PDB-8v34: Crystal structure of S. aureus TarK N-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v34

タイトル

Crystal structure of S. aureus TarK N-terminal domain

要素

CDP-glycerol glycerophosphotransferase family protein

キーワード

TRANSFERASE / glycosyltransferase / immunoglobulin-like domain

機能・相同性

: / CDP-glycerol glycerophosphotransferase activity / CDP-glycerol glycerophosphotransferase / CDP-glycerol glycerophosphotransferase, C-terminal domain / CDP-glycerol glycerophosphotransferase, N-terminal domain / CDP-Glycerol:Poly(glycerophosphate) glycerophosphotransferase / teichoic acid biosynthetic process / plasma membrane / CDP-glycerol glycerophosphotransferase family protein

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Li, F.K.K. / Strynadka, N.C.J.

資金援助

カナダ,

米国, 4件

組織	認可番号	国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)		カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)		カナダ
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国
Canada Research Chairs		カナダ

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM analysis of TarL, a polymerase in wall teichoic acid biogenesis central to virulence and antibiotic resistance.
著者: Franco K K Li / Liam J Worrall / Robert T Gale / Eric D Brown / Natalie C J Strynadka /

要旨: Wall teichoic acid (WTA), a covalent adduct of Gram-positive bacterial cell wall peptidoglycan, contributes directly to virulence and antibiotic resistance in pathogenic species. Polymerization of ...

履歴

登録	2023年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v34.cif.gz	680.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v34.ent.gz	574.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v34.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8v34_validation.pdf.gz	496 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8v34_full_validation.pdf.gz	506.9 KB	表示
XML形式データ	8v34_validation.xml.gz	53 KB	表示
CIF形式データ	8v34_validation.cif.gz	70.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/8v34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/8v34	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	43083C 43084C 8v33C 8va1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: CDP-glycerol glycerophosphotransferase family protein

A: CDP-glycerol glycerophosphotransferase family protein

C: CDP-glycerol glycerophosphotransferase family protein

D: CDP-glycerol glycerophosphotransferase family protein

E: CDP-glycerol glycerophosphotransferase family protein

F: CDP-glycerol glycerophosphotransferase family protein

G: CDP-glycerol glycerophosphotransferase family protein

H: CDP-glycerol glycerophosphotransferase family protein

I: CDP-glycerol glycerophosphotransferase family protein

J: CDP-glycerol glycerophosphotransferase family protein

205 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: CDP-glycerol glycerophosphotransferase family protein

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: CDP-glycerol glycerophosphotransferase family protein

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: CDP-glycerol glycerophosphotransferase family protein

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: CDP-glycerol glycerophosphotransferase family protein

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: CDP-glycerol glycerophosphotransferase family protein

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: CDP-glycerol glycerophosphotransferase family protein

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

G: CDP-glycerol glycerophosphotransferase family protein

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

H: CDP-glycerol glycerophosphotransferase family protein

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

9

I: CDP-glycerol glycerophosphotransferase family protein

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

10

J: CDP-glycerol glycerophosphotransferase family protein

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.885, 93.674, 136.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.48, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	CDP-glycerol glycerophosphotransferase family protein 分子量: 20459.881 Da / 分子数: 10 / 断片: residues 1-172 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: tagF_3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6B5GWD3

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.28 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 100 mM NaCl, 75 mM MgCl2, 33% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→47.49 Å / Num. obs: 45589 / % possible obs: 99.66 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 11.96
反射シェル	解像度: 3→3.107 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.68 / Num. unique obs: 4546 / CC_1/2: 0.676 / CC star: 0.898 / % possible all: 99.74

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→47.49 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2877	2279	5 %
R_work	0.236	-	-
obs	0.2386	45567	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→47.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13127	0	0	0	13127

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	13396
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.567	18194
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.565	1743
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	2022
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2369

