PDB-8v4r: Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase 2 in complex with AMP ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v4r

タイトル

Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase 2 in complex with AMP and CoA from Candida albicans

要素

Acetyl-coenzyme A synthetase 2

キーワード

LIGASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Acetyl-coenzyme A synthetase 2

機能・相同性

機能・相同性情報

acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / acetyl-CoA biosynthetic process / AMP binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: A single Leishmania adenylate-forming enzyme of the ANL superfamily generates both acetyl- and acetoacetyl-CoA.
著者: Jezewski, A.J. / Esan, T.E. / Propp, J. / Fuller, A.J. / Daraji, D.G. / Lail 3rd, C. / Staker, B.L. / Woodward, E.L. / Liu, L. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Hagen, T.J. / Krysan, D.J.

履歴

登録	2023年11月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v4r.cif.gz	728.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v4r.ent.gz	606.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v4r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8v4r_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8v4r_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	8v4r_validation.xml.gz	62.3 KB	表示
CIF形式データ	8v4r_validation.cif.gz	83.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/8v4r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/8v4r	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8sf3C 8u2rC 8u2sC 8u2tC 8u2uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (2) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#78 - 2006年6月
ルシフェラーゼ (Luciferase)
類似性 (6)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (2)
#4 - 2000年4月
コラーゲン (Collagen)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#116 - 2009年8月
硫酸転移酵素 (Sulfotransferases)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetyl-coenzyme A synthetase 2

B: Acetyl-coenzyme A synthetase 2

C: Acetyl-coenzyme A synthetase 2

ヘテロ分子

231 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.407, 139.407, 542.252
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Acetyl-coenzyme A synthetase 2 分子量: 75908.391 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 遺伝子: ACS2 / プラスミド: CaalA.00629.a.FS11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NJN3

-
非ポリマー , 5種, 50分子

#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.17 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Berkeley D2: 29% (w/v) PEG 3350, 100 mM Hepes free acid/ Sodium hydroxide pH 7.5, 200 mM Potassium sodium tartrate. CaalA.00629.a.FS11.PD00399 at 20 mg/mL. 2mM ADP, acetate and CoA added to ...詳細: Berkeley D2: 29% (w/v) PEG 3350, 100 mM Hepes free acid/ Sodium hydroxide pH 7.5, 200 mM Potassium sodium tartrate. CaalA.00629.a.FS11.PD00399 at 20 mg/mL. 2mM ADP, acetate and CoA added to the protein prior to crystallization. Plate: 13581 well D2 drop 3. Puck: PSL-1608, Cryo: 20% PEG 200 + 80% Berkeley D2.

結晶

マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.17 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Berkeley D2: 29% (w/v) PEG 3350, 100 mM Hepes free acid/ Sodium hydroxide pH 7.5, 200 mM Potassium sodium tartrate. CaalA.00629.a.FS11.PD00399 at 20 mg/mL. 2mM ADP, acetate and CoA added to ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月8日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→49.46 Å / Num. obs: 86857 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.185 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.189 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 14.5 / Num. measured all: 1734018
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.1 % / R_merge(I) obs: 2.352 / Num. measured all: 86390 / Num. unique obs: 4524 / CC_1/2: 0.8 / R_pim(I) all: 0.551 / R_rim(I) all: 2.416 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21rc1_5162	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→49.46 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2309	4353	5.03 %
R_work	0.2063	-	-
obs	0.2075	86612	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14387	0	195	41	14623

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	14968
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.617	20401
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.931	5386
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	2237
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2605

