PDB-8v4a: Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with L-ethionine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v4a

タイトル

Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with L-ethionine

要素

Tryptophanase

キーワード

LYASE / pyridoxal-5'-phosphate / fold I / tetramer

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophanase activity / tryptophanase
類似検索 - 分子機能

生物種

Proteus vulgaris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Phillips, R.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with L-ethionine
著者: Phillips, R.S.

履歴

登録	2023年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v4a.cif.gz	924.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v4a.ent.gz	639.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v4a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8v4a_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8v4a_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8v4a_validation.xml.gz	79.5 KB	表示
CIF形式データ	8v4a_validation.cif.gz	114.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/8v4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/8v4a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8v9pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tryptophanase

B: Tryptophanase

C: Tryptophanase

D: Tryptophanase

ヘテロ分子

212 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.750, 207.080, 60.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-772- HOH

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Tryptophanase / L-tryptophan indole-lyase / TNase 分子量: 52558.984 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / 遺伝子: tnaA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P28796, tryptophanase

-
非ポリマー , 5種, 1196分子

#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-YAE / (E)-S-ethyl-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-homocysteine 分子量: 392.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₁N₂O₇PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-YAR / (2E)-4-(ethylsulfanyl)-2-{[(Z)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4(1H)-ylidene}methyl]imino}butanoic acid 分子量: 392.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₁N₂O₇PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.53 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Potassium phosphate, pH 8.0, 0.1 mM PLP, 1 mM DTT, 0.2 M CsCl, 22% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→62.76 Å / Num. obs: 136254 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 24.6 % / B_iso Wilson estimate: 27.19 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 1.97→2.04 Å / Num. unique obs: 4591 / CC_1/2: 0.625

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		data processing
STARANISO		データスケーリング
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.96→62.76 Å / SU ML: 0.2497 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.7338
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2241	2000	2.18 %
R_work	0.1768	89798	-
obs	0.1779	91798	67.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→62.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14742	0	108	1192	16042

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0067	15450
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8519	20899
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0536	2241
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2727
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9109	5854