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.07	0.3709	142	0.3272	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.14	0.3667	141	0.3109	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.21	0.3591	142	0.2946	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.3	0.3294	141	0.299	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.4	0.3655	142	0.2915	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4-3.51	0.3451	143	0.2668	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-3.63	0.3427	140	0.2543	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.78	0.3158	142	0.2655	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.78-3.95	0.2866	142	0.2474	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
3.95-4.16	0.2851	144	0.2439	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
4.16-4.42	0.271	141	0.2076	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
4.42-4.76	0.2247	143	0.1862	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
4.76-5.24	0.2435	142	0.1901	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
5.24-6	0.2745	143	0.2163	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
6-7.55	0.3351	144	0.2645	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
7.55-47.49	0.2443	147	0.2173	2780	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7701	-0.1848	0.8998	4.3832	4.93	5.652	0.3556	0.3077	0.4414	-0.3575	-0.211	0.1575	-0.0169	-0.0595	-0.1469	0.7291	0.0368	0.1347	0.4299	0.0145	0.5362	22.4721	20.0407	12.988
2	7.8487	-4.3048	-0.7244	4.3426	-1.8954	6.8574	0.3676	0.2382	-0.278	-0.2034	0.1943	0.4239	-0.0056	-0.2979	-0.4285	0.7104	-0.0821	0.1002	0.529	-0.0112	0.537	19.8503	13.3269	15.9278
3	6.9208	-0.2556	0.7604	9.8471	0.4115	7.8743	0.1892	0.2092	0.3738	-1.591	-0.1722	-0.8452	0.083	-0.3058	-0.0729	0.693	0.0925	0.1616	0.6125	-0.1	0.4414	25.5676	14.8443	7.2986
4	0.3503	1.4425	-1.1971	5.0944	-4.1365	3.3973	0.3482	0.4932	-1.7364	-2.2729	-1.9678	-1.6391	2.638	0.8864	1.942	1.252	0.3812	0.0714	1.6861	-0.0664	1.6136	49.9247	17.6246	4.2525
5	9.3803	4.4443	-1.4202	7.3905	-3.3648	2.7337	-1.2329	-0.0511	-1.8958	-0.1022	0.418	-0.9716	-0.2872	-0.695	0.1247	1.1259	0.3819	0.3111	0.7504	0.0079	1.0747	40.5196	15.9042	5.6913
6	8.8055	-4.0175	1.3791	3.5724	-2.6827	3.4585	0.2416	-0.92	-0.8389	-0.2399	0.2827	1.7606	2.0938	-0.1833	-0.5035	0.7305	-0.1091	-0.0618	0.6822	-0.0295	0.7153	32.2321	-0.0123	23.3885
7	5.6821	-1.5934	2.9946	8.5297	-1.5706	7.3025	0.3135	0.7042	-0.5212	-1.0597	0.3963	-0.5565	-0.0055	0.4593	-0.6362	0.5563	0.1096	0.1262	0.6408	-0.1664	0.5635	32.365	5.9247	9.8897
8	4.6378	4.658	1.4038	4.7444	-0.856	4.0819	-0.2475	0.6751	0.4838	-0.4907	0.3292	0.4492	-0.4186	0.1205	-0.2842	0.5404	-0.0398	0.1751	0.5001	0.0946	0.8121	4.2448	25.3405	31.0418