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.73	0.3435	154	0.345	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.76	0.3706	136	0.3313	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.8	0.3206	142	0.3091	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.83	0.2776	137	0.2949	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.87	0.3204	147	0.293	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.91	0.3181	123	0.2857	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-2.95	0.3711	157	0.2837	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-2.99	0.3113	137	0.2792	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.04	0.2947	157	0.2766	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.09	0.3154	134	0.276	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.14	0.3231	167	0.2954	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.2	0.3261	157	0.2865	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.26	0.3537	121	0.2662	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.33	0.2282	148	0.2505	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.4	0.2744	120	0.232	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4-3.48	0.276	140	0.2334	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.57	0.2252	133	0.2081	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.66	0.2763	143	0.21	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
3.66-3.77	0.2112	158	0.2135	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-3.89	0.2193	173	0.1984	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.89-4.03	0.2167	146	0.1854	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
4.03-4.19	0.189	157	0.1655	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
4.19-4.38	0.1477	150	0.1582	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
4.38-4.62	0.1946	145	0.1454	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
4.62-4.9	0.1832	142	0.1516	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9-5.28	0.1566	149	0.1605	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
5.28-5.81	0.2051	124	0.1811	2853	X-RAY DIFFRACTION	100
5.81-6.65	0.1991	135	0.1906	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
6.65-8.38	0.2171	152	0.2089	2891	X-RAY DIFFRACTION	100
8.38-49.46	0.2359	169	0.1926	3098	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0429	-0.0514	0.1619	0.8867	0.2045	1.9573	-0.0248	0.1393	0.0887	0.0057	0.132	-0.1602	-0.0621	0.3026	-0.0774	0.6428	-0.0883	0.0663	0.4894	0.03	0.6499	22.2658	36.7573	-21.5109
2	1.4813	0.0805	-0.0499	1.0524	0.2272	2.3224	0.0093	0.1746	-0.1477	-0.071	0.0175	0.1602	0.2783	-0.3538	-0.0783	0.608	-0.0974	0.0104	0.5484	0.0588	0.636	-2.2316	24.2441	-27.385
3	1.2306	0.1307	-0.2997	1.0827	0.0092	1.6034	-0.0653	0.1825	-0.056	-0.1859	0.0871	0.0097	0.1604	-0.0015	-0.0579	0.6006	-0.0747	0.03	0.4385	0.0256	0.5446	13.7885	25.3433	-31.0253
4	1.3223	-0.2245	-0.2006	0.8996	-0.1138	1.9773	-0.0751	-0.0609	-0.127	0.1364	0.1218	-0.0505	0.0951	0.2643	-0.0424	0.5936	-0.024	0.0497	0.4413	-0.0215	0.6039	24.951	23.072	-12.4828
5	5.3816	-0.8828	-1.5956	2.6309	-0.3132	4.489	0.0463	-0.0539	-0.3602	-0.0103	0.0451	0.3707	0.1739	-0.3205	-0.0814	0.7664	-0.0105	-0.0417	0.5064	0.0622	0.7308	10.8477	-3.2652	-17.9394
6	3.0087	-1.3299	-0.5087	4.8832	-3.3031	3.6196	-0.0533	0.2752	-0.142	-0.3611	0.2056	-0.0867	0.1124	-0.0391	-0.1181	0.7909	-0.0649	-0.0363	0.5701	-0.0004	0.6839	16.2867	-6.2138	-14.7197
7	0.8424	-0.4282	-0.2034	1.0163	0.1195	1.3803	-0.0193	-0.0774	0.1243	0.1218	0.1561	0.0385	-0.1099	-0.2559	-0.1286	0.5407	0.0716	0.1386	0.4382	0.0894	0.6035	-5.9769	49.2326	15.6838
8	0.414	-0.0819	-0.3467	0.6076	-0.6354	1.143	0.0702	0.4151	0.1075	0.3497	0.1334	0.9665	0.4503	-0.7609	-0.1655	1.1328	0.0258	0.1545	0.9972	0.0268	1.1649	-25.2293	47.7181	27.7012
9	1.0742	0.1626	-0.2461	0.9808	0.1353	1.2159	0.1014	0.138	0.1624	-0.2477	-0.0435	0.2336	-0.2843	-0.3305	-0.094	0.6442	0.1635	0.0059	0.7796	0.2208	0.8405	-21.7942	58.5758	-23.6771
10	2.7128	-0.9509	-0.1182	3.2068	-0.6532	1.7613	0.1883	0.3798	0.0126	-0.1638	-0.0275	0.2136	-0.1901	-0.1978	-0.0764	0.6747	0.1056	0.0147	0.7434	0.204	0.7783	-16.681	55.2054	-31.7247
11	1.2581	-0.2035	-0.1474	0.6106	0.6628	0.8868	0.0883	0.3541	0.3034	-0.3009	0.0238	0.3618	-0.45	-0.5827	-0.1203	0.9294	0.2352	-0.018	0.9033	0.3132	0.9435	-23.025	66.6535	-38.1437
12	1.1396	-0.0794	0.3359	1.0283	1.0579	1.2415	0.0334	0.5126	0.2878	-0.1367	-0.0163	0.4596	-0.094	-0.4794	-0.089	1.2273	0.1375	-0.1295	1.1937	0.307	1.1123	-26.522	56.611	-48.2586
13	2.0852	-0.7107	-0.1692	0.257	0.0249	4.5251	-0.6872	0.2489	-0.1651	-0.0969	-0.3966	-0.2667	-0.445	-0.1043	1.1456	1.3204	-0.0351	-0.1628	1.4202	0.1227	1.6704	-42.3552	49.2207	-46.1457

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 136 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 137 through 249 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 250 through 431 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 432 through 560 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 561 through 605 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 606 through 685 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 20 through 531 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 532 through 633 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 20 through 283 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 284 through 323 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 324 through 531 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 532 through 570 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 571 through 633 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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