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.96-2.01	0.3067	8	0.2734	325	X-RAY DIFFRACTION	3.46
2.01-2.07	0.2973	33	0.2651	1500	X-RAY DIFFRACTION	16.01
2.07-2.13	0.3377	52	0.2583	2377	X-RAY DIFFRACTION	25.22
2.13-2.2	0.333	74	0.2434	3303	X-RAY DIFFRACTION	34.84
2.2-2.28	0.2654	102	0.236	4569	X-RAY DIFFRACTION	48.52
2.28-2.37	0.3062	130	0.2212	5837	X-RAY DIFFRACTION	61.67
2.37-2.48	0.2725	154	0.2236	6891	X-RAY DIFFRACTION	72.95
2.48-2.61	0.2692	174	0.218	7869	X-RAY DIFFRACTION	82.75
2.61-2.77	0.2613	199	0.2157	8895	X-RAY DIFFRACTION	93.41
2.77-2.98	0.2733	211	0.2008	9452	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.98-3.28	0.2645	212	0.185	9540	X-RAY DIFFRACTION	99.56
3.28-3.76	0.2329	212	0.1579	9560	X-RAY DIFFRACTION	99.42
3.76-4.73	0.1546	216	0.1357	9645	X-RAY DIFFRACTION	99.53
4.73-62.76	0.1858	223	0.1549	10035	X-RAY DIFFRACTION	99.87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.77532047307	0.686696959952	0.41980235265	1.3871165611	0.479415261525	1.07866818528	-0.162159790122	0.310154859825	0.239930691322	-0.256871967088	0.0923515085714	-0.0384782065333	-0.224815037559	0.0434104354642	0.0579432133068	0.202929268422	-0.0232313168975	-0.0127055273278	0.175890465492	0.011588121984	0.201248172724	36.6958677617	43.8580754304	8.02361992466
2	0.858959019033	-0.172150373362	0.193810598371	2.76198687375	-0.105741013872	1.14906208974	0.0588572021573	-0.212104710091	0.200542923636	0.294906364632	-0.111293540902	0.248848911823	-0.00278652268769	-0.133210450986	0.047441113814	0.190115626686	-0.0336190337994	0.0218401494199	0.266464180384	-0.098802093131	0.20768103001	20.4179315622	50.0269990933	30.5468314748
3	0.663332519387	0.0301477633756	0.13218987513	1.33924810282	0.354228694335	0.958513162972	0.0737433776565	-0.350883399028	0.448972225328	0.141675516867	-0.0800278310157	0.0306169728442	-0.200459379594	0.0499206502338	0.0128967486631	0.313493940126	-0.0635660249521	0.00344284106	0.277107725686	-0.149875153597	0.275109412457	29.9688692958	56.7108375838	31.5047145031
4	1.31380181089	0.774131974968	-0.396149299755	0.834944801178	-0.365506937426	0.253976373326	0.0108264816662	-0.128912009668	0.453823368327	0.0335135821942	-0.00230133140791	0.0448447088086	-0.195260343306	0.00133389087473	-0.00868150361906	0.278762781368	-0.0403681179741	-0.0256450507801	0.166828976883	-0.0744053509667	0.32396393382	39.2273209582	52.4738543867	18.2739865311
5	0.912100432973	0.0289171074879	0.842144163783	1.99776549405	-1.11784342842	2.07906721617	-0.306944353174	-0.239448566628	0.867842898689	0.0294412731007	0.135481809421	0.156402766891	-0.370848066486	-0.192123781686	0.0561523277102	0.22332033428	-0.0112776992187	-0.0322729176593	0.207396351239	-0.054223958642	0.581276335069	37.8801398544	59.8183710869	9.15864258988
6	6.54851775813	1.40504139469	0.278187812696	1.26120630408	0.624229777427	0.757741699977	-0.109645370819	0.42791291747	1.08984754492	-0.25679386671	-0.0905280766151	0.594049841448	-0.290494304365	-0.386067180425	0.0863139462616	0.643410431705	-0.0797075158096	-0.099121851159	0.318592114558	0.112266605458	0.889740697293	30.3305979335	66.4655021951	1.82222891094
7	1.22498707279	0.0714579824978	-0.107366569945	1.14927997814	-0.0111352684825	0.303246234229	0.0132776589696	0.0820378568184	0.131462025244	0.0159380504683	-0.0253406150794	0.142436234769	-0.0498259311295	-0.0652819270918	0.00882886742597	0.115281677362	-0.00701692083974	0.00186176628554	0.145095395538	-0.00709016667213	0.111750184418	6.09945871886	35.8124219123	8.67299833844
8	0.937156465985	0.119222262084	0.494752175186	0.881473062004	0.320178008329	1.86350751121	0.0277536193793	-0.775192689389	0.589094658682	0.38718610716	-0.328712344723	0.870827363468	-0.116373679222	-0.538356436684	0.0813233862162	0.288641769606	-0.0294866650896	0.160728341004	0.455438984478	-0.235960748911	0.646472698457	-2.14457404757	26.4283025006	26.3200781634
9	1.78836532632	0.213964960368	-0.363864300465	1.00840538569	-0.00933405419645	0.467925053017	0.0413338780378	-0.0204680849985	-0.0776948339341	-0.0290217130707	-0.0720507703701	-0.200791203798	0.0226661443007	0.0515187817447	0.0132132603596	0.132610902931	-0.00644638129227	0.0080956802871	0.145507226069	0.0529768610104	0.129531361613	55.5307439286	19.3829868137	-2.6066548722
10	1.18501385863	0.340873729861	-0.21623897342	1.19805392977	-0.648441638524	0.75903896694	0.0431440576853	-0.836246160184	-0.886226628582	-0.142742061743	-0.552812460398	-1.20166749762	0.246965170363	0.932413435883	-0.0191436868537	-0.0247643195945	-0.0522377895725	-0.0656191015017	0.552793952289	0.309479525008	0.942454607345	69.7038289299	23.6585613608	14.8824797093
11	1.31563050692	0.563433257115	0.0455123090389	2.06359753936	-0.0749352168034	0.413433946744	0.010156149951	-0.0730394233711	-0.20309380875	0.0689914790685	-0.0582528423271	-0.209104338232	0.0626276915528	0.0353853617328	0.0323061103588	0.173841184788	-0.0294312620042	-0.0264841537245	0.138333102865	0.0467500888281	0.0814606935905	36.7041680889	-1.32394240002	15.6737394756
12	0.971935174358	0.718280958645	-0.604923233278	0.98435171404	-0.260436637187	2.20084792472	-0.550617595468	0.412740643261	-0.547542196551	-0.898318727039	0.295757970748	-0.437543909264	0.68770008738	-0.0394441099418	0.057753504714	0.559242847356	-0.110009335902	0.166113542317	0.25168978635	-0.08186692373	0.383928632702	25.0378652053	-8.04142230101	-1.95671352469

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 75 )	A	A	2 - 75	1 - 74
2	2	chain 'A' and (resid 76 through 132 )	A	A	76 - 132	75 - 131
3	3	chain 'A' and (resid 133 through 295 )	A	A	133 - 295	132 - 294
4	4	chain 'A' and (resid 296 through 371 )	A	A	296 - 371	295 - 370
5	5	chain 'A' and (resid 372 through 437 )	A	A	372 - 437	371 - 436
6	6	chain 'A' and (resid 438 through 467 )	A	A	438 - 467	437 - 466
7	7	chain 'B' and (resid 2 through 341 )	B	D	2 - 341	1 - 340
8	8	chain 'B' and (resid 342 through 467 )	B	D	342 - 467	341 - 466
9	9	chain 'C' and (resid 2 through 342 )	C	H	2 - 342	1 - 341
10	10	chain 'C' and (resid 343 through 466 )	C	H	343 - 466	342 - 465
11	11	chain 'D' and (resid 2 through 341 )	D	K	2 - 341	1 - 340
12	12	chain 'D' and (resid 342 through 467 )	D	K	342 - 467	341 - 466

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 5種, 1196分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-非ポリマー , 5種, 1196分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 5種, 1196分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)