9	6.1183	0.808	-2.5199	9.0819	-3.6696	9.2086	0.2503	-0.0467	0.3112	-0.3995	-0.1145	0.0047	-0.0065	0.3184	-0.0263	0.2822	0.027	0.0868	0.4009	-0.0119	0.3653	10.7784	17.2774	31.455
10	0.8393	0.2735	0.3434	3.1572	-2.305	2.3654	0.2569	-0.6298	0.1715	1.7846	-0.1023	-0.3305	0.1301	-0.0362	-0.2235	0.8987	-0.179	0.169	0.675	-0.1119	0.5097	9.0473	12.434	41.8718
11	2.4436	2.7988	-1.2642	3.4601	-2.276	7.0074	-0.1148	-0.4117	0.5825	1.6221	0.2413	1.6387	-0.9085	1.3594	0.1564	0.7847	0.0904	0.212	0.5862	-0.1383	0.9232	10.8583	27.2604	37.569
12	1.8398	-0.0233	0.1378	1.1576	0.5208	0.2651	-0.1441	-0.7782	2.5219	0.2218	0.0472	1.3393	-0.2921	0.235	-0.4532	-0.7255	0.2916	0.3454	0.8741	0.4649	2.3212	-10.213	25.4178	31.7837
13	1.5177	-2.4981	-1.1307	6.7311	4.561	3.7763	0.4153	-0.7535	-1.3137	-0.3777	1.254	4.5059	-1.4053	-1.6893	-1.3499	1.796	0.361	0.1557	1.1094	0.9988	2	-20.6233	20.4738	39.5403
14	6.8617	-4.9974	-0.6658	3.796	-0.9941	7.7005	0.8235	-0.621	0.7965	1.3118	-0.2643	2.504	0.3753	0.5397	2.3812	0.7048	-0.0989	0.7776	0.7918	-0.0478	1.2644	-10.2417	19.7295	40.1566
15	8.0261	7.213	2.4314	8.6846	-1.7535	8.7184	1.109	-0.3403	-1.6146	-0.9183	0.1891	-0.9649	1.4945	0.6105	-1.0347	0.8895	0.0265	0.0078	0.4684	-0.2018	0.989	1.9454	-1.9135	34.6903
16	5.1869	0.1321	-0.1398	6.5365	-2.5201	4.4357	0.7292	-1.0176	0.3845	1.0941	-0.3375	0.0345	-0.0048	-0.7657	-0.4007	0.7434	-0.1336	0.0693	0.6843	-0.049	0.4394	0.069	11.0525	41.8758
17	6.4264	-0.4836	2.0031	7.2188	0.0291	1.9775	-0.1822	-0.2411	-0.361	0.4835	0.0137	0.0851	0.6837	-0.4815	0.1578	0.8559	-0.0882	0.252	0.4659	-0.0206	0.5685	24.5984	45.5943	21.313
18	2.5399	-1.1728	1.1934	2.4822	3.3349	7.4861	-2.6157	-0.3099	0.0234	0.6784	3.0787	-1.01	-1.0221	1.0758	0.1567	0.8606	0.1059	-0.0451	0.5241	-0.1397	0.65	22.0876	52.6035	20.8571
19	4.4799	2.083	0.7472	3.4566	4.3043	7.4076	0.1166	-0.9	-0.1779	1.033	-0.2933	-1.601	0.1376	0.533	-0.0358	0.7966	0.1249	-0.0893	0.602	-0.0529	0.7069	32.4041	56.078	26.9811
20	5.2682	3.5425	-0.2306	3.4388	-1.565	7.3645	-1.2318	0.758	-1.1466	-0.0095	0.6853	-2.3596	-0.1042	0.4177	0.3494	0.9231	-0.0928	0.4998	0.7044	-0.0933	1.5798	39.5383	47.0488	9.1624
21	7.143	0.1203	1.3952	5.0826	-2.0185	1.0743	-1.0508	-2.441	0.7943	2.1002	0.5171	2.0086	0.2019	1.7488	0.3383	1.4053	-0.0526	0.2816	0.8054	0.0082	0.7018	28.2524	69.8974	17.9539
22	0.4247	0.5354	0.3344	2.5674	-1.8763	3.8343	-0.2628	-0.0374	-0.0665	1.7883	0.6555	-1.2438	-0.4318	0.483	-0.2584	0.4839	-0.0805	0.0508	0.6404	-0.0358	0.7987	36.962	57.9653	19.0371
23	7.6352	-1.5557	3.0169	2.3172	-3.0318	7.5384	-0.3633	-0.5306	1.0312	0.0213	0.02	0.1411	-0.2	-0.3404	0.3622	0.589	-0.2096	-0.0814	1.0463	-0.1842	0.6072	25.7974	7.4085	62.1497
24	7.9136	8.4178	8.2792	9.1502	8.3322	9.043	0.8008	-1.3223	-1.4932	1.1652	-0.0851	-1.5753	2.1022	1.0748	-1.0006	0.744	0.0316	-0.1227	1.3152	-0.3069	0.6499	33.6577	-1.2527	63.1541
