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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8v5o | ||||||||||||
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タイトル | Tetramer core subcomplex (conformation 3) of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase | ||||||||||||
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![]() | REPLICATION / TRANSFERASE / Primase / DNA polymerase / chimeric RNA-DNA primer / RNA/DNA hybrid / DNA replication / DNA synthesis | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() alpha DNA polymerase:primase complex / DNA primase activity / lagging strand elongation / DNA replication, synthesis of primer / mitotic DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / leading strand elongation / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / nuclear matrix ...alpha DNA polymerase:primase complex / DNA primase activity / lagging strand elongation / DNA replication, synthesis of primer / mitotic DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / leading strand elongation / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / nuclear matrix / double-strand break repair via nonhomologous end joining / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / nuclear envelope / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / chromatin binding / chromatin / nucleolus / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.99 Å | ||||||||||||
![]() | Mullins, E.A. / Chazin, W.J. / Eichman, B.F. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A mechanistic model of primer synthesis from catalytic structures of DNA polymerase α-primase. 著者: Elwood A Mullins / Lauren E Salay / Clarissa L Durie / Noah P Bradley / Jane E Jackman / Melanie D Ohi / Walter J Chazin / Brandt F Eichman / ![]() 要旨: The mechanism by which polymerase α-primase (polα-primase) synthesizes chimeric RNA-DNA primers of defined length and composition, necessary for replication fidelity and genome stability, is ...The mechanism by which polymerase α-primase (polα-primase) synthesizes chimeric RNA-DNA primers of defined length and composition, necessary for replication fidelity and genome stability, is unknown. Here, we report cryo-EM structures of Xenopus laevis polα-primase in complex with primed templates representing various stages of DNA synthesis. Our data show how interaction of the primase regulatory subunit with the primer 5' end facilitates handoff of the primer to polα and increases polα processivity, thereby regulating both RNA and DNA composition. The structures detail how flexibility within the heterotetramer enables synthesis across two active sites and provide evidence that termination of DNA synthesis is facilitated by reduction of polα and primase affinities for the varied conformations along the chimeric primer-template duplex. Together, these findings elucidate a critical catalytic step in replication initiation and provide a comprehensive model for primer synthesis by polα-primase. #1: ![]() タイトル: A mechanistic model of primer synthesis from catalytic structures of DNA polymerase alpha-primase 著者: Mullins, E.A. / Salay, L.E. / Durie, C.L. / Bradley, N.P. / Jackman, J.E. / Ohi, M.D. / Chazin, W.J. / Eichman, B.F. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 513.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 404.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 43.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 65.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 29891MC ![]() 8g99C ![]() 8g9fC ![]() 8g9lC ![]() 8g9nC ![]() 8g9oC ![]() 8ucuC ![]() 8ucvC ![]() 8ucwC ![]() 8v5mC ![]() 8v5nC ![]() 8v6gC ![]() 8v6hC ![]() 8v6iC ![]() 8v6jC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 129009.414 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 335-1458 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: pola1, pola 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9DE46, DNA-directed DNA polymerase | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 67194.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: pola2.L 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6DCZ1 | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 59673.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: prim2.S / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
#4: タンパク質 | 分子量: 49356.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: prim1.S / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
#5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 54.8 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 17820 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 23007566 | |||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 8.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 68842 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 8G9F Accession code: 8G9F / Source name: PDB / タイプ: experimental model |