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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8v4n | |||||||||||||||
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タイトル | Myxococcus xanthus EncA 3xHis pore mutant with T=1 icosahedral symmetry | |||||||||||||||
要素 | Type 1 encapsulin shell protein EncA | |||||||||||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / Encapsulin | |||||||||||||||
機能・相同性 | Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / encapsulin nanocompartment / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / Type 1 encapsulin shell protein EncA 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Myxococcus xanthus (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.43 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Szyszka, T.N. / Andreas, M.P. / Lie, F. / Miller, L.M. / Adamson, L.S.R. / Fatehi, F. / Twarock, R. / Draper, B.E. / Jarrold, M.F. / Giessen, T.W. / Lau, Y.H. | |||||||||||||||
資金援助 | オーストラリア, 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024 タイトル: Point mutation in a virus-like capsid drives symmetry reduction to form tetrahedral cages. 著者: Taylor N Szyszka / Michael P Andreas / Felicia Lie / Lohra M Miller / Lachlan S R Adamson / Farzad Fatehi / Reidun Twarock / Benjamin E Draper / Martin F Jarrold / Tobias W Giessen / Yu Heng Lau / 要旨: Protein capsids are a widespread form of compartmentalization in nature. Icosahedral symmetry is ubiquitous in capsids derived from spherical viruses, as this geometry maximizes the internal volume ...Protein capsids are a widespread form of compartmentalization in nature. Icosahedral symmetry is ubiquitous in capsids derived from spherical viruses, as this geometry maximizes the internal volume that can be enclosed within. Despite the strong preference for icosahedral symmetry, we show that simple point mutations in a virus-like capsid can drive the assembly of unique symmetry-reduced structures. Starting with the encapsulin from , a 180-mer bacterial capsid that adopts the well-studied viral HK97 fold, we use mass photometry and native charge detection mass spectrometry to identify a triple histidine point mutant that forms smaller dimorphic assemblies. Using cryoelectron microscopy, we determine the structures of a precedented 60-mer icosahedral assembly and an unexpected 36-mer tetrahedron that features significant geometric rearrangements around a new interaction surface between capsid protomers. We subsequently find that the tetrahedral assembly can be generated by triple-point mutation to various amino acids and that even a single histidine point mutation is sufficient to form tetrahedra. These findings represent a unique example of tetrahedral geometry when surveying all characterized encapsulins, HK97-like capsids, or indeed any virus-derived capsids reported in the Protein Data Bank, revealing the surprising plasticity of capsid self-assembly that can be accessed through minimal changes in the protein sequence. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8v4n.cif.gz | 63.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8v4n.ent.gz | 45.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8v4n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/8v4n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/8v4n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 42974MC 8v4qC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31819.082 Da / 分子数: 1 / 変異: K199H, T200H, G201H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (バクテリア) / 株: DK1622 / 遺伝子: encA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1D6H4 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Myxococcus xanthus EncA 3xHis pore mutant with T=1 icosahedral symmetry タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 1.9 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris pH 8.0, 200 mM NaCl | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 5 mA for 60 seconds under vacuum / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K / 詳細: Blot force: 5 Blot time: 2 seconds |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2.0972 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1475 |
画像スキャン | 横: 4092 / 縦: 5760 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 119633 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 77769 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 98.5 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient 詳細: The starting model was generated using ESMfold then fit into the map using ChimeraX. The placed coordinates were then manually refined using Coot, followed by real space refinement in Phenix. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 詳細: ESMfold was used to make starting model / Source name: Other / タイプ: in silico model |