25	4.7936	2.2638	-0.1514	2.9513	3.271	6.4951	-0.4938	0.0913	0.0408	0.595	0.7675	-0.1527	0.6541	0.7697	-0.2499	0.5939	-0.0237	-0.0576	0.7765	-0.0706	0.4932	27.3866	-0.4704	56.7564
26	7.3417	3.7072	4.0467	4.4069	4.8521	5.0742	0.2719	-0.8644	-0.8648	0.3717	0.0931	-0.9312	1.5839	-0.0805	-0.3391	0.9691	-0.2363	-0.0431	1.0043	-0.0502	0.652	22.1971	-7.576	60.8281
27	3.966	-0.3083	0.7141	3.6277	2.0363	0.9692	-0.6634	-2.0146	1.1609	1.5558	0.1394	-1.0384	0.6927	0.3568	-0.201	0.742	-0.2402	-0.1362	1.3557	-0.6226	0.6295	21.9575	7.5752	70.6562
28	6.1115	4.0149	4.9252	3.4178	1.5808	7.3964	-1.8602	-0.9453	0.6904	-0.0353	-0.2428	0.9404	0.9058	-1.0395	2.3393	1.6359	0.2967	0.1894	2.2735	-0.6182	1.1279	2.1161	10.3909	75.2319
29	4.8971	2.3291	-2.5433	2.6458	1.5021	6.5264	1.953	-1.9561	-0.0618	0.9925	-0.6111	1.289	1.266	-4.2034	0.6348	0.82	-0.4946	0.0024	2.2735	-0.3299	0.8979	10.2024	6.4398	71.1181
30	3.2578	2.3511	1.2531	8.3167	-3.9672	4.5104	-0.2749	0.1033	-0.3636	0.0032	0.3161	0.5041	-0.4124	2.0214	0.004	0.4023	0.0889	0.034	0.8719	-0.0133	0.306	10.6544	-2.3542	47.0122
31	3.7166	0.0415	2.0709	6.5071	2.7486	9.017	0.4088	-1.0198	-0.1066	2.183	0.2645	0.5725	0.4508	0.2838	-0.7579	0.8631	-0.172	-0.0222	0.7966	0.0265	0.5134	13.0777	-3.2904	62.0049
32	0.8454	-0.2268	0.8778	8.7012	-5.8701	4.3249	0.2273	-1.2351	-0.4039	-0.5122	0.3711	0.2208	2.8257	-1.1018	-0.246	0.7021	0.1255	-0.1245	1.2134	0.0757	0.639	46.8986	59.947	51.3233
33	2.129	-1.8929	0.3448	9.0071	-2.2547	2.8817	-0.1701	-0.4534	0.0037	0.3875	0.2449	0.3325	-0.1233	-0.5298	-0.0086	0.6524	0.0439	-0.0307	0.9145	0.1235	0.6806	40.1526	65.8639	51.5957
34	4.3632	-3.3476	3.0094	7.9711	-0.3088	3.6197	-0.3771	-0.4746	0.8969	0.9496	-0.085	-1.2054	-1.8565	-0.0313	0.6102	0.8044	-0.1839	-0.1211	0.6372	0.0293	0.7088	43.5011	75.6969	45.3939
35	9.2219	1.6927	-6.193	3.2973	-1.1076	4.1535	1.0087	0.1411	2.7843	1.3902	0.0933	-2.4896	0.3118	2.2767	-0.8716	0.669	0.0682	-0.3702	1.269	0.2064	1.0656	48.646	68.3681	58.8168
36	2.2706	-0.4293	-2.3859	5.177	4.1959	5.2588	-0.8758	-1.6798	-1.7152	2.0828	0.6078	0.1835	1.4313	3.8624	0.0952	0.8356	0.4016	0.2177	1.4554	0.0904	0.9102	58.1867	53.8407	42.6866
37	4.6387	-6.3542	2.9296	2.0265	-1.5621	2.0207	2.1832	3.8215	0.8059	-1.9707	-3.3746	-2.737	7.0571	2.275	0.1079	3.0536	0.5263	0.0236	1.6151	0.4155	1.4435	65.6414	57.7972	33.1208
38	3.76	1.5486	3.4688	8.0725	0.8284	3.6655	-0.7298	-0.5418	-1.4299	0.3209	-0.1338	-1.3359	-1.3666	1.2934	0.8168	0.7258	-0.1318	-0.0726	1.4888	0.4675	0.8905	58.9186	62.8446	39.3965
39	5.2224	2.4128	-1.1402	3.667	3.1595	5.5968	-0.291	-0.1712	0.2595	-1.5043	-0.274	0.8686	-2.1676	-1.4489	0.1063	0.7315	0.1653	-0.1016	0.7073	-0.1742	0.4949	37.3444	69.7844	30.8281
