-RAY DIFFRACTION95.95
3.12-3.210.19962070.19813559X-RAY DIFFRACTION95.92
3.21-3.320.23211560.19523597X-RAY DIFFRACTION95.16
3.32-3.440.20121620.19533477X-RAY DIFFRACTION92.78
3.44-3.570.23271920.18873558X-RAY DIFFRACTION94.27
3.57-3.740.21081970.16053443X-RAY DIFFRACTION92.93
3.74-3.930.18231900.16083421X-RAY DIFFRACTION92.92
3.93-4.180.1581510.13583542X-RAY DIFFRACTION93.73
4.18-4.50.15551900.13113432X-RAY DIFFRACTION92.56
4.5-4.950.12871760.12093453X-RAY DIFFRACTION91.99
4.95-5.670.17432040.14443477X-RAY DIFFRACTION93.17
5.67-7.140.19281800.15963493X-RAY DIFFRACTION93.87
7.14-48.960.16521700.15863567X-RAY DIFFRACTION94.97

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る