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万見
- PDB-8v58: Complex of murine cathepsin K with bound heparan sulfate 12mer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v58
タイトルComplex of murine cathepsin K with bound heparan sulfate 12mer
要素Cathepsin K
キーワードHYDROLASE / complex / heparan sulfate / protease / collagenase
機能・相同性
機能・相同性情報


RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / Trafficking and processing of endosomal TLR / cathepsin K / Degradation of the extracellular matrix / negative regulation of cartilage development / MHC class II antigen presentation / thyroid hormone generation / proteoglycan binding ...RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / Trafficking and processing of endosomal TLR / cathepsin K / Degradation of the extracellular matrix / negative regulation of cartilage development / MHC class II antigen presentation / thyroid hormone generation / proteoglycan binding / collagen catabolic process / fibronectin binding / bone resorption / collagen binding / cysteine-type peptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Pedersen, L.C. / Xu, D. / Krahn, J.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ZIC-ES102645 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)R01DE031273 米国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)R01AR070179 米国
引用ジャーナル: Matrix Biol. / 年: 2024
タイトル: Heparan sulfate selectively inhibits the collagenase activity of cathepsin K.
著者: Zhang, X. / Luo, Y. / Hao, H. / Krahn, J.M. / Su, G. / Dutcher, R. / Xu, Y. / Liu, J. / Pedersen, L.C. / Xu, D.
履歴
登録2023年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin K
B: Cathepsin K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6396
ポリマ－47,3252
非ポリマー4,3144
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • dimeric, unknown dimer interface
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.892, 111.892, 116.653
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Space group name HallP4w2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+3/4
#8: -y,-x,-z+1/4

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cathepsin K


分子量: 23662.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ctsk / 細胞株 (発現宿主): HEK293-freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293 / 参照: UniProt: P55097

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糖 , 3種, 3分子

#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1381.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DManpa1-4DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-4-5/a4-b1_a6-h1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e4-f1_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid- ...2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 2649.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,8,7/[a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O]/1-2-1-2-1-2-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][L-1,6-deoxy-Idop2SO3]{[(4+1)][a-D-2-deoxy-Glcp6SO3]{[(4+1)][a-L-6-deoxy-Idop2SO3]{[(4+1)][a-D-2-deoxy-Glcp6SO3]{[(4+1)][a-L-6-deoxy-Idop2SO3]{[(4+1)][a-D-2-deoxy-Glcp6SO3]{[(4+1)][a-L-6-deoxy-Idop2SO3]{[(4+1)][a-D-2-deoxy-Glcp6SO3]{}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 2分子

#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細The conformation of the 12mer oligosaccharide represents the best fit of the heparan sulfate ...The conformation of the 12mer oligosaccharide represents the best fit of the heparan sulfate oligosaccharide to the electron density. Difference density suggests alternate conformations likely also exist.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M sodium acetate, 0.2M lithium sulfate, 31.5% PEG 8K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 13901 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 92.46 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.099 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 675 / CC1/2: 0.875 / Rpim(I) all: 0.361 / Rrim(I) all: 1.03 / Rsym value: 0.963

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→19.87 Å / SU ML: 0.4078 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.4323
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2926 686 5.03 %
Rwork0.2359 12961 -
obs0.2386 13647 98.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 113.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→19.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3169 0 252 1 3422
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00873487
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29794757
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0758560
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082589
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.61911276
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.340.33431300.30292499X-RAY DIFFRACTION97.15
3.34-3.670.31551360.2482557X-RAY DIFFRACTION98.43
3.67-4.20.29091380.22812586X-RAY DIFFRACTION98.95
4.2-5.270.24831380.21962630X-RAY DIFFRACTION99.21
5.27-19.870.30531440.23312689X-RAY DIFFRACTION96.46
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.814636641480.812180234840.6253112346322.213394084010.7355390728834.388363567040.1257249210840.190666029261-0.0689733093069-0.1488156566060.208129576449-0.280909477346-0.4561048310160.170379072208-4.89812465961E-91.003047460170.1185056816060.02519616910961.1588545494-0.1813782496121.0303114358623.119-11.005-0.281
20.356210824176-0.3290504463631.00976908274.122923454751.273975936383.292064847090.3764054288170.00895248060833-0.597059855929-0.0900475021605-0.197117328037-0.378943773020.946256844055-0.0229226142225-0.1465902801811.549791882620.144504856401-0.2391687007011.17674848261-0.3639465835951.5345862257723.136-45.669-13.212
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:215 )A1 - 215
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 1:215 OR RESID 401:401 ) )B1 - 215
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 1:215 OR RESID 401:401 ) )B401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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