40	3.9155	-2.626	1.0593	6.9304	-2.5181	8.73	-1.221	-0.2579	0.1208	0.0929	-0.6554	-1.8504	-1.6707	1.5836	1.6628	0.7428	-0.0932	-0.134	0.9148	0.1508	0.6801	49.0041	71.5601	39.1077
41	8.2322	-2.6469	1.7915	3.2807	2.1341	3.6458	-0.7216	-0.4578	0.1802	2.026	-1.3299	-3.2959	-0.9343	1.662	1.57	0.9085	-0.0655	-0.5821	0.9385	0.3934	1.6292	-12.9192	35.6022	3.5097
42	4.4322	1.3568	4.3348	3.6045	-1.7772	7.2227	0.3888	-1.5676	-0.7852	-0.752	-0.4178	-0.0244	1.8894	0.6497	0.547	1.276	0.2864	-0.2396	0.9086	0.2502	1.5255	-0.8679	24.6066	8.8461
43	7.4331	1.0617	-4.3892	0.3671	-1.2163	5.674	-0.6629	0.4184	-2.1842	-0.3708	0.3172	-3.2971	1.6981	0.0667	0.2993	0.4968	0.2955	-0.0053	0.5462	0.1511	1.9614	-14.3776	20.5205	-3.3887
44	4.1493	3.1847	-0.9808	8.0408	-2.8467	5.2708	-0.2815	-0.7988	-0.7485	0.1793	-0.1001	-2.4193	-1.3818	1.347	-0.0814	0.6035	0.0904	0.0972	0.9597	0.1128	1.4302	-7.4804	31.8971	-1.3484
45	9.483	2.6106	5.0838	8.6336	1.6253	9.9408	0.5015	-1.6812	-1.0523	0.3366	-0.0211	-2.1423	0.9833	-0.3624	-0.3375	0.7511	0.0565	-0.0497	0.9378	0.3011	1.1629	-16.6507	25.8008	2.3257
46	4.3519	4.6879	2.6372	5.7639	1.215	9.1407	-0.6919	-2.9092	-0.0373	-0.3292	-0.9376	1.5493	-0.8206	-2.2914	2.0451	1.8298	0.4359	-0.0944	1.4533	-0.2028	1.0542	-34.1352	37.6432	16.9936
47	8.8372	-0.0669	-2.7586	3.2151	-4.02	6.621	0.3842	-1.4422	1.3352	0.3753	1.1945	0.0928	-2.4394	0.4041	-1.2528	1.0485	0.1036	0.0758	1.3803	-0.1321	0.5456	-28.0307	31.4083	11.6269
48	4.745	-1.4954	4.7022	7.0376	-0.7979	9.2633	1.1042	-0.5486	-0.5657	-0.9595	-0.5708	0.629	1.0604	-0.2363	-0.3035	0.722	0.1348	0.0258	0.5815	0.0845	0.9042	-25.2603	31.5495	-4.2427
49	3.2483	-3.0402	2.4724	7.2023	-4.9471	3.4239	1.5323	-0.8818	-0.8859	0.3049	0.3304	1.5681	0.6052	-0.6981	-1.7641	0.7849	0.1577	0.007	0.6324	0.099	0.7846	-26.2516	28.7876	-3.3952
50	6.6282	-2.0817	-3.0177	6.9534	1.5422	5.7067	-0.4313	0.5643	-0.6446	-0.6449	-0.0094	0.2012	0.4127	-0.6185	0.3877	0.6972	-0.1413	0.0848	0.5252	-0.0482	0.5462	2.3737	53.3556	24.7792
51	6.8313	3.5422	-1.4813	5.4509	-1.2647	4.5645	-0.3101	-0.4985	-0.4306	0.1588	-0.4376	0.5781	-0.0244	-0.3548	0.658	0.7435	0.1276	0.0877	0.5391	-0.1066	0.6212	-8.1079	54.3512	38.6003
52	0.8233	0.2031	1.5074	9.2821	4.5734	5.7696	-1.316	-0.2315	0.0602	-1.1881	2.1072	-0.3313	-0.9219	1.0483	-0.8744	0.6954	-0.2886	0.0747	0.9045	-0.1189	0.8114	49.2867	10.1599	48.3231
53	8.3321	0.6137	-0.9938	4.0185	-4.7538	6.5538	-0.5028	0.4601	-0.0166	0.5107	0.7138	-0.3686	0.1186	-0.0206	-0.184	0.5403	-0.2645	0.0893	1.1307	-0.3593	0.6132	45.8946	5.8206	48.8752
54	5.2896	-1.0722	-2.084	4.7677	0.7086	6.3141	-0.2937	-0.6419	1.1657	-0.5667	0.2039	0.1541	-1.0804	0.0921	0.2273	0.669	-0.1652	-0.1316	0.7194	-0.1418	0.7656	38.8877	10.3966	45.659
55	5.6032	-3.1883	-1.4013	3.2242	0.7335	8.7043	0.318	-0.5626	1.1343	-0.117	0.941	-0.96	-1.5718	0.6278	-0.5549	0.7232	-0.2792	0.0693	0.6757	-0.2339	0.7338	45.6461	12.0937	39.9925
