PDB-8u2t: Crystal Structure of Acetyl-coenzyme A synthetase from Leishmania...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8u2t

タイトル

Crystal Structure of Acetyl-coenzyme A synthetase from Leishmania infantum (CoA and AMP bound)

要素

Acetyl-coenzyme A synthetase

キーワード

LIGASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Acetyl-coenzyme A synthetase

機能・相同性

機能・相同性情報

acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania infantum (幼児リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: A single Leishmania adenylate-forming enzyme of the ANL superfamily generates both acetyl- and acetoacetyl-CoA.
著者: Jezewski, A.J. / Esan, T.E. / Propp, J. / Fuller, A.J. / Daraji, D.G. / Lail 3rd, C. / Staker, B.L. / Woodward, E.L. / Liu, L. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Hagen, T.J. / Krysan, D.J.

履歴

登録	2023年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8u2t.cif.gz	286.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8u2t.ent.gz	224.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8u2t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8u2t_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8u2t_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8u2t_validation.xml.gz	28.9 KB	表示
CIF形式データ	8u2t_validation.cif.gz	43.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/8u2t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/8u2t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8sf3C 8u2rC 8u2sC 8u2uC 8v4rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (2) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#78 - 2006年6月
ルシフェラーゼ (Luciferase)
類似性 (6)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (2)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetyl-coenzyme A synthetase

ヘテロ分子

81 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.068, 69.923, 150.718
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Acetyl-coenzyme A synthetase 分子量: 79393.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania infantum (幼児リーシュマニア) 遺伝子: LINJ_23_0580 / プラスミド: LeinA.00629.b.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4I093

-
非ポリマー , 5種, 484分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE 分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#5: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A 分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.25 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: JCSG+ E4: 1.26M ammonium sulfate, 0.2M lithium sulfate, 100mM Tris pH 8.5. LeinA.00629.b.B1.PW39174 at 20 mg/mL. Plate 13157 well E4 drop 2. Puck: PSL-1315, Cryo: 2.5M Lithium Sulfate. 2mM ...詳細: JCSG+ E4: 1.26M ammonium sulfate, 0.2M lithium sulfate, 100mM Tris pH 8.5. LeinA.00629.b.B1.PW39174 at 20 mg/mL. Plate 13157 well E4 drop 2. Puck: PSL-1315, Cryo: 2.5M Lithium Sulfate. 2mM CoA and AMP added prior to crystallization.

結晶

マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.25 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: JCSG+ E4: 1.26M ammonium sulfate, 0.2M lithium sulfate, 100mM Tris pH 8.5. LeinA.00629.b.B1.PW39174 at 20 mg/mL. Plate 13157 well E4 drop 2. Puck: PSL-1315, Cryo: 2.5M Lithium Sulfate. 2mM ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月8日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→46.49 Å / Num. obs: 75992 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.115 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 14.5 / Num. measured all: 1022350
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / R_merge(I) obs: 1.731 / Num. measured all: 53113 / Num. unique obs: 3828 / CC_1/2: 0.762 / R_pim(I) all: 0.478 / R_rim(I) all: 1.797 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I) obs: 1.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_4933: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→45.12 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 18.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1819	3795	5 %
R_work	0.1544	-	-
obs	0.1558	75869	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→45.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5123	0	80	476	5679

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5422
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.997	7413
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.477	1947
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	809
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	943

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.67	0.2872	156	0.2577	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.69	0.2634	126	0.2441	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.72	0.2391	137	0.2265	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.74	0.2707	161	0.2095	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.77	0.2274	137	0.1917	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.79	0.2124	147	0.1903	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.82	0.2293	128	0.186	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.86	0.2393	140	0.1805	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.2563	138	0.1744	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.93	0.2109	129	0.1682	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.96	0.2074	159	0.1726	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.01	0.2099	141	0.1691	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.05	0.2231	157	0.1579	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.11	0.2114	154	0.1511	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.16	0.1627	141	0.1413	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.23	0.1964	143	0.1377	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.3	0.1868	126	0.1379	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.38	0.1935	145	0.1382	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.47	0.1827	149	0.1465	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.59	0.1778	123	0.1438	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.72	0.1908	125	0.1534	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.89	0.193	142	0.1557	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.12	0.1823	114	0.1645	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.43	0.173	146	0.1517	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.93	0.1544	137	0.1317	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
3.93-4.95	0.1175	139	0.1157	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
4.95-45.12	0.1744	155	0.1793	2870	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1873	1.3041	0.6994	2.0207	0.6502	1.7016	0.0301	-0.2649	0.1972	0.1477	-0.0706	0.2426	-0.0999	-0.1937	0.0449	0.161	0.024	0.036	0.2337	-0.0338	0.156	-35.5012	1.8771	34.4453
2	1.2184	-0.1199	0.0961	0.7171	-0.1119	0.8293	0.0166	-0.0115	-0.0331	-0.0108	-0.017	-0.0864	-0.0049	0.1014	-0.002	0.1101	-0.0136	-0.0117	0.1371	0.0053	0.1235	-9.2487	-6.741	22.3779
3	1.4338	0.1773	0.1649	0.4921	0.0324	0.5588	0.0057	-0.017	-0.0918	-0.0181	0.0003	-0.0396	0.0575	0.0187	-0.0031	0.176	-0.0019	-0.0006	0.1377	0.0126	0.1396	-20.4368	-11.3616	18.9205
4	1.7618	0.6464	0.0807	1.3573	0.075	0.7272	-0.0578	-0.0185	0.3487	-0.0729	0.0161	0.1815	-0.1909	-0.0697	0.0221	0.194	0.0157	-0.0136	0.1369	-0.0035	0.1978	-27.6484	10.684	20.0223
5	2.9537	-0.7042	-2.3061	0.6566	0.7017	2.2232	0.0608	0.0642	0.2947	-0.1663	0.0276	-0.0972	-0.0448	0.0267	-0.0965	0.2677	0.0248	-0.0082	0.2167	0.0487	0.267	-25.2804	5.8254	3.2482
6	1.8269	-0.8003	0.6067	1.7215	0.3113	1.0256	0.3299	0.4399	0.1569	-0.5925	-0.2064	0.0478	0.1366	0.1198	-0.1007	0.2976	0.0475	0.0057	0.2306	0.0305	0.1793	-19.4265	1.9308	-11.1492
7	4.1979	1.3612	-0.2186	2.1257	-0.6614	2.8824	0.3026	0.1315	0.0263	-0.2962	0.0298	0.3732	0.3216	-0.0736	-0.3091	0.4043	0.0793	-0.0618	0.2826	0.0774	0.3836	-30.8477	10.6314	-13.7176

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 40 through 85 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 86 through 257 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 258 through 459 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 460 through 551 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 552 through 604 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 605 through 664 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 665 through 703 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)