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- PDB-8v42: Structure of Human Vaccinia-related Kinase 1 (VRK1) Bound to ACH000400 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v42
タイトルStructure of Human Vaccinia-related Kinase 1 (VRK1) Bound to ACH000400
要素Serine/threonine-protein kinase VRK1
キーワードTRANSFERASE / protein kinase / inhibitor / co-crystal
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2AX kinase activity / Cajal body organization / Golgi disassembly / histone H3T3 kinase activity / Nuclear Envelope Breakdown / positive regulation of protein localization to chromatin / mitotic nuclear membrane disassembly / regulation of neuron migration / Golgi stack / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation ...histone H2AX kinase activity / Cajal body organization / Golgi disassembly / histone H3T3 kinase activity / Nuclear Envelope Breakdown / positive regulation of protein localization to chromatin / mitotic nuclear membrane disassembly / regulation of neuron migration / Golgi stack / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / histone H3S10 kinase activity / Cajal body / nucleosomal DNA binding / neuron projection development / kinase activity / histone binding / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / chromatin remodeling / protein phosphorylation / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin / nucleolus / protein kinase binding / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / : / Serine/threonine-protein kinase VRK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Counago, R.M. / de Souza, G.P. / Azevedo, A. / Guimaraes, C. / Mascarello, A. / Gama, F. / Ferreira, M. / Arruda, P.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP) ブラジル
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Novel Dihydropteridinone Derivatives As Potent Inhibitors of the Understudied Human Kinases Vaccinia-Related Kinase 1 and Casein Kinase 1 delta / epsilon.
著者: de Souza Gama, F.H. / Dutra, L.A. / Hawgood, M. / Dos Reis, C.V. / Serafim, R.A.M. / Ferreira Jr., M.A. / Teodoro, B.V.M. / Takarada, J.E. / Santiago, A.S. / Balourdas, D.I. / Nilsson, A.S. / ...著者: de Souza Gama, F.H. / Dutra, L.A. / Hawgood, M. / Dos Reis, C.V. / Serafim, R.A.M. / Ferreira Jr., M.A. / Teodoro, B.V.M. / Takarada, J.E. / Santiago, A.S. / Balourdas, D.I. / Nilsson, A.S. / Urien, B. / Almeida, V.M. / Gileadi, C. / Ramos, P.Z. / Salmazo, A. / Vasconcelos, S.N.S. / Cunha, M.R. / Mueller, S. / Knapp, S. / Massirer, K.B. / Elkins, J.M. / Gileadi, O. / Mascarello, A. / Lemmens, B.B.L.G. / Guimaraes, C.R.W. / Azevedo, H. / Counago, R.M.
履歴
登録2023年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase VRK1
B: Serine/threonine-protein kinase VRK1
C: Serine/threonine-protein kinase VRK1
D: Serine/threonine-protein kinase VRK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,89611
ポリマ－164,5534
非ポリマー1,3437
水2,558142
1
A: Serine/threonine-protein kinase VRK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2442
ポリマ－41,1381
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase VRK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5652
ポリマ－41,1381
非ポリマー4261
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Serine/threonine-protein kinase VRK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3303
ポリマ－41,1381
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Serine/threonine-protein kinase VRK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7574
ポリマ－41,1381
非ポリマー6193
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.552, 96.615, 190.858
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase VRK1 / Vaccinia-related kinase 1


分子量: 41138.125 Da / 分子数: 4 / 変異: K34A,K35A,E36A,E212A,K214A,E215A,E292A,K293A,K295A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VRK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q99986, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-YD9 / (7S)-2-(3,5-difluoro-4-hydroxyanilino)-7-methyl-5-[(1,2-oxazol-5-yl)methyl]-8-(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one


分子量: 426.376 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H16F2N6O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 22% PEG3350, 20 mM Li2SO4, 0.1 M Buffer system SBG pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月8日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→19.93 Å / Num. obs: 75682 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.176 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 2.417 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→19.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 14.927 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.201 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THEIR RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 3800 5.027 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs-75597 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 53.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.304 Å20 Å20 Å2
2--0.523 Å20 Å2
3----1.827 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9661 0 89 142 9892
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0129993
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0169257
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9161.83513555
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3611.76821248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.64151218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.3145.85770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.942101615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.21459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211780
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022300
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.21965
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1570.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.24868
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1160.2233
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4994.4044905
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4994.4044905
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5377.9046106
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5377.9056107
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7734.5025088
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7734.5025088
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0358.2397447
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0358.247448
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 286 -
Rwork0.283 5121 -
obs--99.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.182-0.2626-0.43520.47830.63521.23850.0607-0.00080.0212-0.05590.0022-0.0495-0.1652-0.0343-0.06290.1730.00850.03750.2156-0.01590.017118.91071.844520.5107
20.38010.1195-0.33060.6475-0.16310.9345-0.0560.08790.0262-0.03880.0390.11060.0229-0.1610.0170.1166-0.0242-0.00920.1955-0.00990.0236-15.47931.678451.9377
30.1759-0.17190.34060.3026-0.39521.2978-0.01570.00860.00130.01570.0658-0.00310.101-0.2024-0.05010.1027-0.0502-0.02110.2520.03680.0086-25.1071-45.227127.3469
40.3358-0.0843-0.1660.7737-0.591.4516-0.0150.03770.06820.14980.0741-0.0758-0.167-0.0979-0.05910.06990.0385-0.00060.20830.00770.0288-25.0188-9.908-3.0314

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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