56	8.3586	-0.2316	5.1854	5.9973	-3.2656	4.9008	1.7877	1.1986	-0.4807	-2.5586	-0.236	0.9935	0.8397	2.4349	-1.5454	1.1758	-0.1507	-0.1082	1.8762	-0.6436	1.735	68.897	0.2571	36.0737
57	4.0296	5.0196	0.4453	8.5097	-1.6327	2.7509	-0.3288	0.128	-1.6696	-1.0959	-1.2944	0.5456	-1.1998	1.1557	2.3953	1.0835	-0.3514	0.2269	1.1685	0.0433	1.3126	60.5207	4.8967	34.6184
58	5.8771	0.8854	0.677	2.7398	2.8524	3.3396	-0.3884	-0.3381	0.649	0.0807	-0.1276	1.7569	0.9005	-0.3616	0.1276	0.8732	-0.1293	-0.1131	0.7234	0.0376	0.8851	38.8203	-8.5654	34.1554
59	2.3158	0.501	2.2712	7.5927	3.7168	4.0881	-0.4408	0.174	0.4312	-1.7221	0.1349	-0.3816	-1.2926	1.4972	0.1334	1.154	-0.3509	0.0472	0.8925	-0.074	0.5386	46.8104	3.6645	32.1338
60	6.4468	0.0046	0.021	6.2144	0.9227	0.6126	-0.2641	-0.5342	-0.4463	-0.5398	0.7999	0.6053	0.4412	0.3533	-0.4844	0.7688	-0.1182	-0.1429	1.1158	0.3441	0.7186	24.2265	56.9773	58.5067
61	3.8845	-2.3648	1.6694	4.4672	-3.2142	8.8153	0.3111	-0.4293	-1.3614	-0.3693	0.2896	-0.3424	1.2374	-0.5324	-0.4392	1.1117	-0.1573	-0.2611	0.8413	0.2302	1.3311	16.4855	53.9404	52.4437
62	1.6099	1.0294	0.1931	4.9217	-3.7952	3.6277	0.7296	-1.8644	-0.5602	2.2426	0.5905	1.1718	-0.8168	-1.3781	-1.438	1.1894	0.071	0.0637	2.3211	0.9042	1.5672	6.3259	61.1617	73.6441
63	3.8795	-3.0284	4.4292	4.3667	-2.5378	4.7284	0.7852	-1.3193	-1.6961	-1.2364	-0.2532	0.8128	0.6819	-0.1802	-0.3861	0.4022	-0.1354	0.0958	0.9265	0.34	0.9805	9.2576	67.0206	54.5407
64	2.1891	3.6811	3.6399	5.1465	5.7201	4.99	-0.3214	-0.7611	0.3219	-0.9413	-0.4629	0.9265	0.2013	-0.4309	0.701	1.2188	0.0567	-0.0927	0.8811	-0.0721	0.7198	14.6206	39.2787	-4.6065
65	6.8125	5.276	1.5032	6.5441	0.7109	9.3817	0.0098	-0.9477	0.7253	1.985	0.0346	0.9212	0.4078	-0.2327	0.0373	1.1277	0.1556	0.0961	0.695	-0.0028	0.6425	3.8035	38.625	-9.79
66	4.7963	-0.856	5.6231	4.6142	-1.3177	6.4642	-0.8904	1.0236	1.3911	0.0043	-0.6358	0.2444	-0.5423	0.6125	1.7859	1.0916	-0.0944	-0.0792	0.7568	0.1638	0.906	4.3208	44.2736	-19.845
67	8.3087	6.5504	-2.7548	5.2	-2.1725	0.9264	-0.0772	0.2162	3.5434	1.8358	-0.2562	1.2537	1.5152	0.466	0.8972	1.3473	-0.0773	-0.4274	1.0523	-0.1366	1.14	10.7815	47.8185	-6.1257
68	6.0424	0.7867	2.3387	6.6187	5.6821	5.3835	-0.4162	0.4871	-0.2593	-0.9515	2.362	-1.3929	-2.466	3.6252	-2.1385	1.0277	-0.3102	-0.1552	1.9538	-0.1408	1.5187	22.8802	33.9977	-16.1759
69	2.2322	-2.2798	1.5195	3.7841	-2.7251	2.9226	0.6045	-1.1201	0.3922	0.1044	-0.2917	0.4136	-0.0517	-0.6842	-0.6236	0.7772	-0.1165	0.034	0.6144	-0.107	0.8959	1.0465	30.4705	-30.0865
70	5.5363	-0.0677	0.7473	7.9032	3.4949	3.0102	0.3289	0.103	0.2238	-0.4128	0.058	-1.7618	-1.808	1.4724	-0.2465	1.0269	-0.3643	-0.0083	0.834	0.0636	0.8201	11.5954	39.5282	-24.4916

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 5 through 40 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 41 through 70 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 71 through 102 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 103 through 118 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 119 through 130 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 131 through 142 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 143 through 169 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 3 through 16 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 17 through 70 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 71 through 84 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 85 through 94 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 95 through 103 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 104 through 118 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 119 through 130 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 131 through 142 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 143 through 168 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 3 through 57 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 58 through 68 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 69 through 84 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 85 through 130 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 131 through 142 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 143 through 169 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 5 through 27 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 28 through 40 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 41 through 70 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 71 through 85 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 86 through 105 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 106 through 117 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 118 through 130 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 131 through 142 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 143 through 168 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 5 through 16 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 17 through 69 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 70 through 84 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 85 through 94 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 95 through 105 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 106 through 118 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 119 through 130 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 131 through 142 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 143 through 168 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 8 through 25 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 26 through 34 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 35 through 45 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 46 through 67 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 68 through 102 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 103 through 118 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 119 through 130 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resid 131 through 156 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'F' and (resid 157 through 168 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'G' and (resid 6 through 95 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'G' and (resid 96 through 168 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'H' and (resid 5 through 16 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'H' and (resid 17 through 27 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'H' and (resid 28 through 70 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'H' and (resid 71 through 101 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'H' and (resid 102 through 113 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'H' and (resid 114 through 130 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'H' and (resid 131 through 142 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'H' and (resid 143 through 169 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'I' and (resid 5 through 68 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'I' and (resid 69 through 93 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'I' and (resid 94 through 130 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'I' and (resid 131 through 169 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'J' and (resid 1 through 16 )
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'J' and (resid 17 through 68 )
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'J' and (resid 69 through 85 )
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'J' and (resid 86 through 93 )
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'J' and (resid 94 through 130 )
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'J' and (resid 131 through 142 )
70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'J' and (resid 143 through 168 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)